More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4842 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  100 
 
 		 133 aa  270  7e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  59.4 
 
 		 133 aa  163  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  57.89 
 
 		 133 aa  160  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  43.17 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  40 
 
 		 169 aa  106  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  41.55 
 
 		 140 aa  101  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  36.88 
 
 		 162 aa  97.8  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  36.43 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  41.04 
 
 		 143 aa  91.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  38.73 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  36.43 
 
 		 129 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  33.33 
 
 		 159 aa  89.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  37.21 
 
 		 129 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  33.12 
 
 		 164 aa  87.8  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  31.68 
 
 		 164 aa  88.2  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.14 
 
 		 145 aa  84.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  34.88 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.14 
 
 		 170 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  38.52 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  34.88 
 
 		 129 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  38.28 
 
 		 122 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.55 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  34.44 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  30.15 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  30.15 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  36.96 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  36.96 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  37.31 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  35.07 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  34.97 
 
 		 140 aa  76.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  41.41 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  32.84 
 
 		 144 aa  75.5  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0710  methylation site containing protein  40.62 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  38.93 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  38.93 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  38.93 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.07 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  35.25 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  38.76 
 
 		 123 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  35.04 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3312  methylation site containing protein  40.62 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.794951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  32.62 
 
 		 146 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  36.5 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  32.39 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  30.46 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  30.5 
 
 		 138 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  36.22 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39.22 
 
 		 168 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 152 aa  70.5  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  38.46 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  31.91 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  31.91 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  33.33 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  29.85 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  30 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  35.82 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  31.43 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  29.93 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  31.88 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  35.94 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  29.2 
 
 		 130 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  39.86 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  36.43 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  38.17 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  31.3 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  29.2 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  29.2 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  30.87 
 
 		 160 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  33.33 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  30.14 
 
 		 151 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  29.37 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  28.66 
 
 		 151 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  37.14 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  36.09 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.23 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  28.1 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  31.62 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  34.27 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  30.66 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  27.52 
 
 		 155 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  40.32 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  32.97 
 
 		 179 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  26.47 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  31.71 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  26.47 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  34.78 
 
 		 168 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  30.95 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  30.95 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2443  hypothetical protein  28.26 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0239  pilus assembly protein PilE  37.04 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.179125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3041  general secretion pathway protein H  34.51 
 
 		 138 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.391226  normal  0.137984 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.68 
 
 		 157 aa  52.4  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  31.34 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  39.19 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  26.56 
 
 		 130 aa  52  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  38.89 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.06 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  30 
 
 		 199 aa  51.6  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  32.63 
 
 		 196 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>