184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2577 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2577  hypothetical protein  100 
 
 		 172 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0226  transcriptional regulator, TetR family protein  76.02 
 
 		 175 aa  280  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2854  TetR family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 181 aa  206  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.520959  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 181 aa  67.4  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 175 aa  67  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0234  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  30.07 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 195 aa  57.8  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  26.56 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 204 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 197 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 220 aa  52.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 202 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  23.33 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 208 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 190 aa  52.4  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 201 aa  52.4  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 191 aa  52  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  21.59 
 
 		 193 aa  52  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  24.72 
 
 		 198 aa  52  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 202 aa  51.6  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  27.35 
 
 		 219 aa  51.6  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4188  hypothetical protein  30.1 
 
 		 169 aa  51.6  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.499034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 185 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 203 aa  51.6  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 189 aa  51.2  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 201 aa  51.2  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  23.3 
 
 		 189 aa  51.2  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 189 aa  50.8  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 179 aa  50.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 175 aa  50.8  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 190 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 221 aa  50.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  21.86 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  21.86 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 202 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  24.22 
 
 		 221 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 204 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 192 aa  48.5  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  21.77 
 
 		 187 aa  48.1  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  22.82 
 
 		 192 aa  48.1  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 204 aa  48.1  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3781  regulatory protein TetR  33.72 
 
 		 209 aa  47.8  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0489772  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 234 aa  47.8  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  23.26 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 205 aa  47.4  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 237 aa  47  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  24.82 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 195 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0309  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312076  normal  0.149076 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 211 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1333  transcriptional regulator, TetR family  23.36 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 200 aa  45.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 204 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>