More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2038 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  100 
 
 		 378 aa  769    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  59.52 
 
 		 397 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  58.73 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  54.77 
 
 		 388 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  52.76 
 
 		 390 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  53.13 
 
 		 390 aa  413  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  51.83 
 
 		 386 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  52.96 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  53.14 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  53.39 
 
 		 405 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  49.01 
 
 		 394 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  47.63 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  48.73 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  48.73 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  48.73 
 
 		 394 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  48.44 
 
 		 405 aa  363  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  46.3 
 
 		 388 aa  362  4e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  49.15 
 
 		 384 aa  362  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  48.44 
 
 		 391 aa  359  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  47.46 
 
 		 401 aa  358  8e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  47.32 
 
 		 417 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  46.61 
 
 		 385 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  47.47 
 
 		 396 aa  355  6.999999999999999e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  47.04 
 
 		 417 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  48.16 
 
 		 378 aa  353  4e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  45.63 
 
 		 383 aa  351  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  47.93 
 
 		 383 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  45.72 
 
 		 385 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  44.15 
 
 		 377 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  44.15 
 
 		 377 aa  326  3e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  43.88 
 
 		 377 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  48.02 
 
 		 380 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  46.63 
 
 		 387 aa  325  9e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  47.5 
 
 		 380 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  43.87 
 
 		 377 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  45.55 
 
 		 401 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  47.74 
 
 		 380 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  43.35 
 
 		 377 aa  322  7e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  43.35 
 
 		 377 aa  322  7e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  43.35 
 
 		 377 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  43.09 
 
 		 377 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  43.09 
 
 		 377 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  46.41 
 
 		 379 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  44.51 
 
 		 389 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  41.95 
 
 		 385 aa  315  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  45.66 
 
 		 389 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  42.82 
 
 		 389 aa  311  9e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  45.38 
 
 		 389 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  45.38 
 
 		 389 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  42.54 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  42.25 
 
 		 389 aa  305  6e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  41.27 
 
 		 409 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  41.27 
 
 		 409 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  43.44 
 
 		 380 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  40.67 
 
 		 392 aa  261  1e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  44.16 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  34.29 
 
 		 381 aa  220  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  28.49 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  28.49 
 
 		 359 aa  142  8e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  26.36 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  27.18 
 
 		 498 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  28.33 
 
 		 460 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  27.12 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  26.42 
 
 		 494 aa  90.5  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  26.45 
 
 		 404 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0601  beta-lactam binding protein AmpH  28.19 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  26.33 
 
 		 482 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  26.33 
 
 		 482 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  26.03 
 
 		 544 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  23.91 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3068  beta-lactamase  26.82 
 
 		 466 aa  80.5  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129348 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1351  beta-lactamase class C-like protein  24.35 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.512666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9203  beta-lactamase  28.57 
 
 		 635 aa  80.1  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.606578 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01660  beta-lactamase  27.02 
 
 		 447 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142612  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3141  beta-lactamase  32.26 
 
 		 447 aa  79  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  25.79 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0467  beta-lactamase  22.28 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  24.38 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8144  beta-lactamase  32.32 
 
 		 674 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.977782 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  24.59 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  26.1 
 
 		 491 aa  77.4  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  26.5 
 
 		 650 aa  77  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0973  beta-lactamase  26.8 
 
 		 514 aa  77  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  26.1 
 
 		 578 aa  76.6  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  23.18 
 
 		 513 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5618  beta-lactamase  27.08 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.357665  normal  0.013094 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0784  beta-lactamase  26.93 
 
 		 638 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.433281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  24.6 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  23.78 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  26.09 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4667  beta-lactamase  26.1 
 
 		 498 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1621  beta-lactamase  24.22 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.193235  normal  0.330681 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  23.39 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  23.38 
 
 		 595 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2019  fmtA-like protein  21.94 
 
 		 505 aa  72.8  0.000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.15249  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1263  beta-lactamase-like protein  24.18 
 
 		 455 aa  73.2  0.000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  23.29 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6651  beta-lactam binding protein AmpH  27.67 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.448296  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5423  beta-lactamase  31.09 
 
 		 636 aa  72.8  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.251471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1230  beta-lactamase  25.07 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>