More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1565 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
870 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0842783  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2889  sensory box histidine kinase  81.7 
 
 
869 aa  1440    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1768  multi-sensor signal transduction histidine kinase  64.29 
 
 
878 aa  1160    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.760455  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  63.95 
 
 
878 aa  1155    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.826107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2510  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  64.06 
 
 
876 aa  1158    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.459167  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1680  putative PAS/PAC sensor protein  66.47 
 
 
879 aa  1209    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.85517  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1565  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
872 aa  1782    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1812  multi-sensor signal transduction histidine kinase  63.95 
 
 
878 aa  1150    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.886471 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  96.44 
 
 
872 aa  1663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  93.23 
 
 
872 aa  1625    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.101573 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2472  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
866 aa  598  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.451981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2065  putative PAS/PAC sensor protein  37.27 
 
 
872 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768773  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2218  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  35.57 
 
 
879 aa  522  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.116111 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1955  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
849 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.941314  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  30.89 
 
 
921 aa  202  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  26.54 
 
 
678 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 
785 aa  130  9.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  23.63 
 
 
785 aa  125  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2678  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.09 
 
 
665 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0770699  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  27.09 
 
 
665 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0252457  hitchhiker  0.0000048768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.09 
 
 
665 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00274337  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.09 
 
 
665 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150661  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.37 
 
 
661 aa  111  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
806 aa  101  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003904  sensor histidine kinase  28.64 
 
 
806 aa  90.1  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.397449  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  24.26 
 
 
770 aa  90.1  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2554  chemotaxis sensory transducer  22.94 
 
 
663 aa  88.6  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  32.93 
 
 
2077 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  21.77 
 
 
893 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.85 
 
 
898 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  38.26 
 
 
736 aa  83.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.24 
 
 
885 aa  80.9  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  19.5 
 
 
1254 aa  80.5  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.34 
 
 
900 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  28.63 
 
 
1135 aa  78.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  26.56 
 
 
548 aa  78.2  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3237  methyl-accepting chemotaxis protein  25.33 
 
 
771 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.81 
 
 
982 aa  75.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.34 
 
 
1355 aa  76.3  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.39 
 
 
901 aa  76.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.5 
 
 
900 aa  75.5  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.48 
 
 
893 aa  74.7  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  24.8 
 
 
671 aa  74.3  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
779 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  24.48 
 
 
657 aa  73.9  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.88 
 
 
1015 aa  72.8  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.58 
 
 
603 aa  72.4  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  27.81 
 
 
1453 aa  72  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 
3706 aa  72  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
453 aa  71.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
2693 aa  70.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
453 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
453 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  20.8 
 
 
858 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.47 
 
 
453 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.34 
 
 
1453 aa  68.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
862 aa  68.6  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  24.03 
 
 
453 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
655 aa  68.2  0.0000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301008  decreased coverage  0.000022653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 
1242 aa  67.8  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3122  sporulation kinase  21.58 
 
 
801 aa  67.4  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 
670 aa  67.4  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.23 
 
 
1250 aa  67  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.71 
 
 
683 aa  67.4  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.11 
 
 
689 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
1741 aa  65.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.92 
 
 
1211 aa  65.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 
638 aa  65.9  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0835  two component system histidine kinase  23.77 
 
 
831 aa  65.5  0.000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2889  sensory transduction histidine kinase; sporulation kinase A  21.39 
 
 
801 aa  65.5  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.516791  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00931  aerobic respiration control sensor protein ArcB  21.55 
 
 
786 aa  65.5  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3143  sporulation kinase  21.39 
 
 
801 aa  65.5  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.564779 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.87 
 
 
1237 aa  65.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.09 
 
 
871 aa  65.5  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 
986 aa  65.1  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  21.43 
 
 
708 aa  65.5  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004463  aerobic respiration control sensor protein ArcB  21.31 
 
 
784 aa  65.1  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135915  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  22.73 
 
 
794 aa  65.1  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  30.07 
 
 
433 aa  65.1  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  20.38 
 
 
1165 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1775  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.41 
 
 
510 aa  64.7  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3196  histidine kinase  23.5 
 
 
356 aa  64.7  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0721667  normal  0.0151706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  22.76 
 
 
473 aa  64.7  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.35 
 
 
1622 aa  64.7  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  19.61 
 
 
2213 aa  64.7  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0285  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  26.03 
 
 
717 aa  64.7  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.67 
 
 
833 aa  64.3  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
842 aa  63.9  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.86 
 
 
789 aa  63.9  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.41 
 
 
854 aa  63.9  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1948  aerobic respiration control sensor protein ArcB  25.87 
 
 
785 aa  63.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000151303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3631  aerobic respiration control sensor protein ArcB  22.56 
 
 
779 aa  63.5  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330412  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.49 
 
 
673 aa  63.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3789  aerobic respiration control sensor protein ArcB  21.29 
 
 
779 aa  63.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00874982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0969  sensory histidine kinase AtoS  26.11 
 
 
622 aa  63.5  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000351141  normal  0.40359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  21.26 
 
 
788 aa  63.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.91 
 
 
599 aa  62.4  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.68 
 
 
814 aa  62.4  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.36 
 
 
714 aa  62.8  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.523166 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.7 
 
 
1442 aa  62.8  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>