More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3197 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  75 
 
 		 424 aa  652    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  76.21 
 
 		 424 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  74.52 
 
 		 422 aa  655    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  75 
 
 		 420 aa  651    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  100 
 
 		 417 aa  850    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  76.85 
 
 		 420 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  74.94 
 
 		 424 aa  664    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  63.3 
 
 		 418 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  62.59 
 
 		 408 aa  531  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  64.78 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  63.57 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  63.57 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  59.01 
 
 		 414 aa  481  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  53.66 
 
 		 414 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  52.87 
 
 		 406 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  55.36 
 
 		 410 aa  409  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  53.63 
 
 		 400 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  55.04 
 
 		 370 aa  408  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  53.4 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  53.4 
 
 		 405 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  52.36 
 
 		 445 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  54.04 
 
 		 405 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  50.13 
 
 		 407 aa  381  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  50.36 
 
 		 406 aa  378  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  46.7 
 
 		 417 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  39.95 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  43.28 
 
 		 412 aa  294  2e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  39.37 
 
 		 411 aa  283  6.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  39.1 
 
 		 411 aa  280  2e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  41.96 
 
 		 407 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  40.1 
 
 		 407 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  39.66 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  41.46 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  41.23 
 
 		 411 aa  270  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  38.93 
 
 		 426 aa  269  7e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  37.68 
 
 		 433 aa  259  5.0000000000000005e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  39.38 
 
 		 418 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  38.78 
 
 		 440 aa  259  8e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  41.03 
 
 		 409 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  38.39 
 
 		 424 aa  257  2e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  39.02 
 
 		 407 aa  256  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  38.66 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  39.3 
 
 		 399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  39.29 
 
 		 415 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  39.95 
 
 		 402 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  38.06 
 
 		 399 aa  250  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  35.9 
 
 		 447 aa  249  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  39.34 
 
 		 427 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  36.72 
 
 		 408 aa  242  7e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  35.31 
 
 		 423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  37.7 
 
 		 401 aa  238  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  39.12 
 
 		 613 aa  237  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  38.07 
 
 		 414 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  40.76 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  37.59 
 
 		 468 aa  231  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.87 
 
 		 401 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.87 
 
 		 401 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.98 
 
 		 401 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  37.53 
 
 		 425 aa  226  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  35.45 
 
 		 452 aa  225  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  37.91 
 
 		 401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  36.54 
 
 		 401 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  33.89 
 
 		 438 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  35.82 
 
 		 430 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  34.96 
 
 		 431 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  34.81 
 
 		 426 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  32.75 
 
 		 435 aa  210  4e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  38.02 
 
 		 440 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  37.36 
 
 		 436 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  36.36 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  34.14 
 
 		 438 aa  205  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  33.89 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  34.15 
 
 		 444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  32.8 
 
 		 395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  36.18 
 
 		 437 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  33 
 
 		 382 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  34.29 
 
 		 409 aa  199  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  31.68 
 
 		 427 aa  199  9e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  34.31 
 
 		 416 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  35.7 
 
 		 431 aa  192  6e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  33.24 
 
 		 377 aa  192  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  33.16 
 
 		 395 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  30.3 
 
 		 432 aa  187  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  31.55 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  33.91 
 
 		 394 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  33.15 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  33.85 
 
 		 391 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  35.65 
 
 		 428 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  34.15 
 
 		 396 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  34.1 
 
 		 419 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  35.2 
 
 		 389 aa  179  8e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  31.13 
 
 		 431 aa  177  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  30.11 
 
 		 437 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  33.75 
 
 		 397 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  32.3 
 
 		 396 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  32.84 
 
 		 397 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  33.6 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  32.19 
 
 		 411 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  33.25 
 
 		 393 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  33.08 
 
 		 398 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>