More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2872 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2872  signal transduction histidine kinase  100 
 
 
362 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.401413  normal  0.23232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2428  signal transduction histidine kinase  86.04 
 
 
360 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.391955  decreased coverage  0.00462713 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3023  signal transduction histidine kinase  84.44 
 
 
361 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.183877  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2710  signal transduction histidine kinase  85.92 
 
 
363 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.304131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2192  signal transduction histidine kinase  80.9 
 
 
362 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1756  Signal transduction histidine kinase  80.06 
 
 
362 aa  569  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38054  normal  0.143124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4219  signal transduction histidine kinase  77.99 
 
 
362 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5952  signal transduction histidine kinase  54.62 
 
 
355 aa  339  4e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.113414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2784  signal transduction histidine kinase  47.14 
 
 
354 aa  298  8e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0298  signal transduction histidine kinase  48.26 
 
 
349 aa  297  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228007  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5414  signal transduction histidine kinase  44.57 
 
 
348 aa  280  4e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2333  signal transduction histidine kinase  53.12 
 
 
376 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5358  signal transduction histidine kinase  44.77 
 
 
348 aa  269  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4873  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  44.77 
 
 
348 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0664  Signal transduction histidine kinase  42.69 
 
 
344 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2165  signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 
358 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2424  signal transduction histidine kinase  42.69 
 
 
354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.790198 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0384  two component sensor kinase  42.15 
 
 
344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1343  signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
350 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.54395  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0148  Signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
350 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.332902  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1781  signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
350 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4526  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  42.16 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.315667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4986  signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 
381 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5039  signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
381 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0515  signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.498763  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0324  signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
398 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.732156  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3899  signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
613 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.796516 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4851  signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
752 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0114486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2279  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0130228 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5893  signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
465 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3525  signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
603 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4236  signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
771 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.931107  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3728  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 
406 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.979777  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1953  signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
382 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4852  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
746 aa  122  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0325493 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
1390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4766  signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
461 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134291  normal  0.334258 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0986  signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
872 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.544559  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1364  signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00521592 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3529  signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.170223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4308  signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
739 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.057717 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
3706 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1972  signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
815 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000691031  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6718  signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 
387 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0742813  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 
1654 aa  119  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2286  multisensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
834 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 
709 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
2693 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0913  multisensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
991 aa  116  5e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.650855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3460  signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
813 aa  116  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.292026  normal  0.144627 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3911  signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1093 aa  116  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25512  normal  0.0971599 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1899  multisensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
462 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.970297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  32.5 
 
 
1239 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0498  signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335667  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
864 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1628  Signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
431 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
941 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2687  signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
215 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.693771  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
771 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
721 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
1560 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
1714 aa  113  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  35.62 
 
 
1668 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  33.8 
 
 
783 aa  113  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
439 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1001  signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
674 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58641  normal  0.0795268 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  35.02 
 
 
1663 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1193  sensory transduction regulatory protein  34.42 
 
 
391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2946  signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.341682  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 
945 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5461  signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
732 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.245128 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 
1093 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5459  signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
749 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164522 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3447  hypothetical protein  30.13 
 
 
1210 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00320271  normal  0.0786508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4408  signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.488817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0327  histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor  33.04 
 
 
400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0659976  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1670  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 
394 aa  110  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261958  normal  0.184327 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11268  histidine kinase sensor protein  32.65 
 
 
624 aa  109  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  39.16 
 
 
839 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  30.11 
 
 
1289 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
1177 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1534  signal transduction histidine kinase  35 
 
 
414 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.076798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4364  signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
807 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.217771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
1093 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
764 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
551 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  29.82 
 
 
744 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 
932 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0079  signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 
909 aa  107  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2705  signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 
856 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
547 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  31.42 
 
 
704 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
1676 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2534  signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
356 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2337  signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
352 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2288  signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
400 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184339  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  36.04 
 
 
526 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
1253 aa  106  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1063  signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
358 aa  106  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0212102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2118  signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
572 aa  106  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>