More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2813 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  98.95 
 
 		 380 aa  760    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  94.47 
 
 		 380 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  100 
 
 		 380 aa  770    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  76.67 
 
 		 379 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  51.8 
 
 		 388 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  50 
 
 		 386 aa  359  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  52.38 
 
 		 397 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  50.39 
 
 		 397 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  49.04 
 
 		 390 aa  345  8e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  46.86 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  47.74 
 
 		 378 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  43.98 
 
 		 385 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  45.68 
 
 		 385 aa  333  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  47.51 
 
 		 383 aa  332  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  45.93 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  47.18 
 
 		 387 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  41.98 
 
 		 388 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  44.1 
 
 		 384 aa  323  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  42.47 
 
 		 391 aa  322  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  46.2 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  44.51 
 
 		 389 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  45.07 
 
 		 389 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  44.79 
 
 		 417 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  43.82 
 
 		 394 aa  316  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  48.31 
 
 		 405 aa  315  6e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  45.63 
 
 		 389 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  43.43 
 
 		 405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  43.26 
 
 		 394 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  44.23 
 
 		 417 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  43.54 
 
 		 394 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  43.58 
 
 		 401 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  43.54 
 
 		 394 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  40.86 
 
 		 396 aa  310  2e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  45.07 
 
 		 389 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  45.07 
 
 		 389 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  42.74 
 
 		 389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  42.93 
 
 		 378 aa  306  4.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  40.11 
 
 		 394 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  41.4 
 
 		 385 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  38.73 
 
 		 383 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  44.41 
 
 		 387 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  39.78 
 
 		 409 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  39.78 
 
 		 409 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  39.35 
 
 		 377 aa  282  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  39.08 
 
 		 377 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  38.54 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  38.81 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  38.81 
 
 		 377 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  38.81 
 
 		 377 aa  279  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  38.81 
 
 		 377 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  38.81 
 
 		 377 aa  279  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  39.5 
 
 		 377 aa  278  8e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  42.23 
 
 		 380 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  38.67 
 
 		 401 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  41.69 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  39.44 
 
 		 392 aa  235  1.0000000000000001e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  32.05 
 
 		 381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  28.21 
 
 		 359 aa  149  8e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  27.27 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  23.08 
 
 		 494 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  25.47 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  27.86 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  24.07 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  30.58 
 
 		 467 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4697  beta-lactamase  24.86 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.168974  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  26.8 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  24.44 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  24.25 
 
 		 491 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0973  beta-lactamase  25.34 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  24.08 
 
 		 460 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  27.76 
 
 		 497 aa  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  24.15 
 
 		 595 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  23.96 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  24.93 
 
 		 475 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  24.57 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  25.85 
 
 		 498 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5360  twin-arginine translocation pathway signal  32.64 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5451  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.64 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.75 
 
 		 406 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.64 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  24.1 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  24.1 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  32.29 
 
 		 513 aa  73.2  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  24.1 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  23.67 
 
 		 482 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0928  beta-lactam binding protein AmpH  25.34 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.033671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  25.73 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  23.91 
 
 		 669 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  23.4 
 
 		 482 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  31.11 
 
 		 566 aa  70.1  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1839  Beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins-like protein  27.45 
 
 		 681 aa  70.1  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000051234  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4636  beta-lactamase  29.79 
 
 		 496 aa  70.1  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  27.65 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  24.79 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  24.79 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  24.79 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  24.79 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  24.29 
 
 		 601 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  24.79 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0116  beta-lactamase  23.68 
 
 		 453 aa  68.9  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>