More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3564 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  100 
 
 
397 aa  803    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  87.41 
 
 
397 aa  695    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  76.14 
 
 
396 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1817  beta-lactamase  73.8 
 
 
397 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3034  beta-lactamase  74.54 
 
 
413 aa  531  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396527  normal  0.941046 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  64.1 
 
 
393 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3476  beta-lactamase  64.44 
 
 
404 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  62.83 
 
 
391 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  61.23 
 
 
393 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2474  putative esterase  65.16 
 
 
398 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.506613  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0881  putative esterase  65.16 
 
 
398 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245483  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0639  putative esterase  65.16 
 
 
398 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.74574  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0087  putative esterase  65.16 
 
 
398 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.490998  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0340  esterase, putative  65.16 
 
 
398 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1043  beta-lactamase  65.16 
 
 
398 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0884  putative esterase  65.16 
 
 
398 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23469  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  60.58 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  60.58 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  58.61 
 
 
396 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2613  beta-lactamase  60.05 
 
 
398 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  59.52 
 
 
398 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5920  Beta-lactamase  58.2 
 
 
398 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0402  beta-lactamase  54.23 
 
 
392 aa  392  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394756  normal  0.302831 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  51.21 
 
 
409 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6825  beta-lactamase  55.2 
 
 
382 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1105  beta-lactamase  51.54 
 
 
389 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1252  beta-lactamase  50.38 
 
 
389 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0579433 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0329  beta-lactamase  52.75 
 
 
399 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.021088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1775  putative esterase  52.75 
 
 
399 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.396449  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1860  putative esterase  52.75 
 
 
399 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1365  putative esterase  52.2 
 
 
404 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.99407  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0233  putative esterase  52.2 
 
 
399 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0970  putative esterase  52.2 
 
 
399 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.216646  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0408  putative esterase  52.2 
 
 
399 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1108  beta-lactamase  52.01 
 
 
396 aa  335  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2275  beta-lactamase  46.51 
 
 
383 aa  316  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0956783 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2661  beta-lactamase  48.62 
 
 
377 aa  294  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220174  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2923  beta-lactamase  42.27 
 
 
394 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2956  esterase  43.28 
 
 
384 aa  273  6e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0198492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2741  Beta-lactamase  43.47 
 
 
396 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4084  esterase (beta-lactamase family)  36.1 
 
 
410 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  32.43 
 
 
447 aa  204  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  37.7 
 
 
399 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  30.71 
 
 
419 aa  189  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  31.19 
 
 
445 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  36.05 
 
 
417 aa  186  8e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2945  esterase EstB  64.58 
 
 
206 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  34.79 
 
 
406 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  36.24 
 
 
399 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  33.77 
 
 
414 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.28 
 
 
407 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  35.66 
 
 
402 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  34.13 
 
 
424 aa  180  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  33.08 
 
 
423 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  32.92 
 
 
420 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  33.75 
 
 
420 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  29.4 
 
 
433 aa  176  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  33.25 
 
 
408 aa  176  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  32.61 
 
 
414 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  33.75 
 
 
417 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  35.37 
 
 
400 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  34.09 
 
 
407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  32.9 
 
 
370 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  32.91 
 
 
422 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  32.24 
 
 
418 aa  170  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  32.63 
 
 
426 aa  168  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  30.59 
 
 
424 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  35.37 
 
 
453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  34.1 
 
 
414 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  30.79 
 
 
424 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  34.9 
 
 
401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  30.64 
 
 
420 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  29.48 
 
 
427 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  34.64 
 
 
401 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  34.64 
 
 
401 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  31.49 
 
 
424 aa  159  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  32.76 
 
 
418 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  29.98 
 
 
440 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  31.4 
 
 
405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  31.97 
 
 
420 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  31.97 
 
 
420 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  31.4 
 
 
405 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  32.99 
 
 
613 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  31.95 
 
 
415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.58 
 
 
412 aa  152  8e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  30.5 
 
 
407 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  30.27 
 
 
454 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  30.63 
 
 
407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  29.97 
 
 
407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  31.23 
 
 
409 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  30.52 
 
 
410 aa  147  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  32.7 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  31.57 
 
 
411 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  27.97 
 
 
438 aa  146  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  29.77 
 
 
426 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  31.88 
 
 
405 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  31.58 
 
 
427 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  31.43 
 
 
401 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  29.02 
 
 
435 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  30.22 
 
 
452 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>