More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2218 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2218  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  100 
 
 
879 aa  1805    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.116111 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 
870 aa  666    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0842783  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2065  putative PAS/PAC sensor protein  41.34 
 
 
872 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768773  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1768  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
878 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.760455  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
878 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.826107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2510  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 
876 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.459167  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2472  putative PAS/PAC sensor protein  36.52 
 
 
866 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.451981  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1812  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 
878 aa  572  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.886471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1680  putative PAS/PAC sensor protein  37.05 
 
 
879 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.85517  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2889  sensory box histidine kinase  36.37 
 
 
869 aa  535  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
872 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1565  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
872 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
872 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.101573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1955  sensory box histidine kinase  37.7 
 
 
849 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.941314  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  30.54 
 
 
921 aa  220  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  27.83 
 
 
678 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  30.85 
 
 
665 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0252457  hitchhiker  0.0000048768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
665 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150661  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
665 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00274337  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2678  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.51 
 
 
665 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0770699  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.04 
 
 
785 aa  136  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.37 
 
 
661 aa  134  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  25.36 
 
 
785 aa  133  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 
3706 aa  101  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.59 
 
 
1355 aa  90.5  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  30 
 
 
806 aa  89.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  34.46 
 
 
736 aa  84.3  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003904  sensor histidine kinase  28.88 
 
 
806 aa  81.3  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.397449  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  23.32 
 
 
770 aa  80.9  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  23.11 
 
 
893 aa  78.2  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
842 aa  77  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  25 
 
 
671 aa  77  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  28.95 
 
 
2077 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.25 
 
 
900 aa  75.1  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0384  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.32 
 
 
644 aa  73.9  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  27.78 
 
 
1561 aa  72.8  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  27.08 
 
 
548 aa  72.4  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2554  chemotaxis sensory transducer  27.17 
 
 
663 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.83 
 
 
1015 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
1068 aa  70.1  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 
885 aa  70.1  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0229  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 
701 aa  68.6  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.282736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
637 aa  68.9  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.04 
 
 
1168 aa  68.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 
683 aa  68.2  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.16 
 
 
655 aa  67.8  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301008  decreased coverage  0.000022653 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 
1066 aa  67.4  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.43 
 
 
982 aa  67  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
1466 aa  67  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.17 
 
 
714 aa  67.4  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.523166 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 
873 aa  67  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.51 
 
 
900 aa  67  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  25.52 
 
 
737 aa  66.6  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.2 
 
 
836 aa  65.9  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.84 
 
 
1254 aa  66.2  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004463  aerobic respiration control sensor protein ArcB  28.67 
 
 
784 aa  65.5  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.135915  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00931  aerobic respiration control sensor protein ArcB  27.97 
 
 
786 aa  65.1  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
779 aa  64.7  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1245 aa  64.7  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.9 
 
 
901 aa  64.7  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.04 
 
 
898 aa  64.3  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1948  aerobic respiration control sensor protein ArcB  26.57 
 
 
785 aa  63.9  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000151303  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3237  methyl-accepting chemotaxis protein  25.13 
 
 
771 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
842 aa  62.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 
1205 aa  63.5  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 
424 aa  62.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.52 
 
 
1959 aa  62.4  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 
1589 aa  62.8  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 
2693 aa  62.4  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 
1767 aa  62.4  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.95 
 
 
789 aa  62.4  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.76 
 
 
986 aa  62  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.92 
 
 
933 aa  61.6  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3631  aerobic respiration control sensor protein ArcB  26.76 
 
 
779 aa  61.6  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.330412  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.44 
 
 
1767 aa  61.6  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
853 aa  61.2  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
1090 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  19.8 
 
 
772 aa  60.8  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.55 
 
 
939 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  21.7 
 
 
1331 aa  60.5  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.69 
 
 
881 aa  60.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.83 
 
 
673 aa  59.7  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
1782 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1786 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1090 aa  60.1  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0602  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 
711 aa  59.7  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.598881  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.03 
 
 
1452 aa  60.1  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
1792 aa  60.1  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
1784 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  25 
 
 
1453 aa  60.1  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.56 
 
 
578 aa  60.1  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  27.46 
 
 
451 aa  59.3  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.15 
 
 
893 aa  59.3  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2189  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.33 
 
 
726 aa  58.9  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  27.01 
 
 
1135 aa  58.9  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0996  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  24.62 
 
 
823 aa  58.9  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0806  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.79 
 
 
865 aa  58.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.613384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2560  aerobic respiration control sensor protein ArcB  25.87 
 
 
788 aa  58.5  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1990  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.52 
 
 
677 aa  58.5  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.871736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  22.69 
 
 
1021 aa  58.2  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>