More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5348 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  88.18 
 
 
406 aa  729    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  100 
 
 
414 aa  834    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  74.56 
 
 
405 aa  594  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  74.31 
 
 
405 aa  591  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  73.8 
 
 
405 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  68.42 
 
 
407 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  51.67 
 
 
424 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  53.22 
 
 
445 aa  421  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  50.71 
 
 
424 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  54.31 
 
 
417 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  52.08 
 
 
420 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  50.98 
 
 
422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  49.88 
 
 
424 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  51.63 
 
 
420 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  51.47 
 
 
418 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  49.5 
 
 
408 aa  395  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  48.77 
 
 
420 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  52.19 
 
 
370 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  49.03 
 
 
420 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  49.03 
 
 
420 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  47.39 
 
 
414 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  48.9 
 
 
417 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  46.37 
 
 
400 aa  334  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  41.29 
 
 
419 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  46.91 
 
 
410 aa  325  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  41.23 
 
 
411 aa  311  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  44.74 
 
 
426 aa  310  4e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  43.87 
 
 
406 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  40.38 
 
 
424 aa  308  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  42.58 
 
 
440 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  40.05 
 
 
411 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  43.49 
 
 
407 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  41.94 
 
 
438 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  40.78 
 
 
447 aa  295  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  44.77 
 
 
402 aa  294  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  41.19 
 
 
407 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  44.27 
 
 
613 aa  289  7e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  40.89 
 
 
407 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  39.31 
 
 
433 aa  287  2.9999999999999996e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  41.05 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  42.82 
 
 
412 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  40.29 
 
 
407 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  42.65 
 
 
453 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  42.14 
 
 
399 aa  282  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  41.54 
 
 
411 aa  280  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  39.36 
 
 
408 aa  276  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  41.09 
 
 
409 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  43.39 
 
 
399 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  39.95 
 
 
415 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  37.41 
 
 
423 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  38.57 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  38.1 
 
 
418 aa  253  6e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  36.19 
 
 
430 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  36.61 
 
 
431 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  35.96 
 
 
435 aa  246  4e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  40.68 
 
 
427 aa  242  7e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  37.75 
 
 
438 aa  242  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  35.8 
 
 
426 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  33.02 
 
 
427 aa  241  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  39.75 
 
 
438 aa  237  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  40.6 
 
 
414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  38.38 
 
 
468 aa  230  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  39.12 
 
 
436 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  34.33 
 
 
444 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  40.44 
 
 
401 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  40.44 
 
 
401 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  38.56 
 
 
409 aa  218  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  40.55 
 
 
401 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  34.67 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  35.85 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  36.97 
 
 
440 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  33.58 
 
 
382 aa  211  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  34.79 
 
 
422 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  39.02 
 
 
401 aa  211  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  35.83 
 
 
430 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  39.26 
 
 
401 aa  209  8e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  37.5 
 
 
437 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  39.27 
 
 
401 aa  206  9e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  36.53 
 
 
428 aa  205  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  37.99 
 
 
394 aa  202  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  34.48 
 
 
395 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.25 
 
 
395 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  35.73 
 
 
431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  32.63 
 
 
395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  35.63 
 
 
416 aa  200  5e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  33.07 
 
 
395 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  36.18 
 
 
389 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  37.34 
 
 
391 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  34.94 
 
 
419 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  35.5 
 
 
395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  36.1 
 
 
398 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  33.77 
 
 
397 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  37.76 
 
 
396 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  29.33 
 
 
431 aa  179  7e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  29.69 
 
 
377 aa  176  7e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  33.42 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  33.78 
 
 
397 aa  173  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  36.1 
 
 
398 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  36.1 
 
 
398 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  34.79 
 
 
393 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>