More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3704 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  100 
 
 		 407 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  86.98 
 
 		 407 aa  725    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  84.77 
 
 		 407 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  73.03 
 
 		 409 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  67.64 
 
 		 411 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  47.24 
 
 		 402 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  47.39 
 
 		 440 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  47.77 
 
 		 407 aa  349  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  46.88 
 
 		 415 aa  349  6e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  43.38 
 
 		 453 aa  319  7e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  44.36 
 
 		 414 aa  309  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  41.48 
 
 		 445 aa  296  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  40.34 
 
 		 435 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  40.59 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  41.37 
 
 		 423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  41.61 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  40.59 
 
 		 411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  40.29 
 
 		 414 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  42.22 
 
 		 420 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  42.39 
 
 		 420 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  39.05 
 
 		 431 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  40.29 
 
 		 422 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  42.42 
 
 		 444 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  38.94 
 
 		 426 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  40.31 
 
 		 430 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  40.68 
 
 		 418 aa  272  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  41.95 
 
 		 370 aa  272  9e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  42.3 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  40.47 
 
 		 424 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  39.21 
 
 		 406 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  39.38 
 
 		 424 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  40.1 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  41.3 
 
 		 438 aa  268  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  39.79 
 
 		 430 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  38.24 
 
 		 405 aa  265  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  40.8 
 
 		 424 aa  264  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  37.99 
 
 		 405 aa  264  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  40.38 
 
 		 420 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  38.78 
 
 		 407 aa  263  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  38.4 
 
 		 419 aa  262  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  40.44 
 
 		 420 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  40.44 
 
 		 420 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  38.18 
 
 		 405 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  39.41 
 
 		 424 aa  260  4e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  39.9 
 
 		 440 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  41.88 
 
 		 400 aa  257  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  40.39 
 
 		 410 aa  255  9e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  38.39 
 
 		 418 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  38.06 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  36.96 
 
 		 454 aa  249  6e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  38.82 
 
 		 436 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  39.41 
 
 		 406 aa  246  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  37.44 
 
 		 414 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  37.28 
 
 		 447 aa  239  5.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  39.42 
 
 		 613 aa  234  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.65 
 
 		 427 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  36.73 
 
 		 426 aa  229  5e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  38.85 
 
 		 437 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  36.98 
 
 		 417 aa  228  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.25 
 
 		 452 aa  225  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.19 
 
 		 399 aa  222  9e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  36.46 
 
 		 399 aa  221  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  35.57 
 
 		 408 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  35.01 
 
 		 427 aa  213  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  35.28 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  35.28 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  35.28 
 
 		 401 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  32.57 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  36.34 
 
 		 401 aa  208  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  35.64 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  34.07 
 
 		 468 aa  202  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  35.11 
 
 		 401 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  34.1 
 
 		 412 aa  197  3e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  34.73 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  32.73 
 
 		 438 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  35.75 
 
 		 394 aa  190  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  32.09 
 
 		 422 aa  189  5e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  35.57 
 
 		 416 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  31.96 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.61 
 
 		 395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  33.67 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  33.42 
 
 		 395 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  31.28 
 
 		 395 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  35.38 
 
 		 428 aa  179  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  31.89 
 
 		 431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  36.08 
 
 		 431 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  29.03 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  30.25 
 
 		 437 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  31.06 
 
 		 377 aa  169  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  33.53 
 
 		 389 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  32.44 
 
 		 409 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  31.23 
 
 		 397 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  31.98 
 
 		 397 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  31.75 
 
 		 419 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  30.87 
 
 		 396 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  31.11 
 
 		 411 aa  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  30.98 
 
 		 410 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  30.86 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  30.79 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  32.04 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.407682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>