164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2854 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2854  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  372  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.520959  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2577  hypothetical protein  61.18 
 
 		 172 aa  224  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0226  transcriptional regulator, TetR family protein  59.06 
 
 		 175 aa  210  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 175 aa  65.5  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 197 aa  62  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 192 aa  60.8  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 196 aa  57  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 201 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 175 aa  54.3  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  25.97 
 
 		 193 aa  54.3  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 202 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 189 aa  52  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  28.15 
 
 		 199 aa  52.4  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 202 aa  52  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 208 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  31.82 
 
 		 225 aa  51.2  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4188  hypothetical protein  34.18 
 
 		 169 aa  51.2  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.499034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 204 aa  51.2  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0803  transcriptional regulator, TetR family  23.61 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 185 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 184 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 187 aa  49.3  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 234 aa  48.9  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 187 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 178 aa  48.5  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 202 aa  48.5  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 202 aa  48.5  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 198 aa  47.8  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 221 aa  47.8  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 204 aa  47.8  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 194 aa  47.8  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  26.72 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 211 aa  47  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 221 aa  47  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2399  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2446  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.401008 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2440  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 190 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 197 aa  46.6  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 192 aa  45.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 		 216 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  26.76 
 
 		 191 aa  45.4  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 194 aa  45.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 205 aa  45.1  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6550  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124296  normal  0.0144339 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 200 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 200 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 192 aa  45.1  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 197 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 200 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 196 aa  44.7  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 222 aa  44.7  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  24.22 
 
 		 192 aa  44.7  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0807  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>