More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0086 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  100 
 
 
409 aa  848    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  100 
 
 
409 aa  848    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  78.16 
 
 
385 aa  632  1e-180  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  76.84 
 
 
377 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  76.32 
 
 
377 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  76.84 
 
 
377 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  76.32 
 
 
377 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  75.79 
 
 
377 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  75.53 
 
 
377 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.106194 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  75.53 
 
 
377 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  75.53 
 
 
377 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  75.53 
 
 
377 aa  600  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  46.88 
 
 
388 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  43.88 
 
 
386 aa  338  8e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  45.38 
 
 
390 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  42.78 
 
 
390 aa  330  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  42.59 
 
 
397 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  43.52 
 
 
388 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  43.68 
 
 
391 aa  323  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  43.73 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  43.08 
 
 
387 aa  315  9e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  43.08 
 
 
387 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  41.04 
 
 
383 aa  312  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  42.34 
 
 
389 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  40.93 
 
 
397 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  42.41 
 
 
389 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  41.81 
 
 
378 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  41.64 
 
 
385 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  43.14 
 
 
389 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  43.14 
 
 
389 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  39.79 
 
 
405 aa  301  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  40.97 
 
 
396 aa  300  3e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  45.35 
 
 
405 aa  300  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  42.86 
 
 
389 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  40.62 
 
 
417 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  40.9 
 
 
417 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  39.43 
 
 
394 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  41.62 
 
 
389 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  38.9 
 
 
394 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  41.84 
 
 
384 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  38.9 
 
 
394 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  38.9 
 
 
394 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  37.3 
 
 
401 aa  292  6e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  37.96 
 
 
394 aa  292  7e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  40.82 
 
 
379 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  39.1 
 
 
385 aa  285  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  39.84 
 
 
383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  41.4 
 
 
387 aa  280  3e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  38.86 
 
 
378 aa  280  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  39.58 
 
 
401 aa  279  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  40.06 
 
 
380 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  39.78 
 
 
380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  39.78 
 
 
380 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  36.01 
 
 
392 aa  231  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  35.6 
 
 
380 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  34.21 
 
 
381 aa  215  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  37.13 
 
 
315 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  25.94 
 
 
359 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  28.25 
 
 
494 aa  136  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  26.08 
 
 
359 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  27.38 
 
 
460 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  27.03 
 
 
404 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  27.62 
 
 
390 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0116  beta-lactamase  25.27 
 
 
453 aa  95.1  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  26.02 
 
 
407 aa  94.7  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3141  beta-lactamase  26 
 
 
447 aa  92.8  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1968  beta-lactamase  23.98 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  23.24 
 
 
377 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3233  beta-lactamase  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0293  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0448  beta-lactam binding protein AmpH  23.34 
 
 
385 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  23.16 
 
 
385 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00327  hypothetical protein  23.16 
 
 
385 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1936  beta-lactamase  26.21 
 
 
848 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.178754  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  26.59 
 
 
1032 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  24.38 
 
 
388 aa  87.4  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  24.38 
 
 
388 aa  87.4  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  24.38 
 
 
383 aa  87  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  25.72 
 
 
401 aa  87  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  23.02 
 
 
482 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  25.06 
 
 
544 aa  86.7  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  26.1 
 
 
388 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  22.77 
 
 
482 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0471  beta-lactam binding protein AmpH  24.47 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.598882  normal  0.181498 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9203  beta-lactamase  24.27 
 
 
635 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.606578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0411  beta-lactam binding protein AmpH  24.47 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1621  beta-lactamase  21.93 
 
 
426 aa  84.3  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.193235  normal  0.330681 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  29.75 
 
 
539 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  24.06 
 
 
362 aa  84  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  25.79 
 
 
388 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  24.83 
 
 
477 aa  83.6  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2068  beta-lactamase  23.02 
 
 
385 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.567046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2498  beta-lactamase  25.09 
 
 
385 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0428857  normal  0.830123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0417  beta-lactam binding protein AmpH  23.56 
 
 
385 aa  83.2  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.144637 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  25.24 
 
 
388 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0409  beta-lactam binding protein AmpH  23.56 
 
 
385 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.225371  hitchhiker  0.000170283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>