More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1798 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  100 
 
 
426 aa  871    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  86.48 
 
 
430 aa  754    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  85.81 
 
 
431 aa  754    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  60.62 
 
 
444 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  56.04 
 
 
430 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  52.71 
 
 
440 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  53.41 
 
 
436 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  55.84 
 
 
437 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  45.9 
 
 
414 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  41.4 
 
 
440 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  38.63 
 
 
407 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  38.42 
 
 
407 aa  273  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  38.44 
 
 
407 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  37.9 
 
 
407 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  40 
 
 
402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  38.44 
 
 
409 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  36.41 
 
 
411 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  35.51 
 
 
415 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  37.93 
 
 
406 aa  250  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  38.74 
 
 
453 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.66 
 
 
423 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  35.8 
 
 
414 aa  242  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  37.01 
 
 
420 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  37.01 
 
 
420 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  39.11 
 
 
422 aa  240  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  34.55 
 
 
419 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  37.19 
 
 
420 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  35.31 
 
 
422 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  37.44 
 
 
418 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  35.25 
 
 
435 aa  233  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  35.61 
 
 
405 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  35.52 
 
 
420 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  35.61 
 
 
405 aa  229  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  36.5 
 
 
408 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  35.27 
 
 
447 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  34.71 
 
 
407 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.62 
 
 
433 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  34.81 
 
 
438 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  35.13 
 
 
424 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  36.1 
 
 
414 aa  226  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  35.54 
 
 
420 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  35.38 
 
 
405 aa  224  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  36.78 
 
 
454 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  35.98 
 
 
400 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  35.99 
 
 
426 aa  218  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.8 
 
 
410 aa  216  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  36.06 
 
 
417 aa  216  8e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  34.55 
 
 
424 aa  216  8e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  34.29 
 
 
411 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  34.89 
 
 
408 aa  213  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  33.57 
 
 
411 aa  212  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  34.04 
 
 
424 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  36.15 
 
 
370 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  35 
 
 
417 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  34.95 
 
 
613 aa  207  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  33.82 
 
 
445 aa  206  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  33.57 
 
 
424 aa  202  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  32.16 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  33.91 
 
 
425 aa  197  4.0000000000000005e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  35.24 
 
 
452 aa  196  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  35.1 
 
 
394 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.65 
 
 
409 aa  188  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  35.89 
 
 
401 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  35.62 
 
 
401 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  35.62 
 
 
401 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.48 
 
 
438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  33.66 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  31.89 
 
 
427 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  30.25 
 
 
399 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  31.03 
 
 
468 aa  181  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  33.51 
 
 
401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  33.6 
 
 
401 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  30.52 
 
 
399 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  29.03 
 
 
382 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  30.64 
 
 
431 aa  178  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  32.8 
 
 
401 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  33.16 
 
 
416 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.2 
 
 
412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  32.4 
 
 
377 aa  173  5e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  34.23 
 
 
422 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  31.18 
 
 
427 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  30.48 
 
 
395 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  29.84 
 
 
395 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  30.54 
 
 
431 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  30.6 
 
 
409 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  32.3 
 
 
438 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  28.61 
 
 
395 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  28.88 
 
 
395 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  32.15 
 
 
428 aa  157  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  30.51 
 
 
400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  33.24 
 
 
389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  34.32 
 
 
395 aa  150  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  28.21 
 
 
432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  31.44 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl600  putative beta-lactamase  26.97 
 
 
369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0093  beta-lactamase, putative  26.21 
 
 
375 aa  147  3e-34  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1860  putative esterase  30.46 
 
 
399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  31.43 
 
 
398 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  31.43 
 
 
398 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  30.19 
 
 
397 aa  146  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>