More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3606 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  100 
 
 		 419 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  47.3 
 
 		 370 aa  340  2.9999999999999998e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  43.28 
 
 		 406 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  43.07 
 
 		 445 aa  335  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  41.29 
 
 		 414 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  42.46 
 
 		 438 aa  325  1e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  41.6 
 
 		 405 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  39.75 
 
 		 420 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  40.85 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  40.75 
 
 		 422 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  39.61 
 
 		 424 aa  316  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  41.2 
 
 		 424 aa  316  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  39.26 
 
 		 420 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  40 
 
 		 408 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  40.35 
 
 		 405 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  39.76 
 
 		 454 aa  306  6e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  39.65 
 
 		 407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  40.67 
 
 		 411 aa  303  5.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  39.04 
 
 		 424 aa  300  5e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  40.15 
 
 		 417 aa  299  7e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  40.69 
 
 		 418 aa  299  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  40.16 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  40 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  40 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  40.69 
 
 		 420 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  39.9 
 
 		 411 aa  297  3e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  38.8 
 
 		 418 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  40.95 
 
 		 402 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  40.3 
 
 		 414 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  39.6 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  39.3 
 
 		 613 aa  280  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  38.28 
 
 		 423 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  38.8 
 
 		 408 aa  279  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  38.61 
 
 		 410 aa  276  7e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  37.91 
 
 		 435 aa  275  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  37.73 
 
 		 426 aa  273  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  41.63 
 
 		 440 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  37.68 
 
 		 447 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  37.41 
 
 		 424 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  38 
 
 		 399 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  37.47 
 
 		 407 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  37.02 
 
 		 415 aa  266  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.75 
 
 		 399 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  37.12 
 
 		 407 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  38.4 
 
 		 407 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  35.22 
 
 		 433 aa  258  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  35.78 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.5 
 
 		 427 aa  253  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  36.75 
 
 		 400 aa  252  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  37.8 
 
 		 411 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  37.33 
 
 		 409 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  36.32 
 
 		 412 aa  250  4e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  36.32 
 
 		 406 aa  248  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  34.11 
 
 		 422 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  35.71 
 
 		 427 aa  246  6e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  37.33 
 
 		 401 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  37.33 
 
 		 401 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  37.43 
 
 		 401 aa  237  2e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  34.57 
 
 		 430 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  36.12 
 
 		 401 aa  231  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  35.78 
 
 		 452 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  35.78 
 
 		 426 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  35.58 
 
 		 401 aa  227  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  34.19 
 
 		 414 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  33.1 
 
 		 431 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  35.25 
 
 		 444 aa  222  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  33.61 
 
 		 401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  34.9 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  34.31 
 
 		 425 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  32.88 
 
 		 468 aa  216  8e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  34.4 
 
 		 438 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  32.2 
 
 		 409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  34.85 
 
 		 394 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  36.39 
 
 		 437 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  32.14 
 
 		 416 aa  213  7e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  34.1 
 
 		 430 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  31.99 
 
 		 436 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  33.42 
 
 		 440 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.33 
 
 		 395 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  33.74 
 
 		 431 aa  201  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  32.56 
 
 		 395 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  33.07 
 
 		 419 aa  199  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  32.68 
 
 		 438 aa  199  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  32.72 
 
 		 428 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  32.68 
 
 		 411 aa  194  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  32.91 
 
 		 422 aa  193  4e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  30.71 
 
 		 397 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  32.16 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  31.45 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  32.51 
 
 		 437 aa  186  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  30.3 
 
 		 393 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  31.94 
 
 		 432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  30.71 
 
 		 397 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3476  beta-lactamase  30.38 
 
 		 404 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  32.74 
 
 		 431 aa  182  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  31.78 
 
 		 392 aa  182  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.407682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  33.43 
 
 		 397 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  30.13 
 
 		 393 aa  179  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  28.68 
 
 		 391 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  30.02 
 
 		 396 aa  176  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>