More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4728 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3072  SSS sodium solute transporter superfamily  59.78 
 
 
539 aa  642    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00704051  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1152  SSS sodium solute transporter superfamily  58.11 
 
 
562 aa  645    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0742973  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4728  SSS sodium solute transporter superfamily  100 
 
 
549 aa  1098    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.192891  hitchhiker  0.00040203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5244  SSS sodium solute transporter superfamily  64.47 
 
 
545 aa  717    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3116  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  66.6 
 
 
522 aa  729    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1927  SSS sodium solute transporter superfamily  62.17 
 
 
568 aa  678    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0029053  normal  0.303256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5697  SSS sodium solute transporter superfamily  62.5 
 
 
536 aa  644    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  56.81 
 
 
561 aa  632  1e-180  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3635  SSS sodium solute transporter superfamily  53.94 
 
 
565 aa  564  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.85975  normal  0.450055 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  50.09 
 
 
561 aa  512  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2732  SSS sodium solute transporter superfamily  52.29 
 
 
561 aa  513  1e-144  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3840  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  47.71 
 
 
523 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.455986  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  47.83 
 
 
522 aa  484  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135189  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00234  putative sodium/hexose cotransport protein  48.16 
 
 
520 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.398389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0835  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  49.27 
 
 
522 aa  480  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.172463  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00679  sodium/glucose cotransport protein  47.88 
 
 
592 aa  478  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0305497  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1074  SSS sodium solute transporter superfamily  50.19 
 
 
520 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.729495  normal  0.0148232 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  50 
 
 
520 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.736166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2086  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  46.78 
 
 
520 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275016  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2286  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  46.78 
 
 
519 aa  457  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1090  sodium/glucose cotransport protein  45.4 
 
 
520 aa  451  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133382 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2731  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  44.6 
 
 
548 aa  448  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.8061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1285  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  47.32 
 
 
522 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0126503 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0491  SSS sodium solute transporter superfamily  40.88 
 
 
509 aa  348  2e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0375697  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  36.43 
 
 
523 aa  283  8.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.6 
 
 
565 aa  236  7e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2388  SSS sodium solute transporter superfamily  33.56 
 
 
551 aa  220  5e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.38 
 
 
533 aa  218  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  32.46 
 
 
557 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  32.4 
 
 
557 aa  217  4e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0087  putative symporter YidK  32.83 
 
 
529 aa  211  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1859  SSS sodium solute transporter superfamily  31.64 
 
 
551 aa  204  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0610  putative symporter YidK  30.5 
 
 
551 aa  204  4e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.266517  normal  0.0320256 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3904  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.83 
 
 
526 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.757586 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4044  putative symporter YidK  30.43 
 
 
571 aa  196  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.978949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5111  putative symporter YidK  30.43 
 
 
571 aa  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.393136 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03563  predicted transporter  30.23 
 
 
571 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.704345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0024  SSS sodium solute transporter superfamily  30.23 
 
 
571 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2201  putative symporter YidK  28.7 
 
 
530 aa  196  1e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03506  hypothetical protein  30.23 
 
 
571 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4187  putative symporter YidK  30.23 
 
 
571 aa  196  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0436  SSS sodium solute transporter superfamily  29.68 
 
 
598 aa  196  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.153082 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.31 
 
 
526 aa  194  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0592432  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2774  SSS sodium solute transporter superfamily  30.62 
 
 
529 aa  189  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00224729  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4407  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.51 
 
 
613 aa  189  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0343463  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1283  putative symporter YidK  30.89 
 
 
531 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1671  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.73 
 
 
593 aa  185  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0302135 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3621  SSS sodium solute transporter superfamily  30.14 
 
 
596 aa  183  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.434287  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0970  SSS sodium solute transporter superfamily  36.9 
 
 
765 aa  179  9e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000363528  normal  0.258421 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0338  putative symporter YidK  29.81 
 
 
562 aa  176  8e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000369581  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  27.67 
 
 
537 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0993  SSS sodium solute transporter superfamily  26.7 
 
 
569 aa  174  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0554078  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04060  SSS sodium solute transporter  28.13 
 
 
565 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6118  SSS sodium solute transporter superfamily  28.69 
 
 
562 aa  166  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5643  putative symporter YidK  28.68 
 
 
532 aa  161  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0528726  normal  0.86029 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0578  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.36 
 
 
473 aa  157  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.493945  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14290  SSS sodium solute transporter  27.95 
 
 
566 aa  155  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3709  SSS sodium solute transporter superfamily  27.48 
 
 
564 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.174317  normal  0.0274266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4019  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.82 
 
 
474 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000206243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3270  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.61 
 
 
474 aa  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.291687  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0990  SSS sodium solute transporter superfamily  27.81 
 
 
560 aa  136  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.394544  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0324  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.72 
 
 
567 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2048  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.85 
 
 
550 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.24 
 
 
486 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0255  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.88 
 
 
542 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0179  sodium/solute symporter family protein  25 
 
 
505 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0176  sodium:solute transporter  25.2 
 
 
505 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4098  Na+/solute symporter  28 
 
 
486 aa  110  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0584341  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  27.99 
 
 
530 aa  109  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0304  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  25.83 
 
 
510 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0297  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  25.83 
 
 
510 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.977217  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0171  SSS sodium solute transporter superfamily  25.05 
 
 
520 aa  105  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0745729 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4170  Na+/solute symporter  25.93 
 
 
526 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0688566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02564  hypothetical protein  22.83 
 
 
581 aa  103  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1893  Na+/myo-inositol cotransporter  35.41 
 
 
234 aa  102  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0549999  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3985  SSS sodium solute transporter superfamily  25.24 
 
 
527 aa  102  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000567258  normal  0.756619 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13128  sodium/glucose cotransporter  25.85 
 
 
575 aa  101  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.194229  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0525  SSS sodium solute transporter superfamily  25.52 
 
 
522 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.692758  unclonable  0.0000000000137784 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  25.7 
 
 
472 aa  95.9  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2815  SSS sodium solute transporter superfamily  23.46 
 
 
527 aa  94.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04816  alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR  24.32 
 
 
513 aa  94  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1640  SSS sodium solute transporter superfamily  26.85 
 
 
566 aa  93.2  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171262  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3355  Na+/solute symporter  26.13 
 
 
517 aa  91.7  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1193  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.88 
 
 
498 aa  90.9  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0641857  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2070  Na+/solute symporter  23.57 
 
 
489 aa  90.5  6e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1223  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.88 
 
 
498 aa  90.1  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1203  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.88 
 
 
498 aa  90.1  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.410205 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1238  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.88 
 
 
498 aa  90.1  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.425742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3022  SSS sodium solute transporter superfamily  25.43 
 
 
883 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.61129  normal  0.844759 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0416  sodium/solute symporter family protein  24.73 
 
 
570 aa  89  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.951118  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0609  sodium/solute symporter  23.83 
 
 
513 aa  88.6  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.952879  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0303  Na+/solute symporter  23.57 
 
 
596 aa  87.4  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03377  sodium:solute symporter family protein  25.99 
 
 
523 aa  86.7  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2466  SSS sodium solute transporter superfamily  23.24 
 
 
509 aa  85.9  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4963400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2962  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  22.68 
 
 
574 aa  85.1  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.324391  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1525  Na+/solute symporter  27.91 
 
 
475 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6588  SSS sodium solute transporter superfamily  24.43 
 
 
529 aa  84  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2672  Na+/solute symporter  21.91 
 
 
599 aa  83.6  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3191  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.63 
 
 
504 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.205305  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000913  sodium-solute symporter putative  24.28 
 
 
590 aa  82  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>