More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4141 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3000  DEAD/H associated domain protein  56.14 
 
 
869 aa  924    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02265  Helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.08 
 
 
820 aa  746    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269973  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1103  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  69.88 
 
 
816 aa  1140    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4141  helicase domain protein  100 
 
 
836 aa  1684    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4460  DEAD/H associated domain protein  60.63 
 
 
881 aa  987    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185577  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3880  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  95.45 
 
 
830 aa  1554    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1853  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  67.27 
 
 
898 aa  1104    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1143  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.88 
 
 
816 aa  1140    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329309  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6864  DEAD/H associated domain protein  45.07 
 
 
820 aa  735    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1205  DEAD/DEAH box helicase-like  78.46 
 
 
829 aa  1295    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0307  DEAD/H associated domain protein  60.05 
 
 
970 aa  977    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.200628  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1039  DEAD/DEAH box helicase-like  43.67 
 
 
824 aa  674    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0171221  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1463  DEAD/DEAH box helicase-like  44.74 
 
 
831 aa  677    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1756  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.93 
 
 
819 aa  757    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3045  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.62 
 
 
966 aa  1003    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.279323  normal  0.639762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0778  putative DEAD/DEAH box helicase  60.87 
 
 
882 aa  989    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274764  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2961  DEAD/H associated domain protein  47.27 
 
 
819 aa  666    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136531 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3525  ATP-dependent helicase  46.11 
 
 
813 aa  770    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.790259 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1024  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.74 
 
 
833 aa  860    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.8 
 
 
817 aa  1123    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2194  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.94 
 
 
870 aa  1201    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254587  decreased coverage  0.00486766 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2563  DEAD/H associated domain protein  42.39 
 
 
840 aa  690    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.41 
 
 
1014 aa  846    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.31 
 
 
844 aa  872    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0824413 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0312  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.93 
 
 
970 aa  978    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1517  helicase  62.65 
 
 
825 aa  1008    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.114808 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4309  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.59 
 
 
816 aa  1108    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638833  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3332  DEAD/H associated domain protein  46.52 
 
 
823 aa  751    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4858  DEAD/H associated domain protein  65.99 
 
 
952 aa  1058    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01735  ATP-dependent helicase  49.94 
 
 
833 aa  743    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6751  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60 
 
 
888 aa  960    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174842  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.31 
 
 
828 aa  623  1e-177  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0732  DEAD/DEAH box helicase-like  38.07 
 
 
828 aa  617  1e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0692265  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.19 
 
 
828 aa  617  1e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.89 
 
 
825 aa  596  1e-169  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.313414  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0530  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.59 
 
 
849 aa  459  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.449477 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0875  DEAD/H associated domain protein  36.45 
 
 
908 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.888716  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0615  large atp-dependant helicase-related protein  36.28 
 
 
835 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0797  DEAD/DEAH box helicase-like  36.32 
 
 
904 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.79097  normal  0.907891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.74 
 
 
846 aa  443  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.593625 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2792  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.61 
 
 
801 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.536438 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4613  DEAD/DEAH box helicase  35.58 
 
 
937 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.14 
 
 
809 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.347748  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  35.39 
 
 
853 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3154  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.3 
 
 
836 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3350  DEAD/H associated domain protein  35.7 
 
 
834 aa  434  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.05 
 
 
806 aa  435  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0802  putative ATP dependent DNA helicase  35.31 
 
 
951 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0602568 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3478  DEAD/H associated domain protein  36.18 
 
 
836 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4760  DEAD/H associated domain protein  36.32 
 
 
846 aa  436  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0821998  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0826  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.79 
 
 
851 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00406242  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.02 
 
 
824 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0579695 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0372  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.45 
 
 
847 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349627  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0029  DEAD/H associated  34.98 
 
 
839 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0263  DEAD/H associated domain protein  36.67 
 
 
890 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0747  DEAD/DEAH box helicase-like  37.84 
 
 
905 aa  426  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.5182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  34.78 
 
 
841 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00670  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family protein  33.49 
 
 
868 aa  424  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1119  DEAD/H associated domain protein  35.94 
 
 
807 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.913802 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.72 
 
 
884 aa  422  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0453  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.46 
 
 
851 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.293341  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1188  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.7 
 
 
930 aa  419  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.558323  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4042  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.64 
 
 
851 aa  419  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266377  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3312  DEAD/DEAH box helicase-like  35.57 
 
 
804 aa  419  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0187  DEAD/DEAH box helicase  36.34 
 
 
835 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0864531  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0240  DEAD/DEAH box helicase-like  36.29 
 
 
853 aa  416  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0986  DEAD/DEAH box helicase-like  34.36 
 
 
807 aa  409  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26181  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0658  ATP-dependent helicase  36.59 
 
 
799 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0413  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.71 
 
 
811 aa  399  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2311  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.34 
 
 
799 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.266127  normal  0.172544 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0574  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.46 
 
 
799 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.07 
 
 
900 aa  353  7e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0156392  normal  0.41345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.46 
 
 
851 aa  307  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.151632  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0930  ATP-dependent helicase  29.67 
 
 
888 aa  298  3e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.960036  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0197  DEAD/H associated domain protein  29.28 
 
 
1688 aa  276  1.0000000000000001e-72  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000798352  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2819  ATP-dependent helicase  28.44 
 
 
915 aa  266  1e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0392  ATP-dependent helicase  26.76 
 
 
874 aa  261  4e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.447466 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2870  DEAD/H associated domain protein  28.89 
 
 
922 aa  259  1e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0444  ATP-dependent helicase  27.18 
 
 
874 aa  257  5e-67  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1527  ATP-dependent helicase  26.57 
 
 
874 aa  257  6e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.983295  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5792  DEAD/H associated domain protein  30.92 
 
 
1480 aa  257  6e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356725  normal  0.0833692 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0463  ATP-dependent helicase  25.49 
 
 
872 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0110872  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1087  DEAD/H associated domain protein  26.79 
 
 
875 aa  253  8.000000000000001e-66  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.414576  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  27.03 
 
 
873 aa  253  2e-65  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2240  DEAD/H associated domain protein  29.36 
 
 
1506 aa  246  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.589998 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2116  ATP-dependent helicase  27.28 
 
 
914 aa  244  3.9999999999999997e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200911  normal  0.796736 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0533  ATP-dependent helicase  27.09 
 
 
870 aa  241  5e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0618  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.83 
 
 
927 aa  238  3e-61  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000000220197 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4192  DEAD/H associated domain-containing protein  32.64 
 
 
1534 aa  237  7e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0456896 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1693  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.22 
 
 
928 aa  236  9e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000881072 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1253  ATP-dependent helicase  28.4 
 
 
941 aa  236  1.0000000000000001e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.57 
 
 
1476 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2365  putative ATP-dependent helicase Lhr  28.69 
 
 
1538 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.812889  normal  0.664089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1574  DEAD/H associated domain protein  29.18 
 
 
1379 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1879  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.63 
 
 
970 aa  233  8.000000000000001e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149039  normal  0.0231063 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6550  DEAD/H associated domain protein  31.13 
 
 
1573 aa  232  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.851379  normal  0.30774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1545  putative ATP-dependent helicase Lhr  28.34 
 
 
1538 aa  230  9e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.91893  normal  0.4804 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1730  putative ATP-dependent helicase Lhr  28.46 
 
 
1525 aa  230  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.01 
 
 
928 aa  229  1e-58  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.877561  hitchhiker  0.00000000000300252 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.42 
 
 
916 aa  229  1e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.111516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>