More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3511 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  100 
 
 
364 aa  741    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0624  beta-lactamase  78.51 
 
 
370 aa  575  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.540607  normal  0.110236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0229  beta-lactamase  37.13 
 
 
354 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0888  beta-lactamase  33.44 
 
 
353 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0244137 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  29.81 
 
 
582 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0661  beta-lactamase  32.12 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.83361  normal  0.0854039 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  30.19 
 
 
574 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3117  beta-lactamase  35.76 
 
 
361 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.577011  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2604  beta-lactamase  31.89 
 
 
354 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.928872  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1551  beta-lactamase  30.82 
 
 
375 aa  124  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0670758  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1740  beta-lactamase  28.44 
 
 
379 aa  123  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  29.4 
 
 
454 aa  123  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1830  beta-lactamase  29.68 
 
 
452 aa  123  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.162579  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  27.51 
 
 
438 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0270  beta-lactamase  30.06 
 
 
717 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  30.13 
 
 
566 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2172  beta-lactamase  29.6 
 
 
428 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.65714  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0954  Beta-lactamase  32.93 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1713  beta-lactamase  29.02 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2615  hypothetical protein  29.4 
 
 
793 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377093  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0714  beta-lactamase  29.12 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2426  beta-lactamase  29.02 
 
 
459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00208801  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  31.25 
 
 
966 aa  119  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21250  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  31.79 
 
 
271 aa  119  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.139114 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  26.05 
 
 
427 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  28.57 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0660  beta-lactamase  25.15 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.775643  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5968  beta-lactamase  30.92 
 
 
292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53264  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  27.03 
 
 
433 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0477  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidease, putative  26.65 
 
 
385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.765713  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1790  beta-lactamase  29.17 
 
 
483 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0797219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  26.25 
 
 
440 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  28.37 
 
 
411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  27.63 
 
 
426 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1870  beta-lactamase  30.03 
 
 
390 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1797  beta-lactamase  29.25 
 
 
391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0148599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  27.69 
 
 
405 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  28.19 
 
 
414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2047  hypothetical protein  31.48 
 
 
395 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0829987  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1697  beta-lactamase  26.75 
 
 
381 aa  114  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.570462  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5870  hypothetical protein  30.32 
 
 
785 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  28.23 
 
 
405 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  27.57 
 
 
408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2255  beta-lactamase  26.95 
 
 
379 aa  113  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.234898  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0925  beta-lactamase, putative  31.73 
 
 
790 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0154  beta-lactamase  29.04 
 
 
271 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  28.35 
 
 
427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  28.42 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  26.28 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  26.82 
 
 
424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  26.16 
 
 
438 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  31.27 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  26.95 
 
 
407 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  28.79 
 
 
613 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2729  beta-lactamase  28.15 
 
 
273 aa  110  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  27.59 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  27.91 
 
 
408 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  28 
 
 
418 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  24.88 
 
 
447 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  27.4 
 
 
407 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3377  beta-lactamase  30 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.324805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3439  beta-lactamase  30 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00292415  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3388  beta-lactamase  30 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0367  beta-lactamase  28.57 
 
 
380 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.219007  normal  0.709022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  26.49 
 
 
438 aa  109  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  28.21 
 
 
395 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  26.53 
 
 
426 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  29.5 
 
 
395 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6218  hypothetical protein  30 
 
 
792 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15330  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  28.66 
 
 
270 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.499856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  28.02 
 
 
405 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0495  beta-lactamase  33.33 
 
 
471 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  30.34 
 
 
395 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  27.22 
 
 
407 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  26.42 
 
 
445 aa  106  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1954  hypothetical protein  27.42 
 
 
388 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00026733 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3127  beta-lactamase  28.95 
 
 
270 aa  106  7e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1189  beta-lactamase  27.96 
 
 
279 aa  105  8e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.14808  normal  0.0477823 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0095  beta-lactamase  29.97 
 
 
270 aa  105  9e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  28.05 
 
 
409 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  27.57 
 
 
399 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  27.3 
 
 
420 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  32.91 
 
 
443 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5607  hypothetical protein  28.4 
 
 
784 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  27.79 
 
 
453 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  28.53 
 
 
414 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1266  beta-lactamase  29.29 
 
 
364 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270012  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  26.96 
 
 
399 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  28.13 
 
 
414 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  26.26 
 
 
430 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3764  beta-lactamase  29.82 
 
 
274 aa  103  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.551657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  28.24 
 
 
440 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0839  beta-lactamase  25.52 
 
 
1012 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  27.32 
 
 
435 aa  103  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  27.27 
 
 
370 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4539  hypothetical protein  28.61 
 
 
796 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00469106 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4406  hypothetical protein  28.61 
 
 
796 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343081  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  32.24 
 
 
475 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  28.11 
 
 
422 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  23.12 
 
 
468 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>