More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2381 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  100 
 
 		 379 aa  773    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  76.67 
 
 		 380 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  76.67 
 
 		 380 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  76.11 
 
 		 380 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  53.48 
 
 		 388 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  51.63 
 
 		 390 aa  378  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  50.57 
 
 		 386 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  48.95 
 
 		 390 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  50.4 
 
 		 397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  49.07 
 
 		 397 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  45.41 
 
 		 385 aa  346  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  46.52 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  46.63 
 
 		 387 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  46.36 
 
 		 387 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  45.22 
 
 		 417 aa  334  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  44.03 
 
 		 405 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  46.92 
 
 		 383 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  45.89 
 
 		 389 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  46.41 
 
 		 378 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  43.44 
 
 		 378 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  44.38 
 
 		 417 aa  329  4e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  40.91 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  43.54 
 
 		 394 aa  326  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  43.27 
 
 		 394 aa  325  6e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  44.38 
 
 		 389 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  43.54 
 
 		 394 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  43.27 
 
 		 394 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  44.66 
 
 		 389 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  40.11 
 
 		 383 aa  322  5e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  43.68 
 
 		 394 aa  322  6e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  41.42 
 
 		 391 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  41.91 
 
 		 388 aa  319  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  45.53 
 
 		 389 aa  319  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  42.15 
 
 		 401 aa  318  9e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  43.91 
 
 		 384 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  45.07 
 
 		 389 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  46.44 
 
 		 405 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  44.51 
 
 		 389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  44.51 
 
 		 389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  43.14 
 
 		 385 aa  303  4.0000000000000003e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  40.8 
 
 		 409 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  40.8 
 
 		 409 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  43.71 
 
 		 387 aa  293  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  39.63 
 
 		 377 aa  292  8e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  39.89 
 
 		 377 aa  291  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  39.36 
 
 		 377 aa  290  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  39.63 
 
 		 377 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  39.1 
 
 		 377 aa  289  7e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  39.89 
 
 		 377 aa  288  8e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  39.36 
 
 		 377 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  39.36 
 
 		 377 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  39.36 
 
 		 377 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  41.45 
 
 		 380 aa  276  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  38.98 
 
 		 401 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  42.43 
 
 		 315 aa  247  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  38.66 
 
 		 392 aa  221  9.999999999999999e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  32.8 
 
 		 381 aa  202  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  27.25 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  26.96 
 
 		 359 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  22.38 
 
 		 494 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  24.94 
 
 		 404 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  25.85 
 
 		 460 aa  81.3  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4697  beta-lactamase  24.93 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.168974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  26.88 
 
 		 544 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  24.23 
 
 		 491 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  25.28 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  24.1 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  24.48 
 
 		 498 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  27.45 
 
 		 539 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  26.52 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  32.21 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1018  beta-lactamase  24.47 
 
 		 461 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.624623 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  27.76 
 
 		 497 aa  71.6  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0973  beta-lactamase  25.17 
 
 		 514 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  23.76 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  26.91 
 
 		 345 aa  69.7  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1134  beta-lactamase  27.15 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  22.41 
 
 		 595 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.79 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4058  beta-lactamase  23.91 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00809672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3362  beta-lactamase  30.28 
 
 		 717 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.450789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1351  beta-lactamase class C-like protein  24.79 
 
 		 384 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.512666 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3830  beta-lactamase  26.43 
 
 		 658 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223137  normal  0.372687 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.41 
 
 		 601 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  24.59 
 
 		 373 aa  67.4  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3047  beta-lactamase  26.32 
 
 		 464 aa  67  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0372  beta-lactamase  31.95 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.499821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  29.41 
 
 		 475 aa  66.6  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  26.42 
 
 		 2457 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6892  beta-lactamase  27.66 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2047  hypothetical protein  27.47 
 
 		 395 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0829987  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1710  beta-lactamase  24.15 
 
 		 463 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  26.98 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4689  beta-lactamase  28.12 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0791767  normal  0.116144 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0612  beta-lactamase  25.61 
 
 		 391 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  24.15 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  27.27 
 
 		 966 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5327  beta-lactamase  25.52 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5985  beta-lactamase  29.63 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  27.47 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>