More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3205 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  85.53 
 
 		 407 aa  714    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  92.63 
 
 		 407 aa  761    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  100 
 
 		 407 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  73.67 
 
 		 409 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  64.96 
 
 		 411 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  46.79 
 
 		 402 aa  383  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  46.15 
 
 		 440 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  48.1 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  45.7 
 
 		 415 aa  342  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  46.78 
 
 		 453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  44.11 
 
 		 414 aa  310  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  41.13 
 
 		 445 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  42.48 
 
 		 422 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  40.49 
 
 		 435 aa  291  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  41.19 
 
 		 414 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  41.92 
 
 		 420 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  40.34 
 
 		 411 aa  288  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  40.59 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  41.87 
 
 		 420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  41.41 
 
 		 424 aa  282  7.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  40.2 
 
 		 406 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  39.95 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  41.85 
 
 		 438 aa  279  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  41.92 
 
 		 444 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  41.37 
 
 		 430 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  40.49 
 
 		 408 aa  275  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  39.8 
 
 		 430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  39.85 
 
 		 407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  39.23 
 
 		 424 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  38.26 
 
 		 431 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  40.86 
 
 		 424 aa  271  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  38.44 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  39.57 
 
 		 418 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  37.47 
 
 		 419 aa  270  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  37.72 
 
 		 405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  37.72 
 
 		 405 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  40.98 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  39.11 
 
 		 422 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  40.35 
 
 		 440 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  41.77 
 
 		 410 aa  263  4.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  41.71 
 
 		 400 aa  261  1e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  40.69 
 
 		 420 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  40.69 
 
 		 420 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  40.11 
 
 		 370 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  37.41 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  38.88 
 
 		 418 aa  261  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  37.83 
 
 		 436 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  39.61 
 
 		 420 aa  259  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  37.68 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  38.69 
 
 		 414 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  39.32 
 
 		 424 aa  245  8e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  37.35 
 
 		 433 aa  243  3.9999999999999997e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  36.25 
 
 		 447 aa  242  7.999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  37.75 
 
 		 417 aa  242  7.999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  37.73 
 
 		 408 aa  236  7e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  37.11 
 
 		 452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  39.46 
 
 		 613 aa  233  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  37.91 
 
 		 437 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  36.27 
 
 		 426 aa  230  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.7 
 
 		 399 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.71 
 
 		 427 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  37.5 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  36.56 
 
 		 399 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  36.39 
 
 		 401 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  36.39 
 
 		 401 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  36.39 
 
 		 401 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  36.06 
 
 		 401 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  36.06 
 
 		 401 aa  209  5e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  34.35 
 
 		 427 aa  207  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  31.04 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  33 
 
 		 412 aa  200  5e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  34.64 
 
 		 438 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  35.34 
 
 		 409 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  35.14 
 
 		 395 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.74 
 
 		 438 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  36.1 
 
 		 394 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  32.99 
 
 		 468 aa  189  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  32.88 
 
 		 395 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  34.44 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  35.34 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  31.58 
 
 		 422 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.42 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.61 
 
 		 428 aa  180  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  36.71 
 
 		 431 aa  177  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  33.16 
 
 		 425 aa  177  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  31.65 
 
 		 395 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  31.34 
 
 		 431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  31.34 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  34.8 
 
 		 389 aa  170  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  33.33 
 
 		 419 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  32.6 
 
 		 397 aa  163  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  32.58 
 
 		 398 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  32.58 
 
 		 398 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  34.72 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  31.9 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2230  beta-lactamase  34.37 
 
 		 380 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2613  beta-lactamase  32.16 
 
 		 398 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  29.61 
 
 		 377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4066  beta-lactamase  30.67 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  31.65 
 
 		 392 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.407682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>