More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0413 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.47 
 
 		 930 aa  657    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  51.08 
 
 		 835 aa  766    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  48.92 
 
 		 836 aa  705    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.52 
 
 		 851 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.18 
 
 		 851 aa  747    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.41 
 
 		 851 aa  714    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  49.7 
 
 		 834 aa  713    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.94 
 
 		 824 aa  707    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  49.82 
 
 		 835 aa  706    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  46.04 
 
 		 908 aa  707    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  66.5 
 
 		 799 aa  1034    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.69 
 
 		 846 aa  714    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  44.82 
 
 		 868 aa  691    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  44.83 
 
 		 937 aa  702    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  48.65 
 
 		 804 aa  727    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  62.52 
 
 		 807 aa  994    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  46.18 
 
 		 905 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  49.46 
 
 		 841 aa  739    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  47.45 
 
 		 904 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  47.66 
 
 		 853 aa  696    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  50.18 
 
 		 890 aa  737    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.12 
 
 		 806 aa  706    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  49.58 
 
 		 839 aa  747    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 849 aa  749    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.91 
 
 		 799 aa  1027    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  64.12 
 
 		 807 aa  994    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.16 
 
 		 836 aa  705    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.46 
 
 		 847 aa  724    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.88 
 
 		 801 aa  740    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 811 aa  1610    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  51.5 
 
 		 846 aa  732    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.08 
 
 		 809 aa  740    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  46.37 
 
 		 951 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  49.88 
 
 		 853 aa  748    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 884 aa  753    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.5 
 
 		 799 aa  1016    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.46 
 
 		 851 aa  515  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.81 
 
 		 833 aa  409  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  37.99 
 
 		 898 aa  405  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.01 
 
 		 844 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  35.99 
 
 		 829 aa  385  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  34.47 
 
 		 869 aa  385  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  36.59 
 
 		 833 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  34.9 
 
 		 952 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.68 
 
 		 830 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  32.24 
 
 		 824 aa  379  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  35.71 
 
 		 836 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.84 
 
 		 870 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.78 
 
 		 816 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  34.79 
 
 		 881 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  35.41 
 
 		 825 aa  364  4e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  32.93 
 
 		 831 aa  363  5.0000000000000005e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.36 
 
 		 817 aa  363  9e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  34.65 
 
 		 816 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.74 
 
 		 816 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  34.71 
 
 		 882 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.76 
 
 		 828 aa  358  1.9999999999999998e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.3 
 
 		 819 aa  355  2.9999999999999997e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.46 
 
 		 888 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.17 
 
 		 966 aa  352  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.22 
 
 		 828 aa  351  3e-95  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.01 
 
 		 970 aa  351  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  28.4 
 
 		 828 aa  348  2e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  34.89 
 
 		 970 aa  348  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  31.27 
 
 		 823 aa  347  4e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  29.08 
 
 		 813 aa  347  6e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  32.14 
 
 		 820 aa  346  8e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  36.71 
 
 		 819 aa  346  1e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.71 
 
 		 825 aa  341  2.9999999999999998e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.95 
 
 		 820 aa  339  9.999999999999999e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.72 
 
 		 900 aa  319  1e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  29.12 
 
 		 840 aa  316  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.65 
 
 		 1014 aa  313  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.8 
 
 		 1476 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  32.08 
 
 		 1480 aa  274  6e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  29.69 
 
 		 888 aa  273  9e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2240  DEAD/H associated domain protein  31.56 
 
 		 1506 aa  263  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.589998 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  27.28 
 
 		 873 aa  263  8e-69  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  31.25 
 
 		 1688 aa  263  8e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21690  putative ATP-dependent DNA helicase  36.97 
 
 		 1448 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.21 
 
 		 1505 aa  260  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3591  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.04 
 
 		 1508 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.485917 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4416  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.11 
 
 		 1480 aa  259  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1849  putative ATP-dependent DNA helicase  36.27 
 
 		 1448 aa  259  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.210225  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0406  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.09 
 
 		 1475 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.354786  normal  0.0258746 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5281  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.79 
 
 		 1497 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.426487 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.88 
 
 		 1517 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.98 
 
 		 1523 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1852  DEAD/DEAH box helicase  35.53 
 
 		 1515 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.183708 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3338  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.53 
 
 		 1518 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  30.76 
 
 		 1523 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0533  ATP-dependent helicase  31.26 
 
 		 870 aa  254  5.000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.76 
 
 		 1523 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13325  ATP-dependent helicase lhr  31.4 
 
 		 1513 aa  253  1e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1130  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.2 
 
 		 1626 aa  253  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00800963  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1153  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.66 
 
 		 1510 aa  253  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.180513  normal  0.341943 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  27.42 
 
 		 875 aa  251  3e-65  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.8 
 
 		 1514 aa  251  5e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  27.9 
 
 		 874 aa  249  1e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5453  DEAD/H associated domain protein  36.32 
 
 		 1504 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>