More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2194 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.04 
 
 		 816 aa  1141    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  70.16 
 
 		 816 aa  1146    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  43.86 
 
 		 840 aa  699    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  75.94 
 
 		 836 aa  1206    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  60.02 
 
 		 881 aa  983    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  49.76 
 
 		 819 aa  690    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  76.01 
 
 		 830 aa  1221    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  66.83 
 
 		 898 aa  1067    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.32 
 
 		 820 aa  748    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  73.75 
 
 		 829 aa  1206    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  64.1 
 
 		 952 aa  1011    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.32 
 
 		 817 aa  1108    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  43.7 
 
 		 824 aa  679    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  44.77 
 
 		 831 aa  678    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.85 
 
 		 844 aa  898    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.83 
 
 		 816 aa  1112    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  60.31 
 
 		 882 aa  981    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.26 
 
 		 966 aa  976    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  56.54 
 
 		 869 aa  924    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  45.78 
 
 		 813 aa  779    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  50.91 
 
 		 833 aa  741    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 		 819 aa  766    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  59.95 
 
 		 970 aa  955    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 870 aa  1728    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.8 
 
 		 833 aa  892    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.29 
 
 		 1014 aa  822    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.75 
 
 		 970 aa  956    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  64.12 
 
 		 825 aa  1002    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.1 
 
 		 888 aa  948    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  45.39 
 
 		 823 aa  737    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  45.4 
 
 		 820 aa  743    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 		 828 aa  630  1e-179  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.03 
 
 		 828 aa  630  1e-179  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  39.27 
 
 		 828 aa  627  1e-178  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.93 
 
 		 825 aa  616  1e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.7 
 
 		 849 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.01 
 
 		 801 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  38.74 
 
 		 804 aa  455  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  36.89 
 
 		 835 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.58 
 
 		 806 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.76 
 
 		 809 aa  443  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  36.67 
 
 		 834 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  36.52 
 
 		 904 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  36.1 
 
 		 908 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.34 
 
 		 846 aa  438  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.73 
 
 		 836 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  36.61 
 
 		 836 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.65 
 
 		 824 aa  433  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  37.47 
 
 		 846 aa  436  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  35.84 
 
 		 951 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.55 
 
 		 851 aa  431  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  38.15 
 
 		 905 aa  426  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  35.32 
 
 		 853 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  36.98 
 
 		 807 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  37.15 
 
 		 853 aa  421  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.3 
 
 		 851 aa  418  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  37.55 
 
 		 835 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  35.6 
 
 		 841 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.61 
 
 		 847 aa  417  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  36.31 
 
 		 890 aa  415  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  35.1 
 
 		 839 aa  415  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.43 
 
 		 884 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.23 
 
 		 930 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  32.25 
 
 		 868 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.42 
 
 		 851 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.84 
 
 		 811 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  37.14 
 
 		 799 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  35.15 
 
 		 807 aa  402  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.52 
 
 		 799 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.26 
 
 		 799 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.68 
 
 		 851 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.88 
 
 		 900 aa  360  5e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  38.81 
 
 		 937 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  27.91 
 
 		 1688 aa  290  6e-77  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  29.2 
 
 		 888 aa  290  1e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0392  ATP-dependent helicase  26.9 
 
 		 874 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.447466 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  26.92 
 
 		 874 aa  275  3e-72  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0463  ATP-dependent helicase  26.85 
 
 		 872 aa  274  6e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0110872  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1527  ATP-dependent helicase  27.44 
 
 		 874 aa  271  4e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.983295  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2870  DEAD/H associated domain protein  29.42 
 
 		 922 aa  270  7e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2819  ATP-dependent helicase  28.47 
 
 		 915 aa  268  4e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  25.87 
 
 		 873 aa  265  4e-69  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2116  ATP-dependent helicase  27.66 
 
 		 914 aa  262  2e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200911  normal  0.796736 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.02 
 
 		 1517 aa  260  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.5 
 
 		 1523 aa  259  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.24 
 
 		 1514 aa  258  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  30.36 
 
 		 1480 aa  258  4e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  30.03 
 
 		 1523 aa  257  7e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.03 
 
 		 1523 aa  257  7e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0533  ATP-dependent helicase  28.62 
 
 		 870 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  24.76 
 
 		 875 aa  245  3e-63  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1508  ATP-dependent helicase  27.9 
 
 		 872 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0507962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0708  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.21 
 
 		 1381 aa  240  6.999999999999999e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0405562  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1253  ATP-dependent helicase  28.86 
 
 		 941 aa  240  1e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3527  DEAD/DEAH box helicase-like  29.19 
 
 		 1567 aa  239  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.917212  normal  0.0702055 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1802  DEAD/H associated domain protein  29.45 
 
 		 1544 aa  238  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0257988  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.94 
 
 		 916 aa  238  4e-61  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0618  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.94 
 
 		 927 aa  237  7e-61  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000220197 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4192  DEAD/H associated domain-containing protein  33.66 
 
 		 1534 aa  237  8e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0456896 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1016  DEAD/H associated domain protein  26.84 
 
 		 1523 aa  237  8e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.160126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>