More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3450 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  100 
 
 		 401 aa  816    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  53.64 
 
 		 380 aa  358  7e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  46.07 
 
 		 378 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  48.71 
 
 		 405 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  46.24 
 
 		 387 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  43.9 
 
 		 390 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  47.01 
 
 		 387 aa  311  9e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  43.31 
 
 		 396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  39.73 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  42.61 
 
 		 383 aa  302  6.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  42.93 
 
 		 391 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  40 
 
 		 417 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  42.27 
 
 		 389 aa  301  9e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  39.69 
 
 		 401 aa  301  2e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  42.86 
 
 		 384 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  43.23 
 
 		 378 aa  298  8e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  40 
 
 		 405 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  42.2 
 
 		 388 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  40.16 
 
 		 388 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  44.62 
 
 		 387 aa  296  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  40.06 
 
 		 394 aa  295  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  39.78 
 
 		 394 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  42.11 
 
 		 397 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  39.78 
 
 		 394 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  43.44 
 
 		 389 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  43.44 
 
 		 389 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  43.44 
 
 		 389 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  39.23 
 
 		 394 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  42.02 
 
 		 385 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  39.23 
 
 		 394 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  41.74 
 
 		 389 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  42.32 
 
 		 389 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  40.37 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  42.69 
 
 		 377 aa  286  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  41.57 
 
 		 386 aa  286  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  43.52 
 
 		 397 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  42.12 
 
 		 377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  42.41 
 
 		 377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  42.12 
 
 		 377 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  36.99 
 
 		 390 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  41.83 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  41.83 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  41.83 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  41.83 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  39.58 
 
 		 409 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  39.58 
 
 		 409 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  41.83 
 
 		 377 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  42.52 
 
 		 383 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  40.46 
 
 		 389 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  37.3 
 
 		 385 aa  263  6e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  47.8 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  39.12 
 
 		 380 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  40.11 
 
 		 379 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  38.67 
 
 		 380 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  38.4 
 
 		 380 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  37.06 
 
 		 392 aa  211  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  31.41 
 
 		 381 aa  173  5e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  31.63 
 
 		 359 aa  150  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  31.93 
 
 		 359 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  27.03 
 
 		 407 aa  111  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  28.93 
 
 		 595 aa  96.7  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  31.25 
 
 		 498 aa  95.9  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  28.03 
 
 		 401 aa  93.2  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.42 
 
 		 601 aa  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  31.02 
 
 		 476 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  25.96 
 
 		 498 aa  88.2  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3047  beta-lactamase  31.1 
 
 		 464 aa  86.7  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  23.62 
 
 		 494 aa  86.7  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1018  beta-lactamase  30 
 
 		 461 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.624623 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5715  beta-lactamase  29.61 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  29.05 
 
 		 390 aa  84  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1710  beta-lactamase  29.2 
 
 		 463 aa  84  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  25.97 
 
 		 431 aa  83.2  0.000000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5327  beta-lactamase  33.04 
 
 		 440 aa  83.2  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  30.1 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1234  beta-lactamase  27.12 
 
 		 519 aa  82  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565811  normal  0.301621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.33 
 
 		 406 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  27.95 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0116  beta-lactamase  27.25 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  28.36 
 
 		 373 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3141  beta-lactamase  26.33 
 
 		 447 aa  81.3  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  26.49 
 
 		 455 aa  81.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  33.93 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1520  Beta-lactamase  29.33 
 
 		 537 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000638983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  34.85 
 
 		 513 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  29.11 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  25.54 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  30.1 
 
 		 477 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  28.3 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3274  beta-lactamase  24.04 
 
 		 524 aa  76.6  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.847415 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.54 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04833  beta-lactamase  25.85 
 
 		 529 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  26.77 
 
 		 475 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.54 
 
 		 385 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5618  beta-lactamase  31.09 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.357665  normal  0.013094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4191  beta-lactamase  25.3 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.249358 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0370  beta-lactamase  30.23 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.405453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.56 
 
 		 378 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  26.71 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  25.76 
 
 		 544 aa  75.5  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>