263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2600 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1812  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 
878 aa  672    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.886471 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2889  sensory box histidine kinase  39.14 
 
 
869 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2065  putative PAS/PAC sensor protein  54.79 
 
 
872 aa  910    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768773  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
870 aa  1785    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0842783  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2218  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  41.08 
 
 
879 aa  648    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.116111 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1680  putative PAS/PAC sensor protein  39.13 
 
 
879 aa  642    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.85517  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2510  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.44 
 
 
876 aa  678    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.459167  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.55 
 
 
878 aa  679    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.826107  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1565  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
872 aa  638    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2472  putative PAS/PAC sensor protein  43.27 
 
 
866 aa  718    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.451981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.2 
 
 
872 aa  638    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.101573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1768  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.55 
 
 
878 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.760455  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 
872 aa  632  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1955  sensory box histidine kinase  35.18 
 
 
849 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.941314  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  30.48 
 
 
678 aa  212  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  29.46 
 
 
921 aa  201  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  30.99 
 
 
665 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0252457  hitchhiker  0.0000048768 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2678  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.67 
 
 
665 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0770699  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.99 
 
 
665 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150661  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.99 
 
 
665 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00274337  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.56 
 
 
661 aa  137  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  23.88 
 
 
785 aa  124  9e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.64 
 
 
785 aa  117  8.999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
806 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003904  sensor histidine kinase  36.36 
 
 
806 aa  92.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.397449  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
2077 aa  88.2  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  34.04 
 
 
736 aa  87.4  9e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  22.44 
 
 
770 aa  84.7  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2554  chemotaxis sensory transducer  27.39 
 
 
663 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 
683 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.3 
 
 
789 aa  75.9  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
3706 aa  75.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  25.73 
 
 
671 aa  74.7  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  21.52 
 
 
893 aa  72.8  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
1355 aa  71.6  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 
1015 aa  70.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0919  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.85 
 
 
559 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.4473e-32 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.38 
 
 
1453 aa  69.7  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.69 
 
 
929 aa  70.1  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.49 
 
 
885 aa  68.6  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22 
 
 
714 aa  67.4  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.523166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.95 
 
 
900 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
1168 aa  67  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1175  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.56 
 
 
821 aa  67  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.56 
 
 
900 aa  65.1  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3327  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.33 
 
 
578 aa  64.7  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
842 aa  64.7  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2579  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  24.82 
 
 
678 aa  64.3  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.5 
 
 
1059 aa  64.3  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 
655 aa  64.3  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301008  decreased coverage  0.000022653 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0384  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.63 
 
 
644 aa  63.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.69 
 
 
842 aa  63.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
637 aa  63.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.13 
 
 
968 aa  62.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.67 
 
 
893 aa  62  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.53 
 
 
1959 aa  61.6  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  24 
 
 
1561 aa  61.2  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
1452 aa  61.2  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 
2693 aa  61.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.96 
 
 
1254 aa  60.8  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.71 
 
 
603 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3237  methyl-accepting chemotaxis protein  23.81 
 
 
771 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  26.06 
 
 
548 aa  59.7  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.4 
 
 
986 aa  60.1  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.8 
 
 
873 aa  59.3  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0602  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
711 aa  58.5  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.598881  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.27 
 
 
599 aa  58.5  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.19 
 
 
881 aa  58.2  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 
859 aa  58.2  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 
1205 aa  57.8  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3381  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.68 
 
 
902 aa  57.8  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.247292 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.09 
 
 
1165 aa  57.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.49 
 
 
1066 aa  57.8  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  23.99 
 
 
1331 aa  57.4  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.63 
 
 
1028 aa  57.4  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  28.93 
 
 
451 aa  56.6  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.21 
 
 
1047 aa  56.6  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 
1047 aa  56.6  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
880 aa  56.6  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.48 
 
 
896 aa  56.6  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  27.16 
 
 
424 aa  57  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  26.92 
 
 
737 aa  55.8  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  25.47 
 
 
433 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  20.78 
 
 
898 aa  55.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  18.83 
 
 
901 aa  55.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 
913 aa  55.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1243  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.83 
 
 
403 aa  55.1  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0469  aerobic respiration control sensor protein ArcB  23.18 
 
 
778 aa  55.1  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.55831  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0533  aerobic respiration control sensor protein ArcB  23.18 
 
 
778 aa  55.1  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0807351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.76 
 
 
1344 aa  54.7  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1126  aerobic respiration control sensor protein ArcB  22.52 
 
 
778 aa  54.7  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
677 aa  54.7  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
618 aa  54.7  0.000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000225639 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  25.52 
 
 
657 aa  53.9  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 
1245 aa  53.9  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  22.7 
 
 
1741 aa  53.9  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.22 
 
 
1255 aa  53.9  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1243  sensory box histidine kinase  25.9 
 
 
623 aa  54.3  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.9 
 
 
1199 aa  53.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0748  putative aerobic respiration control sensor protein arcB  24.68 
 
 
630 aa  53.1  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000795042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>