More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1103 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.62 
 
 
966 aa  949    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.5 
 
 
833 aa  844    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
816 aa  1632    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  69.88 
 
 
836 aa  1113    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  59.95 
 
 
881 aa  943    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.26 
 
 
820 aa  730    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  70.02 
 
 
830 aa  1122    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.11 
 
 
844 aa  856    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  64.95 
 
 
898 aa  1026    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.2 
 
 
888 aa  933    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  43.56 
 
 
820 aa  700    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  70.58 
 
 
829 aa  1160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  43.03 
 
 
824 aa  669    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  43 
 
 
831 aa  657    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  85.26 
 
 
817 aa  1365    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  60.41 
 
 
882 aa  950    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  49.26 
 
 
819 aa  647    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  63.36 
 
 
952 aa  981    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.98 
 
 
819 aa  738    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  51.4 
 
 
833 aa  733    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  46.49 
 
 
813 aa  759    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  42.23 
 
 
840 aa  671    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  53.96 
 
 
869 aa  880    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  98.28 
 
 
816 aa  1607    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  59.47 
 
 
970 aa  935    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.94 
 
 
1014 aa  951    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  44.9 
 
 
823 aa  731    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.82 
 
 
970 aa  945    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  63.18 
 
 
825 aa  973    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.16 
 
 
870 aa  1107    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  93.14 
 
 
816 aa  1479    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  38.5 
 
 
828 aa  622  1e-177  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.13 
 
 
828 aa  620  1e-176  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.88 
 
 
828 aa  620  1e-176  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.8 
 
 
825 aa  612  9.999999999999999e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.09 
 
 
849 aa  445  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.07 
 
 
809 aa  434  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  35.9 
 
 
835 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.75 
 
 
847 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.62 
 
 
801 aa  421  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  36.13 
 
 
834 aa  422  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  36.37 
 
 
836 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.6 
 
 
884 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.49 
 
 
836 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.33 
 
 
806 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.2 
 
 
846 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  35.64 
 
 
853 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  37.88 
 
 
804 aa  416  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  32.66 
 
 
868 aa  412  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  35.58 
 
 
841 aa  412  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.78 
 
 
851 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.4 
 
 
824 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  36.82 
 
 
846 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  34.89 
 
 
904 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.35 
 
 
851 aa  398  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  36.38 
 
 
951 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  35.95 
 
 
853 aa  399  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  36.09 
 
 
835 aa  395  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  36.44 
 
 
890 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  34.42 
 
 
807 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.1 
 
 
851 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  34.16 
 
 
807 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  35.27 
 
 
905 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  34 
 
 
839 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  34.9 
 
 
908 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  35.89 
 
 
799 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  34.32 
 
 
937 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.06 
 
 
799 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.6 
 
 
799 aa  372  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.65 
 
 
811 aa  369  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.59 
 
 
930 aa  365  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.88 
 
 
900 aa  356  1e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  29.8 
 
 
888 aa  314  4.999999999999999e-84  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  29.8 
 
 
1688 aa  290  1e-76  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.44 
 
 
851 aa  277  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0463  ATP-dependent helicase  27.13 
 
 
872 aa  267  7e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0110872  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0392  ATP-dependent helicase  25.46 
 
 
874 aa  259  1e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.447466 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  26.17 
 
 
874 aa  259  2e-67  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2819  ATP-dependent helicase  28.06 
 
 
915 aa  258  4e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1527  ATP-dependent helicase  25.74 
 
 
874 aa  257  6e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.983295  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2870  DEAD/H associated domain protein  27.61 
 
 
922 aa  254  5.000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2116  ATP-dependent helicase  26.8 
 
 
914 aa  249  1e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200911  normal  0.796736 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1508  ATP-dependent helicase  27.67 
 
 
872 aa  249  1e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0507962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1574  DEAD/H associated domain protein  29.65 
 
 
1379 aa  248  2e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0533  ATP-dependent helicase  26.89 
 
 
870 aa  243  1e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0708  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.85 
 
 
1381 aa  241  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0405562  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1253  ATP-dependent helicase  27.77 
 
 
941 aa  241  5e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  24.46 
 
 
875 aa  238  4e-61  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  26.21 
 
 
873 aa  238  4e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.6 
 
 
1517 aa  233  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0712014 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  29.4 
 
 
1480 aa  232  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1016  DEAD/H associated domain protein  26.32 
 
 
1523 aa  230  9e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.160126  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.84 
 
 
1514 aa  229  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.71 
 
 
916 aa  226  2e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1879  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.04 
 
 
970 aa  224  4.9999999999999996e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149039  normal  0.0231063 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1670  ATP-dependent RNA helicase  30.1 
 
 
955 aa  224  6e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.7 
 
 
1523 aa  221  6e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  27.69 
 
 
1523 aa  220  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.69 
 
 
1523 aa  220  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4192  DEAD/H associated domain-containing protein  32.01 
 
 
1534 aa  219  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0456896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>