More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2683 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  70.33 
 
 		 520 aa  711    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.736166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3840  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  64.3 
 
 		 523 aa  702    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.455986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1074  SSS sodium solute transporter superfamily  70.52 
 
 		 520 aa  711    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.729495  normal  0.0148232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1090  sodium/glucose cotransport protein  65.51 
 
 		 520 aa  691    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.133382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2086  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  75.14 
 
 		 520 aa  788    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0835  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  84.29 
 
 		 522 aa  852    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.172463  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  100 
 
 		 522 aa  1046    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135189  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00234  putative sodium/hexose cotransport protein  65.7 
 
 		 520 aa  707    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.398389  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2286  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  72.97 
 
 		 519 aa  746    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1285  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  59.39 
 
 		 522 aa  612  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0126503 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00679  sodium/glucose cotransport protein  57.34 
 
 		 592 aa  608  1e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0305497  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2731  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  51.37 
 
 		 548 aa  563  1.0000000000000001e-159  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.8061 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1152  SSS sodium solute transporter superfamily  45.39 
 
 		 562 aa  491  1e-137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0742973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4728  SSS sodium solute transporter superfamily  47.83 
 
 		 549 aa  476  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.192891  hitchhiker  0.00040203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  45.5 
 
 		 561 aa  478  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3072  SSS sodium solute transporter superfamily  48.68 
 
 		 539 aa  461  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00704051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5244  SSS sodium solute transporter superfamily  46.36 
 
 		 545 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1927  SSS sodium solute transporter superfamily  44.76 
 
 		 568 aa  461  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0029053  normal  0.303256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3116  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  45.9 
 
 		 522 aa  458  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5697  SSS sodium solute transporter superfamily  44.94 
 
 		 536 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  41.92 
 
 		 561 aa  405  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2732  SSS sodium solute transporter superfamily  43.09 
 
 		 561 aa  389  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3635  SSS sodium solute transporter superfamily  40.11 
 
 		 565 aa  389  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.85975  normal  0.450055 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0491  SSS sodium solute transporter superfamily  41.71 
 
 		 509 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0375697  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  36.07 
 
 		 523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  34.33 
 
 		 533 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3904  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  33.54 
 
 		 526 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.757586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2388  SSS sodium solute transporter superfamily  34.15 
 
 		 551 aa  238  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.63 
 
 		 565 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1283  putative symporter YidK  33.85 
 
 		 531 aa  215  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0610  putative symporter YidK  33.11 
 
 		 551 aa  213  7e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.266517  normal  0.0320256 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0436  SSS sodium solute transporter superfamily  30.49 
 
 		 598 aa  211  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.153082 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  31.42 
 
 		 557 aa  208  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03563  predicted transporter  30.77 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.704345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0024  SSS sodium solute transporter superfamily  30.77 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03506  hypothetical protein  30.77 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4187  putative symporter YidK  30.77 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0087  putative symporter YidK  31.69 
 
 		 529 aa  207  4e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4044  putative symporter YidK  30.62 
 
 		 571 aa  206  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.978949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5111  putative symporter YidK  30.43 
 
 		 571 aa  205  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.393136 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0970  SSS sodium solute transporter superfamily  35.6 
 
 		 765 aa  203  7e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000363528  normal  0.258421 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1859  SSS sodium solute transporter superfamily  28.2 
 
 		 551 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  28.06 
 
 		 526 aa  202  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0592432  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  31.19 
 
 		 557 aa  200  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0338  putative symporter YidK  31.81 
 
 		 562 aa  196  9e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000369581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4019  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.04 
 
 		 474 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000206243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0578  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.59 
 
 		 473 aa  190  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.493945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5643  putative symporter YidK  28.05 
 
 		 532 aa  189  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0528726  normal  0.86029 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3270  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.2 
 
 		 474 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.291687  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  28.36 
 
 		 537 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4407  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.81 
 
 		 613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0343463  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2201  putative symporter YidK  28.26 
 
 		 530 aa  183  6e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2774  SSS sodium solute transporter superfamily  28.09 
 
 		 529 aa  180  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00224729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04060  SSS sodium solute transporter  28.95 
 
 		 565 aa  176  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3621  SSS sodium solute transporter superfamily  26.95 
 
 		 596 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.434287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1671  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.73 
 
 		 593 aa  172  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302135 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2048  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.13 
 
 		 550 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6118  SSS sodium solute transporter superfamily  28.54 
 
 		 562 aa  166  8e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0324  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.81 
 
 		 567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.11 
 
 		 486 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14290  SSS sodium solute transporter  27.48 
 
 		 566 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3709  SSS sodium solute transporter superfamily  25.51 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.174317  normal  0.0274266 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0993  SSS sodium solute transporter superfamily  25 
 
 		 569 aa  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0554078  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0990  SSS sodium solute transporter superfamily  26.91 
 
 		 560 aa  144  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.394544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0255  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.55 
 
 		 542 aa  143  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4098  Na+/solute symporter  29.02 
 
 		 486 aa  137  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0584341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4170  Na+/solute symporter  25.1 
 
 		 526 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0688566  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0176  sodium:solute transporter  25.88 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0179  sodium/solute symporter family protein  25.88 
 
 		 505 aa  124  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04816  alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR  26.82 
 
 		 513 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02564  hypothetical protein  24.66 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0525  SSS sodium solute transporter superfamily  24.78 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.692758  unclonable  0.0000000000137784 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  26.14 
 
 		 530 aa  120  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2466  SSS sodium solute transporter superfamily  26.7 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4963400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13128  sodium/glucose cotransporter  26.73 
 
 		 575 aa  119  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.194229  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2815  SSS sodium solute transporter superfamily  24.63 
 
 		 527 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1640  SSS sodium solute transporter superfamily  27.74 
 
 		 566 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  27.81 
 
 		 483 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0609  sodium/solute symporter  26.53 
 
 		 513 aa  113  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.952879  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1518  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  25.71 
 
 		 892 aa  110  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  27.64 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0801  SSS sodium solute transporter superfamily  26.03 
 
 		 487 aa  108  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2866  sodium-solute symporter  27.6 
 
 		 581 aa  107  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1817  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.01 
 
 		 484 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0171  SSS sodium solute transporter superfamily  25 
 
 		 520 aa  107  6e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0745729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6588  SSS sodium solute transporter superfamily  25.2 
 
 		 529 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2672  Na+/solute symporter  25.05 
 
 		 599 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3985  SSS sodium solute transporter superfamily  25.25 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000567258  normal  0.756619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3355  Na+/solute symporter  26.67 
 
 		 517 aa  104  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2541  sodium/pantothenate symporter  26.17 
 
 		 487 aa  104  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000222476  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0416  sodium/solute symporter family protein  24.48 
 
 		 570 aa  104  5e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.951118  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2893  Na+/solute symporter  24.41 
 
 		 604 aa  103  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2070  Na+/solute symporter  23.59 
 
 		 489 aa  102  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3022  SSS sodium solute transporter superfamily  25.9 
 
 		 883 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.61129  normal  0.844759 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1193  sodium-glucose/galactose cotransporter  26 
 
 		 498 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0641857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0734  sodium/proline symporter  24.39 
 
 		 492 aa  101  4e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1238  sodium-glucose/galactose cotransporter  26 
 
 		 498 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.425742 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1203  sodium-glucose/galactose cotransporter  26 
 
 		 498 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.410205 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1223  sodium-glucose/galactose cotransporter  26 
 
 		 498 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0303  Na+/solute symporter  25.83 
 
 		 596 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>