More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4613 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  45.85 
 
 		 807 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.91 
 
 		 851 aa  937    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.74 
 
 		 851 aa  1056    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.34 
 
 		 846 aa  1004    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  58.35 
 
 		 841 aa  1044    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  87.71 
 
 		 908 aa  1584    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  79.88 
 
 		 835 aa  1239    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.07 
 
 		 801 aa  731    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  46.93 
 
 		 799 aa  731    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 		 937 aa  1876    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  47.43 
 
 		 804 aa  781    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  58.43 
 
 		 836 aa  1015    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  42.95 
 
 		 807 aa  707    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  78.45 
 
 		 905 aa  1412    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.78 
 
 		 851 aa  930    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  58.66 
 
 		 846 aa  1005    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  86.34 
 
 		 904 aa  1546    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  74.18 
 
 		 853 aa  1333    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  76.7 
 
 		 951 aa  1359    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.9 
 
 		 806 aa  748    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  58.24 
 
 		 839 aa  1030    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.66 
 
 		 849 aa  967    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  58.71 
 
 		 834 aa  1023    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.59 
 
 		 847 aa  899    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.83 
 
 		 811 aa  709    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  45.46 
 
 		 868 aa  788    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  57.93 
 
 		 890 aa  966    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.11 
 
 		 836 aa  1010    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.86 
 
 		 809 aa  775    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.98 
 
 		 851 aa  1030    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  56.82 
 
 		 835 aa  1008    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.65 
 
 		 884 aa  1011    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.82 
 
 		 799 aa  717    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  58.13 
 
 		 853 aa  1036    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.84 
 
 		 930 aa  1041    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.9 
 
 		 824 aa  924    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.65 
 
 		 799 aa  744    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  34.84 
 
 		 869 aa  464  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.33 
 
 		 844 aa  457  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.09 
 
 		 833 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.1 
 
 		 830 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  32.8 
 
 		 820 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  34.7 
 
 		 829 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  33.83 
 
 		 952 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  34.73 
 
 		 836 aa  416  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  34.09 
 
 		 833 aa  416  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  32.08 
 
 		 831 aa  408  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.65 
 
 		 817 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  33.66 
 
 		 882 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  31.69 
 
 		 823 aa  398  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  34.05 
 
 		 825 aa  398  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  33.09 
 
 		 881 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.9 
 
 		 819 aa  392  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.05 
 
 		 898 aa  392  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  32.43 
 
 		 824 aa  387  1e-106  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  28.1 
 
 		 813 aa  388  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.4 
 
 		 966 aa  389  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.37 
 
 		 888 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  30.33 
 
 		 820 aa  381  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  34.32 
 
 		 816 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.2 
 
 		 816 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  33.08 
 
 		 819 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  29.07 
 
 		 840 aa  368  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.83 
 
 		 816 aa  364  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.4 
 
 		 828 aa  361  4e-98  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  28.61 
 
 		 828 aa  360  8e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.49 
 
 		 828 aa  359  9.999999999999999e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.71 
 
 		 970 aa  352  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  31.67 
 
 		 970 aa  351  3e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.9 
 
 		 1014 aa  347  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.73 
 
 		 825 aa  345  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.42 
 
 		 900 aa  331  5.0000000000000004e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.14 
 
 		 870 aa  322  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  29.12 
 
 		 888 aa  298  4e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  26.4 
 
 		 1688 aa  265  3e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 		 1553 aa  265  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0413876  normal  0.423713 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0384  DEAD/DEAH box helicase-like  30.64 
 
 		 1531 aa  260  8e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.224382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13325  ATP-dependent helicase lhr  28.42 
 
 		 1513 aa  258  4e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1016  DEAD/H associated domain protein  29.26 
 
 		 1523 aa  252  2e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.160126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2240  DEAD/H associated domain protein  30.78 
 
 		 1506 aa  252  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.589998 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1865  DEAD/H associated domain protein  32.17 
 
 		 1536 aa  250  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.299338  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0463  ATP-dependent helicase  26.48 
 
 		 872 aa  250  8e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0110872  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.02 
 
 		 1517 aa  249  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1786  DEAD/H associated domain protein  32.12 
 
 		 1536 aa  248  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.509366  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  27.44 
 
 		 873 aa  248  3e-64  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2092  DEAD/DEAH box helicase-like  31.79 
 
 		 1536 aa  247  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.44 
 
 		 1514 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.29 
 
 		 1476 aa  246  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  29.03 
 
 		 1480 aa  246  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  27.52 
 
 		 1523 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0392  ATP-dependent helicase  27.27 
 
 		 874 aa  243  1e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.447466 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.52 
 
 		 1523 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1865  putative ATP-dependent helicase Lhr  27.8 
 
 		 1538 aa  243  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0115691  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  27.65 
 
 		 874 aa  243  2e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0751  DEAD/H associated domain protein  28.21 
 
 		 1729 aa  242  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.21 
 
 		 1523 aa  241  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2329  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.99 
 
 		 1516 aa  241  6.999999999999999e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1579  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  28.74 
 
 		 1412 aa  240  9e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1987  DEAD/H associated domain protein  27.5 
 
 		 1538 aa  239  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1976  putative ATP-dependent helicase Lhr  27.5 
 
 		 1538 aa  239  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.987163  hitchhiker  0.00398653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>