More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2440 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  72.92 
 
 
424 aa  641    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  100 
 
 
422 aa  863    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  84.93 
 
 
420 aa  743    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  76.2 
 
 
417 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  85.2 
 
 
420 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  72.41 
 
 
424 aa  646    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  70.14 
 
 
424 aa  629  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  62.16 
 
 
418 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  63.39 
 
 
420 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  60.85 
 
 
408 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  62.41 
 
 
420 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  62.41 
 
 
420 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  56.54 
 
 
414 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  50.75 
 
 
406 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  50.98 
 
 
414 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  50.97 
 
 
445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  52.63 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  53.87 
 
 
410 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  52.99 
 
 
370 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  51.01 
 
 
405 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  51.26 
 
 
405 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  51.26 
 
 
405 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  50.25 
 
 
406 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  48.87 
 
 
407 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  45.34 
 
 
417 aa  332  9e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  40.75 
 
 
419 aa  317  3e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  43.46 
 
 
438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  40.87 
 
 
411 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  40.86 
 
 
412 aa  294  2e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  42.68 
 
 
407 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  42.89 
 
 
407 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  40.33 
 
 
411 aa  286  7e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  41.12 
 
 
407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  41.93 
 
 
407 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  39.86 
 
 
424 aa  280  5e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  38.28 
 
 
440 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  40.61 
 
 
411 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  38.31 
 
 
399 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  38.61 
 
 
433 aa  271  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  37.71 
 
 
426 aa  270  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  38.54 
 
 
399 aa  270  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  38.3 
 
 
454 aa  266  4e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  39.52 
 
 
418 aa  265  8.999999999999999e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  40.56 
 
 
415 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  39.74 
 
 
402 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  38.35 
 
 
409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  36.64 
 
 
447 aa  253  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  39.12 
 
 
613 aa  252  7e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.71 
 
 
427 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  36.16 
 
 
408 aa  249  6e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.18 
 
 
452 aa  245  9e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  34.67 
 
 
430 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  35.83 
 
 
431 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  40.05 
 
 
453 aa  239  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  35.38 
 
 
426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  36.86 
 
 
468 aa  234  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  36.61 
 
 
401 aa  232  1e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  33.58 
 
 
423 aa  230  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  37.84 
 
 
414 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.4 
 
 
401 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.4 
 
 
401 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  39.95 
 
 
440 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.5 
 
 
401 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  36.73 
 
 
430 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  39.13 
 
 
436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  36.39 
 
 
444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  34.66 
 
 
425 aa  221  3e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  35.11 
 
 
416 aa  219  7.999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  33.18 
 
 
427 aa  219  8.999999999999998e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  36.26 
 
 
401 aa  217  2e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  37.18 
 
 
437 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  34.2 
 
 
382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  35.16 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  33.33 
 
 
422 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.36 
 
 
438 aa  207  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  33.41 
 
 
438 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  34.23 
 
 
409 aa  202  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  31.25 
 
 
435 aa  199  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.07 
 
 
395 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  34.16 
 
 
431 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  31.13 
 
 
432 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  33.07 
 
 
395 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  30.81 
 
 
395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  32.89 
 
 
395 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  30.14 
 
 
431 aa  181  2.9999999999999997e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.08 
 
 
428 aa  179  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  31.62 
 
 
391 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  32.41 
 
 
411 aa  176  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  30.94 
 
 
394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  31.6 
 
 
396 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  32.91 
 
 
397 aa  170  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  33.25 
 
 
422 aa  169  7e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  29.68 
 
 
437 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1105  beta-lactamase  28.87 
 
 
389 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  31.63 
 
 
419 aa  166  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  33.06 
 
 
409 aa  166  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  31.45 
 
 
398 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  31.45 
 
 
398 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  31.54 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1252  beta-lactamase  31.55 
 
 
389 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0579433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>