More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2708 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  100 
 
 
436 aa  875    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  79.77 
 
 
437 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  74.68 
 
 
430 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  72.92 
 
 
440 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  54.9 
 
 
430 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  54.4 
 
 
431 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  52.94 
 
 
426 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  54.91 
 
 
444 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  50.9 
 
 
414 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  42.49 
 
 
440 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  43.73 
 
 
407 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  40.95 
 
 
407 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  41.35 
 
 
409 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  40.35 
 
 
407 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  42.04 
 
 
402 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  40.76 
 
 
411 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  39.95 
 
 
407 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  39.83 
 
 
453 aa  260  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  37.19 
 
 
415 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.06 
 
 
423 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  41.76 
 
 
420 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  38.97 
 
 
414 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  39.64 
 
 
422 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  37.19 
 
 
422 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  37.65 
 
 
418 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  38.94 
 
 
420 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  38.94 
 
 
420 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  40.6 
 
 
420 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  38.12 
 
 
426 aa  229  9e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  38.02 
 
 
406 aa  229  9e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  36.54 
 
 
424 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  36.3 
 
 
445 aa  226  9e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  36.05 
 
 
438 aa  226  9e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  37.47 
 
 
408 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  37.83 
 
 
424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  34.7 
 
 
435 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  37.91 
 
 
417 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.68 
 
 
433 aa  220  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  36.36 
 
 
414 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.18 
 
 
419 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  36.95 
 
 
420 aa  217  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  32.81 
 
 
424 aa  216  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  37.6 
 
 
613 aa  213  5.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  36.25 
 
 
425 aa  213  7e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  36.94 
 
 
407 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  36.27 
 
 
405 aa  208  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.29 
 
 
410 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  36.54 
 
 
405 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  36 
 
 
405 aa  205  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  33.18 
 
 
447 aa  204  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  36.87 
 
 
370 aa  204  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  35.54 
 
 
454 aa  203  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  36.8 
 
 
408 aa  202  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  35.97 
 
 
427 aa  202  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  37.76 
 
 
417 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.43 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  37.3 
 
 
424 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  37.13 
 
 
401 aa  197  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  35.82 
 
 
452 aa  197  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  32.86 
 
 
411 aa  197  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.17 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.17 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  36.87 
 
 
400 aa  195  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  32.87 
 
 
411 aa  195  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.68 
 
 
395 aa  193  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  34.59 
 
 
399 aa  192  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  35.54 
 
 
401 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  32.92 
 
 
395 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  36.41 
 
 
401 aa  190  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  33.5 
 
 
399 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  32.89 
 
 
395 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  32.69 
 
 
395 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  32.54 
 
 
418 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  33.41 
 
 
438 aa  183  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  37.75 
 
 
389 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  33.33 
 
 
468 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  36 
 
 
400 aa  176  5e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  33.61 
 
 
419 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  33.33 
 
 
397 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  32.11 
 
 
382 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.93 
 
 
409 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  33.89 
 
 
396 aa  172  7.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  34.7 
 
 
412 aa  172  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  33.84 
 
 
394 aa  172  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.69 
 
 
428 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  32.19 
 
 
416 aa  166  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  35.84 
 
 
395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  31.5 
 
 
410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  28.05 
 
 
431 aa  164  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  32.58 
 
 
387 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  33.07 
 
 
406 aa  161  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  30.62 
 
 
422 aa  160  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2230  beta-lactamase  33.24 
 
 
380 aa  160  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  28.98 
 
 
427 aa  159  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  32.35 
 
 
431 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  32.95 
 
 
397 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  32.05 
 
 
437 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  33.42 
 
 
398 aa  156  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  33.42 
 
 
398 aa  156  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  30.19 
 
 
397 aa  156  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>