More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0928 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  100 
 
 		 373 aa  748    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6651  beta-lactam binding protein AmpH  64.95 
 
 		 369 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.448296  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  44.38 
 
 		 380 aa  282  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0417  beta-lactam binding protein AmpH  41.36 
 
 		 385 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.144637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0409  beta-lactam binding protein AmpH  41.1 
 
 		 385 aa  272  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.225371  hitchhiker  0.000170283 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0471  beta-lactam binding protein AmpH  40.89 
 
 		 385 aa  272  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.598882  normal  0.181498 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0411  beta-lactam binding protein AmpH  40.89 
 
 		 385 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0429  beta-lactam binding protein AmpH  41.1 
 
 		 385 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.524845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  42.14 
 
 		 388 aa  269  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  42.14 
 
 		 388 aa  269  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  42.14 
 
 		 383 aa  269  5e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3233  beta-lactamase  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0448  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0293  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  40.53 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  40.26 
 
 		 385 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00327  hypothetical protein  40.26 
 
 		 385 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0844  beta-lactam binding protein AmpH  40.16 
 
 		 388 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0659143 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0601  beta-lactam binding protein AmpH  40.58 
 
 		 381 aa  249  6e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  29.07 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  29.3 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  31.13 
 
 		 498 aa  120  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  24.93 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  26.51 
 
 		 491 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  25.96 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  28.03 
 
 		 401 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  31.56 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  26.5 
 
 		 494 aa  99.8  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  27.79 
 
 		 387 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2779  beta-lactamase  26.86 
 
 		 445 aa  96.7  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000737728  hitchhiker  0.0000305116 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  29.41 
 
 		 405 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0863  beta-lactamase  30.2 
 
 		 363 aa  93.2  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1234  beta-lactamase  26.88 
 
 		 519 aa  92.8  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565811  normal  0.301621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5327  beta-lactamase  28.25 
 
 		 440 aa  90.5  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  25.28 
 
 		 381 aa  89.4  8e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1638  beta-lactamase  25.61 
 
 		 485 aa  89.4  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0331332  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  27.81 
 
 		 387 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  24.78 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  25.15 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  31.11 
 
 		 460 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  24.48 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  25.73 
 
 		 377 aa  87.8  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  25.58 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  25.15 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  24.25 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  24.44 
 
 		 352 aa  87  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04833  beta-lactamase  27.46 
 
 		 529 aa  87  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  25.15 
 
 		 377 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  25.15 
 
 		 377 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0335  hypothetical protein  27.01 
 
 		 533 aa  85.5  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  27.46 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0291  beta-lactamase class C domain-containing protein  26.92 
 
 		 519 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000012653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  29.74 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  27.76 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5150  beta-lactamase  28.75 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.654906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  23.89 
 
 		 446 aa  83.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  28.49 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  28.77 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8721  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  29.06 
 
 		 480 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4919  beta-lactamase  24.77 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.318437  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  24.62 
 
 		 513 aa  82.8  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2468  beta-lactamase  23.81 
 
 		 498 aa  82.8  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00176956  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4213  beta-lactamase  24.63 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  20.66 
 
 		 353 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2516  beta-lactamase  23.81 
 
 		 498 aa  82.8  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000422279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4667  beta-lactamase  28.4 
 
 		 498 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1230  beta-lactamase  24.86 
 
 		 455 aa  81.6  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  27.6 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2659  beta-lactamase  23.87 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1460  beta-lactamase  27.01 
 
 		 523 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0171679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1263  beta-lactamase-like protein  24.86 
 
 		 455 aa  80.9  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  27.93 
 
 		 386 aa  81.3  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  24.64 
 
 		 669 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1301  beta-lactamase  31.18 
 
 		 417 aa  80.1  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  23.14 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  23.14 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2080  beta-lactamase  28.32 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.44675 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  24.38 
 
 		 475 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.3 
 
 		 442 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0467  beta-lactamase  27.08 
 
 		 637 aa  79  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4706  beta-lactamase  26.1 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1671  beta-lactamase  27.08 
 
 		 633 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.214913 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  23.36 
 
 		 498 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  28.57 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  28.61 
 
 		 740 aa  78.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  24.79 
 
 		 364 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  25.6 
 
 		 559 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  23.32 
 
 		 482 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3144  beta-lactamase  26.05 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  25.43 
 
 		 389 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  25.3 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  27.95 
 
 		 378 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  26.39 
 
 		 362 aa  77.4  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  25.44 
 
 		 487 aa  77  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  29.84 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2019  fmtA-like protein  22.33 
 
 		 505 aa  76.6  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.15249  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.09 
 
 		 601 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>