184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4188 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4188  hypothetical protein  100 
 
 		 169 aa  340  4e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.499034 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  96.88 
 
 		 225 aa  293  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 202 aa  223  9e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  54.04 
 
 		 178 aa  155  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  55.28 
 
 		 191 aa  149  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  57.05 
 
 		 192 aa  142  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  45.91 
 
 		 181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  43.83 
 
 		 188 aa  128  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  46.76 
 
 		 219 aa  122  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 		 193 aa  114  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 190 aa  97.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5255  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 196 aa  92.8  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5344  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 196 aa  92.8  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772275  normal  0.605205 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5634  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 196 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13194  TetR/AcrR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 200 aa  91.7  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.338711 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 187 aa  91.3  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 188 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 210 aa  90.1  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 194 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 188 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 202 aa  85.1  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 196 aa  84.3  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 215 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  36.48 
 
 		 191 aa  77.4  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 185 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4828  transcriptional regulator, TetR family  32.92 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 179 aa  75.5  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  35.19 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0472  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 189 aa  74.3  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 207 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 221 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 192 aa  72  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 206 aa  72  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 192 aa  72  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 191 aa  71.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  28.86 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3614  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 183 aa  68.2  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
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NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 201 aa  67.8  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 204 aa  67.8  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
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NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 195 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
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NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  34.3 
 
 		 234 aa  67.4  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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