More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1842 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  100 
 
 
418 aa  847    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  54.52 
 
 
411 aa  450  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  54.05 
 
 
411 aa  445  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  39.52 
 
 
419 aa  300  2e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  41.77 
 
 
424 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  41.37 
 
 
424 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  40.05 
 
 
445 aa  291  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  41.15 
 
 
418 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  40.48 
 
 
420 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  41.77 
 
 
420 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  40.24 
 
 
420 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  39.52 
 
 
422 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  38.88 
 
 
407 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  42 
 
 
420 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  40.33 
 
 
424 aa  271  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  42 
 
 
420 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  41.41 
 
 
370 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  39.05 
 
 
406 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  37.65 
 
 
407 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  38.39 
 
 
407 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  38.1 
 
 
414 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  39.1 
 
 
417 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  38.59 
 
 
408 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  37.01 
 
 
411 aa  259  8e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  37.79 
 
 
417 aa  257  3e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  39.02 
 
 
453 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  38.12 
 
 
405 aa  255  8e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  37.88 
 
 
405 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  36.21 
 
 
402 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  38.35 
 
 
405 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  36.23 
 
 
438 aa  246  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  38.04 
 
 
613 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  35.73 
 
 
407 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  37.27 
 
 
426 aa  238  1e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  35.97 
 
 
399 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.21 
 
 
407 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  35.87 
 
 
409 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  35.31 
 
 
415 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  35.95 
 
 
440 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  35.25 
 
 
399 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  34.52 
 
 
447 aa  233  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  39.81 
 
 
400 aa  232  9e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.83 
 
 
410 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  35.81 
 
 
454 aa  227  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  36.43 
 
 
427 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  36.97 
 
 
414 aa  226  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  35.06 
 
 
424 aa  222  9e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  35.46 
 
 
452 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  34.52 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  35.68 
 
 
408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  35.77 
 
 
401 aa  212  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  35.77 
 
 
401 aa  212  7.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  35.77 
 
 
401 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  33.57 
 
 
433 aa  209  9e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  33.1 
 
 
426 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  33.33 
 
 
435 aa  206  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  31.84 
 
 
430 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  33.09 
 
 
412 aa  203  5e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  35.94 
 
 
401 aa  203  6e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  34.79 
 
 
468 aa  200  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  33.09 
 
 
430 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  34.64 
 
 
401 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  31.86 
 
 
427 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  31.29 
 
 
431 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  33.65 
 
 
444 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  33.93 
 
 
440 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  33.81 
 
 
422 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  31.45 
 
 
382 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  33.18 
 
 
438 aa  190  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  33.25 
 
 
414 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  35.15 
 
 
406 aa  189  8e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  32.65 
 
 
416 aa  186  7e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  32.8 
 
 
401 aa  183  6e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  31.89 
 
 
436 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  30.14 
 
 
438 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  33.25 
 
 
394 aa  179  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  35.05 
 
 
422 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  32.06 
 
 
409 aa  176  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  32.8 
 
 
431 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  33.17 
 
 
397 aa  170  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3282  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  54.86 
 
 
158 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  30.17 
 
 
425 aa  164  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0093  beta-lactamase, putative  26.49 
 
 
375 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  29.92 
 
 
395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  33.53 
 
 
428 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  31.87 
 
 
437 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  28.5 
 
 
431 aa  163  6e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  33.68 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  28.98 
 
 
395 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  29.44 
 
 
419 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  28.79 
 
 
377 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  27.71 
 
 
395 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  27.56 
 
 
395 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  34.2 
 
 
398 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  33.58 
 
 
398 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  33.58 
 
 
398 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  31.94 
 
 
397 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  30.6 
 
 
395 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  30.71 
 
 
389 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3034  beta-lactamase  31.25 
 
 
413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396527  normal  0.941046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>