More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2905 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  93.95 
 
 		 380 aa  685    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  94.47 
 
 		 380 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  100 
 
 		 380 aa  773    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  76.11 
 
 		 379 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  51.8 
 
 		 388 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  50 
 
 		 386 aa  360  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  51.19 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  51.17 
 
 		 397 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  46.76 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  48.21 
 
 		 390 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  48.02 
 
 		 378 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  46.6 
 
 		 390 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  44.5 
 
 		 385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  46.13 
 
 		 383 aa  332  6e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  44.94 
 
 		 384 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  42.51 
 
 		 388 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  45.41 
 
 		 387 aa  322  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  42.47 
 
 		 391 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  46.61 
 
 		 387 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  42.41 
 
 		 394 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  43.61 
 
 		 401 aa  317  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  42.15 
 
 		 394 aa  316  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  44.51 
 
 		 417 aa  315  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  43.16 
 
 		 405 aa  315  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  45.63 
 
 		 389 aa  315  9e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  43.26 
 
 		 394 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  42.15 
 
 		 394 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  44.51 
 
 		 417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  44.23 
 
 		 389 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  44.79 
 
 		 389 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  43.21 
 
 		 378 aa  312  6.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  47.74 
 
 		 405 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  45.35 
 
 		 389 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  40.05 
 
 		 396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  43.01 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  40.37 
 
 		 394 aa  306  6e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  44.79 
 
 		 389 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  44.79 
 
 		 389 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  41.29 
 
 		 385 aa  300  3e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  45.07 
 
 		 387 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  39.53 
 
 		 383 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  39.08 
 
 		 377 aa  282  8.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  39.26 
 
 		 409 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  39.26 
 
 		 409 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  38.81 
 
 		 377 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  38.92 
 
 		 377 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  38.81 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  39.08 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  38.54 
 
 		 377 aa  280  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  38.54 
 
 		 377 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  38.54 
 
 		 377 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  38.54 
 
 		 377 aa  279  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  43.99 
 
 		 380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  38.4 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  41.69 
 
 		 315 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  39.33 
 
 		 392 aa  223  4e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  32.36 
 
 		 381 aa  193  4e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  27.35 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  26.42 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  23.65 
 
 		 494 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  27.44 
 
 		 377 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  24.93 
 
 		 404 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  23.2 
 
 		 407 aa  82  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.19 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  24.35 
 
 		 460 aa  79  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  24.02 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  30.77 
 
 		 467 aa  78.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  24.58 
 
 		 595 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  23.46 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0973  beta-lactamase  25.34 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  25.07 
 
 		 475 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  24.32 
 
 		 491 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  26.15 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  32.1 
 
 		 513 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4697  beta-lactamase  24.37 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.168974  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  23.94 
 
 		 482 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  26.56 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  24.17 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  24.17 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5360  twin-arginine translocation pathway signal  33.16 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  27.76 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5451  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.16 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.16 
 
 		 447 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  24.17 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  23.67 
 
 		 482 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  26.22 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  25.1 
 
 		 601 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  23.9 
 
 		 544 aa  72.4  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4636  beta-lactamase  28.64 
 
 		 496 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  24.21 
 
 		 352 aa  70.9  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12878  beta-lactamase, putative  23.35 
 
 		 504 aa  70.5  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  32.26 
 
 		 364 aa  70.1  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  31.67 
 
 		 566 aa  69.3  0.00000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  23.83 
 
 		 669 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  25.68 
 
 		 455 aa  69.3  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4043  beta-lactamase  26.73 
 
 		 361 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4257  beta-lactamase  28.51 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  37.5 
 
 		 539 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  22.81 
 
 		 1055 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1621  beta-lactamase  21.56 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.193235  normal  0.330681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>