More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1601 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  100 
 
 		 444 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  58.74 
 
 		 431 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  62.91 
 
 		 426 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  59.35 
 
 		 430 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  58.59 
 
 		 430 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  57.81 
 
 		 440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  54.91 
 
 		 436 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  60.62 
 
 		 437 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  52.16 
 
 		 414 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  43.18 
 
 		 440 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  41.92 
 
 		 407 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  41.92 
 
 		 407 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  42.82 
 
 		 411 aa  293  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  39.3 
 
 		 407 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  42.28 
 
 		 407 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  37.84 
 
 		 415 aa  273  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  40.4 
 
 		 409 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  39.19 
 
 		 402 aa  261  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  38.15 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.55 
 
 		 423 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  38.11 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  37.44 
 
 		 422 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  37.22 
 
 		 406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  38.83 
 
 		 420 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  36.92 
 
 		 420 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  36.92 
 
 		 420 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  36.25 
 
 		 435 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  35.94 
 
 		 419 aa  236  8e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  37.59 
 
 		 422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  34.83 
 
 		 414 aa  233  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  37.41 
 
 		 426 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  37.41 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  34.31 
 
 		 445 aa  226  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  34.7 
 
 		 454 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  36.34 
 
 		 418 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.52 
 
 		 407 aa  223  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  35.48 
 
 		 405 aa  223  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  35.83 
 
 		 424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  35.25 
 
 		 405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  34.81 
 
 		 408 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  35.7 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  35.14 
 
 		 424 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  35.28 
 
 		 433 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  36.11 
 
 		 405 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.37 
 
 		 414 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  35.94 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.62 
 
 		 452 aa  212  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  33.9 
 
 		 447 aa  212  9e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  35.85 
 
 		 408 aa  212  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  37.97 
 
 		 613 aa  211  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  34.52 
 
 		 424 aa  208  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  35.6 
 
 		 370 aa  209  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  34.6 
 
 		 417 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  33.18 
 
 		 418 aa  203  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  35.4 
 
 		 410 aa  203  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  33.02 
 
 		 424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  32.3 
 
 		 411 aa  200  5e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  31.4 
 
 		 411 aa  197  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  32.38 
 
 		 425 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  33.42 
 
 		 427 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  31.03 
 
 		 399 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  33.58 
 
 		 400 aa  189  8e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  30.77 
 
 		 399 aa  189  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  34.16 
 
 		 401 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  34.16 
 
 		 401 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  34.83 
 
 		 401 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  33.7 
 
 		 401 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  34.62 
 
 		 401 aa  184  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.24 
 
 		 395 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  33.78 
 
 		 401 aa  179  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  31.98 
 
 		 395 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  31.78 
 
 		 395 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  32.95 
 
 		 438 aa  173  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  31.13 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  30.05 
 
 		 468 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.75 
 
 		 438 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.03 
 
 		 412 aa  167  2e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  32.72 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.43 
 
 		 428 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  29.8 
 
 		 431 aa  168  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  36.71 
 
 		 395 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  29.68 
 
 		 409 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  27.5 
 
 		 382 aa  164  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  30.34 
 
 		 416 aa  163  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  34.28 
 
 		 431 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  30.41 
 
 		 427 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  31.46 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  36.53 
 
 		 389 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  30.07 
 
 		 406 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2613  beta-lactamase  30.9 
 
 		 398 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  30.22 
 
 		 398 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  31.22 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  31.22 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  31.9 
 
 		 394 aa  155  9e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  30.25 
 
 		 419 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  31.73 
 
 		 437 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  31.03 
 
 		 422 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  31.18 
 
 		 397 aa  154  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  30.62 
 
 		 396 aa  150  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl216  putative beta-lactamase  28.72 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>