145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0226 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0226  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 175 aa  363  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2577  hypothetical protein  76.02 
 
 		 172 aa  280  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2854  TetR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 181 aa  194  6e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.520959  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  22.49 
 
 		 179 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  27.27 
 
 		 193 aa  57.4  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 187 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 189 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 205 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 210 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 204 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 185 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 208 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 202 aa  52.8  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  23.46 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 234 aa  51.6  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 196 aa  51.2  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 		 185 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  23.16 
 
 		 225 aa  50.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4188  hypothetical protein  29.13 
 
 		 169 aa  50.1  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.499034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 204 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 189 aa  48.9  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  28.57 
 
 		 206 aa  49.3  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  22.22 
 
 		 178 aa  48.5  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  22.94 
 
 		 190 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 202 aa  48.9  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 192 aa  48.5  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  26.81 
 
 		 199 aa  48.5  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 202 aa  48.5  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 204 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 210 aa  48.1  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 205 aa  47.8  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 194 aa  48.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 211 aa  47.8  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 221 aa  47.4  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  21.01 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  21.01 
 
 		 202 aa  47  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 221 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3878  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 200 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0990278  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 224 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4643  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  24.09 
 
 		 187 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3720  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0838127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  23.62 
 
 		 196 aa  45.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  22.82 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  22.47 
 
 		 189 aa  45.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  22.86 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 188 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6808  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  45.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 206 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 210 aa  45.1  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 206 aa  45.1  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>