More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1762 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  84.42 
 
 
426 aa  730    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  89.33 
 
 
430 aa  791    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  100 
 
 
431 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  58.74 
 
 
444 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  56.3 
 
 
430 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  54.4 
 
 
436 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  52.73 
 
 
440 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  56.6 
 
 
437 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  47.21 
 
 
414 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  42.54 
 
 
440 aa  328  9e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  39.7 
 
 
407 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  39.45 
 
 
407 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  38.02 
 
 
407 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  38.35 
 
 
407 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  39.35 
 
 
402 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  37.16 
 
 
411 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  38.44 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  38.48 
 
 
420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  38.48 
 
 
420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  35.19 
 
 
415 aa  252  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  37.75 
 
 
406 aa  251  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  36.61 
 
 
414 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  36.65 
 
 
407 aa  244  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  38.98 
 
 
418 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  37.23 
 
 
405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  37.23 
 
 
405 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  35.83 
 
 
422 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  37.93 
 
 
420 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  37.77 
 
 
453 aa  239  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  35 
 
 
435 aa  238  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  36.84 
 
 
422 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  35.99 
 
 
420 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  37.01 
 
 
405 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  37.38 
 
 
420 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  36.58 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  34.89 
 
 
447 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  36.76 
 
 
408 aa  233  6e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  36.17 
 
 
424 aa  229  8e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.47 
 
 
433 aa  226  5.0000000000000005e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  34.32 
 
 
438 aa  225  9e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  36.12 
 
 
426 aa  223  6e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.1 
 
 
419 aa  223  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  35.24 
 
 
424 aa  219  7.999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.96 
 
 
414 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  36.95 
 
 
400 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.71 
 
 
410 aa  218  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  34.06 
 
 
445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  33.86 
 
 
424 aa  210  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  35.01 
 
 
417 aa  210  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  33.1 
 
 
454 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  34.28 
 
 
424 aa  208  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  35.73 
 
 
370 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  34.69 
 
 
417 aa  207  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  35.61 
 
 
613 aa  203  6e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  33.09 
 
 
408 aa  198  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  32.95 
 
 
425 aa  196  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  31.91 
 
 
411 aa  196  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  31.03 
 
 
411 aa  193  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  32.99 
 
 
427 aa  189  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.13 
 
 
438 aa  189  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  34.29 
 
 
401 aa  189  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  30 
 
 
399 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  34.03 
 
 
401 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  33.91 
 
 
406 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  30.35 
 
 
418 aa  188  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  34.03 
 
 
401 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  32.78 
 
 
409 aa  188  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  33.95 
 
 
401 aa  186  6e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  33.33 
 
 
452 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  30.25 
 
 
382 aa  186  9e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  30.34 
 
 
399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  31.95 
 
 
468 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  31.19 
 
 
427 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  33.51 
 
 
416 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  33.8 
 
 
431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  33.07 
 
 
401 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  33.42 
 
 
401 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.93 
 
 
412 aa  173  6.999999999999999e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  33.79 
 
 
438 aa  173  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  30 
 
 
431 aa  172  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  31.46 
 
 
394 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  31.28 
 
 
395 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  30.61 
 
 
377 aa  166  9e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  32.5 
 
 
428 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  31.84 
 
 
409 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  30.1 
 
 
395 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  33.09 
 
 
422 aa  162  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  32.84 
 
 
389 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  31.48 
 
 
400 aa  155  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0093  beta-lactamase, putative  27.48 
 
 
375 aa  153  5e-36  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  28.38 
 
 
395 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  28.61 
 
 
395 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  31.2 
 
 
395 aa  152  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl600  putative beta-lactamase  26.9 
 
 
369 aa  150  3e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0340  esterase, putative  31.88 
 
 
398 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0087  putative esterase  31.88 
 
 
398 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.490998  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2474  putative esterase  31.88 
 
 
398 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.506613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0639  putative esterase  31.88 
 
 
398 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.74574  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0881  putative esterase  31.62 
 
 
398 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1043  beta-lactamase  31.62 
 
 
398 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>