More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2750 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  79.77 
 
 
436 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  100 
 
 
437 aa  887    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  72.75 
 
 
430 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  71.79 
 
 
440 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  55.34 
 
 
430 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  56.68 
 
 
444 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  54.1 
 
 
431 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  55.84 
 
 
426 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  50.13 
 
 
414 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  40.97 
 
 
440 aa  322  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  42.14 
 
 
407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  40.49 
 
 
402 aa  276  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  39.33 
 
 
407 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  41.53 
 
 
411 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  38.82 
 
 
407 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  37.68 
 
 
407 aa  263  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  38.82 
 
 
409 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  39.78 
 
 
453 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  37.88 
 
 
423 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  36.2 
 
 
415 aa  243  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  40.2 
 
 
420 aa  242  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  40.2 
 
 
420 aa  242  7e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  39.53 
 
 
420 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  39.9 
 
 
418 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  38.66 
 
 
422 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  35.53 
 
 
435 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  38.27 
 
 
420 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  38.14 
 
 
414 aa  230  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  37.28 
 
 
424 aa  229  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  37.1 
 
 
414 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  37.71 
 
 
406 aa  227  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  37.37 
 
 
422 aa  227  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  35.73 
 
 
419 aa  226  9e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  36.45 
 
 
408 aa  225  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  37.62 
 
 
426 aa  224  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  36.07 
 
 
438 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  36.07 
 
 
445 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  36.89 
 
 
420 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  38.79 
 
 
408 aa  219  7.999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  32.96 
 
 
433 aa  218  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  36.07 
 
 
424 aa  218  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  37.02 
 
 
417 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  34.65 
 
 
407 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  35.54 
 
 
427 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  36.7 
 
 
370 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  33.33 
 
 
424 aa  209  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  35.43 
 
 
425 aa  207  4e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  34.95 
 
 
405 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  35.22 
 
 
405 aa  205  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  35.16 
 
 
405 aa  204  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  33.56 
 
 
447 aa  203  6e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  36.22 
 
 
613 aa  201  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  35.88 
 
 
454 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  35.07 
 
 
424 aa  199  7.999999999999999e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  34.18 
 
 
399 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  37.92 
 
 
410 aa  196  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  35.14 
 
 
417 aa  196  8.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  34.18 
 
 
399 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  35.64 
 
 
401 aa  194  3e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  33.42 
 
 
395 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  36.27 
 
 
401 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  36.39 
 
 
401 aa  191  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  36.41 
 
 
452 aa  190  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  36.22 
 
 
401 aa  189  7e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  36.22 
 
 
401 aa  189  7e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  32.58 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  32.39 
 
 
411 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  36.6 
 
 
400 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  35.83 
 
 
401 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  32.17 
 
 
395 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  30.93 
 
 
468 aa  181  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  31.68 
 
 
395 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  31.31 
 
 
411 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  32.82 
 
 
409 aa  179  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  30.87 
 
 
382 aa  177  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  35.42 
 
 
389 aa  176  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  34.18 
 
 
400 aa  176  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  33.09 
 
 
438 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0019  beta-lactamase  31.02 
 
 
416 aa  175  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2265  twin-arginine translocation pathway signal  34.51 
 
 
428 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  33.43 
 
 
396 aa  170  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  33.6 
 
 
412 aa  169  8e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  33.59 
 
 
419 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  31.87 
 
 
418 aa  166  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  31.78 
 
 
422 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  31.78 
 
 
397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  30.59 
 
 
377 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  33.33 
 
 
395 aa  162  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0961  twin-arginine translocation pathway signal  31.64 
 
 
431 aa  160  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  31.93 
 
 
437 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3562  beta-lactamase  32.35 
 
 
394 aa  159  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  32.13 
 
 
438 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  28.94 
 
 
431 aa  157  5.0000000000000005e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  32.92 
 
 
398 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  32.92 
 
 
398 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  32.1 
 
 
387 aa  156  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  31.6 
 
 
396 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  32.48 
 
 
406 aa  154  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl216  putative beta-lactamase  26.49 
 
 
372 aa  153  5e-36  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  30.9 
 
 
392 aa  153  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.407682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>