More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0601 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0601  beta-lactam binding protein AmpH  100 
 
 		 381 aa  768    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  40.58 
 
 		 373 aa  240  4e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6651  beta-lactam binding protein AmpH  37.04 
 
 		 369 aa  202  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.448296  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  34.46 
 
 		 385 aa  190  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00327  hypothetical protein  34.46 
 
 		 385 aa  190  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3233  beta-lactamase  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0448  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0293  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  34.46 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0417  beta-lactam binding protein AmpH  35.34 
 
 		 385 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.144637 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0411  beta-lactam binding protein AmpH  35.07 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0409  beta-lactam binding protein AmpH  35.07 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.225371  hitchhiker  0.000170283 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0429  beta-lactam binding protein AmpH  35.07 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.524845 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0471  beta-lactam binding protein AmpH  35.07 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.598882  normal  0.181498 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  32.81 
 
 		 380 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  33.42 
 
 		 383 aa  179  8e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  33.42 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  33.42 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0844  beta-lactam binding protein AmpH  33.6 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0659143 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  28.79 
 
 		 404 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  32.8 
 
 		 498 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  26.75 
 
 		 377 aa  106  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  27.01 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  28.89 
 
 		 397 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  26.68 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  27.42 
 
 		 397 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  26.93 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  26.75 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  26.23 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  26.67 
 
 		 377 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  34.83 
 
 		 460 aa  100  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  29.81 
 
 		 345 aa  99.8  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  26.67 
 
 		 377 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  26.67 
 
 		 377 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  30.09 
 
 		 401 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  24.65 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  27.24 
 
 		 494 aa  96.7  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  26.51 
 
 		 544 aa  96.3  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2779  beta-lactamase  30.91 
 
 		 445 aa  95.5  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000737728  hitchhiker  0.0000305116 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3068  beta-lactamase  29.08 
 
 		 466 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129348 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  26.1 
 
 		 385 aa  95.1  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  28.11 
 
 		 407 aa  94.7  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01660  beta-lactamase  29.97 
 
 		 447 aa  94.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  27.74 
 
 		 491 aa  93.2  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  29.78 
 
 		 578 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0467  beta-lactamase  25.6 
 
 		 520 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  27.78 
 
 		 487 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2218  hypothetical protein  25.83 
 
 		 485 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  28.07 
 
 		 386 aa  90.1  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0863  beta-lactamase  32.06 
 
 		 363 aa  89.7  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  25.88 
 
 		 388 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2264  hypothetical protein  26.09 
 
 		 485 aa  89.7  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.145649  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4667  beta-lactamase  29.75 
 
 		 498 aa  89.4  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3106  hypothetical protein  25.82 
 
 		 485 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000134591 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  24.48 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  26.32 
 
 		 446 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  31.33 
 
 		 450 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0653  beta-lactamase  28.74 
 
 		 531 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.04 
 
 		 442 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  28.61 
 
 		 387 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  26.59 
 
 		 426 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2346  hypothetical protein  25.43 
 
 		 485 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0051399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  27.72 
 
 		 559 aa  87.4  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  27.17 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  28.44 
 
 		 430 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  28.7 
 
 		 482 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  28.7 
 
 		 482 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4610  beta-lactamase  26.35 
 
 		 533 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0702461  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2262  hypothetical protein  25.56 
 
 		 485 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.60427e-26 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2632  beta-lactamase  25.8 
 
 		 503 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.119708  hitchhiker  0.000636173 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1230  beta-lactamase  26.92 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  25.77 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  27.33 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  29.31 
 
 		 378 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1263  beta-lactamase-like protein  26.92 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2081  hypothetical protein  25.35 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.765888  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2018  penicillin-binding protein  25.35 
 
 		 485 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.225321  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2235  hypothetical protein  25.35 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.336147  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  23.34 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3032  beta-lactamase  29.75 
 
 		 507 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.436003 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2659  beta-lactamase  23.03 
 
 		 662 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  28.29 
 
 		 475 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2018  penicillin-binding protein  25.54 
 
 		 485 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  32.4 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  23.89 
 
 		 359 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  28.7 
 
 		 405 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  24.92 
 
 		 498 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3157  beta-lactamase  27.73 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00126272  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  23.66 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  28.73 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1164  beta-lactamase  26.69 
 
 		 501 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  28.77 
 
 		 601 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  26.27 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  24.87 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  26.17 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  27.57 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1968  beta-lactamase  24.32 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.103464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>