More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3072 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3072  SSS sodium solute transporter superfamily  100 
 
 		 539 aa  1082    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00704051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5244  SSS sodium solute transporter superfamily  58.18 
 
 		 545 aa  634    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1152  SSS sodium solute transporter superfamily  64.25 
 
 		 562 aa  721    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0742973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1927  SSS sodium solute transporter superfamily  64.27 
 
 		 568 aa  725    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0029053  normal  0.303256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4728  SSS sodium solute transporter superfamily  59.78 
 
 		 549 aa  655    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.192891  hitchhiker  0.00040203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  59.61 
 
 		 561 aa  665    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3635  SSS sodium solute transporter superfamily  58.02 
 
 		 565 aa  615  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.85975  normal  0.450055 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5697  SSS sodium solute transporter superfamily  60.7 
 
 		 536 aa  607  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3116  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  54.84 
 
 		 522 aa  574  1.0000000000000001e-162  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  52.65 
 
 		 561 aa  550  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2732  SSS sodium solute transporter superfamily  53.98 
 
 		 561 aa  546  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3840  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  47.8 
 
 		 523 aa  487  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.455986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00679  sodium/glucose cotransport protein  47.13 
 
 		 592 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0305497  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00234  putative sodium/hexose cotransport protein  46.06 
 
 		 520 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.398389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  47.56 
 
 		 522 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135189  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2286  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  45.2 
 
 		 519 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2086  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  45.57 
 
 		 520 aa  451  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0835  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  46.79 
 
 		 522 aa  451  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.172463  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1090  sodium/glucose cotransport protein  46.13 
 
 		 520 aa  445  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.133382 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1074  SSS sodium solute transporter superfamily  46.1 
 
 		 520 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.729495  normal  0.0148232 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  45.9 
 
 		 520 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.736166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1285  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  46.69 
 
 		 522 aa  433  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0126503 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2731  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  42.45 
 
 		 548 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.8061 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0491  SSS sodium solute transporter superfamily  39.85 
 
 		 509 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0375697  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  33.27 
 
 		 523 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.71 
 
 		 565 aa  239  6.999999999999999e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0087  putative symporter YidK  32.26 
 
 		 529 aa  223  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2388  SSS sodium solute transporter superfamily  33.84 
 
 		 551 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0610  putative symporter YidK  31.17 
 
 		 551 aa  216  9.999999999999999e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.266517  normal  0.0320256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  32.07 
 
 		 557 aa  209  7e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  32.7 
 
 		 557 aa  209  9e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1283  putative symporter YidK  30.9 
 
 		 531 aa  209  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03563  predicted transporter  30.49 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.704345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0024  SSS sodium solute transporter superfamily  30.49 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4044  putative symporter YidK  30.3 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.978949 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03506  hypothetical protein  30.49 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4187  putative symporter YidK  30.49 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5111  putative symporter YidK  30.3 
 
 		 571 aa  206  7e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.393136 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.69 
 
 		 533 aa  206  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3904  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.47 
 
 		 526 aa  203  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.757586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1859  SSS sodium solute transporter superfamily  28.54 
 
 		 551 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0338  putative symporter YidK  32.53 
 
 		 562 aa  202  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000369581  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0436  SSS sodium solute transporter superfamily  30.38 
 
 		 598 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.153082 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1671  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.88 
 
 		 593 aa  187  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302135 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0578  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.67 
 
 		 473 aa  186  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.493945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3270  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.26 
 
 		 474 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.291687  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  28.3 
 
 		 537 aa  184  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4019  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.02 
 
 		 474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000206243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3621  SSS sodium solute transporter superfamily  29.01 
 
 		 596 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.434287  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2201  putative symporter YidK  25.87 
 
 		 530 aa  176  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0970  SSS sodium solute transporter superfamily  37.12 
 
 		 765 aa  175  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000363528  normal  0.258421 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  28.26 
 
 		 526 aa  173  7.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0592432  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2774  SSS sodium solute transporter superfamily  29.26 
 
 		 529 aa  172  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00224729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4407  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.14 
 
 		 613 aa  172  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0343463  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5643  putative symporter YidK  26.21 
 
 		 532 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0528726  normal  0.86029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6118  SSS sodium solute transporter superfamily  27.8 
 
 		 562 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0993  SSS sodium solute transporter superfamily  24.95 
 
 		 569 aa  162  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0554078  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04060  SSS sodium solute transporter  26.76 
 
 		 565 aa  157  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0324  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.1 
 
 		 567 aa  153  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3709  SSS sodium solute transporter superfamily  27.14 
 
 		 564 aa  151  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.174317  normal  0.0274266 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14290  SSS sodium solute transporter  28.48 
 
 		 566 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0990  SSS sodium solute transporter superfamily  28.42 
 
 		 560 aa  141  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.394544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.1 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2048  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  25.49 
 
 		 550 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4098  Na+/solute symporter  28.72 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0584341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0525  SSS sodium solute transporter superfamily  26.39 
 
 		 522 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.692758  unclonable  0.0000000000137784 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0255  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.77 
 
 		 542 aa  108  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2466  SSS sodium solute transporter superfamily  25.28 
 
 		 509 aa  107  5e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4963400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0176  sodium:solute transporter  24.67 
 
 		 505 aa  107  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2070  Na+/solute symporter  24.27 
 
 		 489 aa  106  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0179  sodium/solute symporter family protein  24.24 
 
 		 505 aa  106  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1893  Na+/myo-inositol cotransporter  34.11 
 
 		 234 aa  105  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0549999  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02564  hypothetical protein  22.63 
 
 		 581 aa  103  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3355  Na+/solute symporter  27.08 
 
 		 517 aa  96.7  9e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0171  SSS sodium solute transporter superfamily  23.94 
 
 		 520 aa  95.5  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0745729 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04816  alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR  23.91 
 
 		 513 aa  95.1  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6588  SSS sodium solute transporter superfamily  23.93 
 
 		 529 aa  95.1  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4170  Na+/solute symporter  22.54 
 
 		 526 aa  94.7  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0688566  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0297  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.78 
 
 		 510 aa  93.6  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.977217  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0304  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.78 
 
 		 510 aa  93.6  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2815  SSS sodium solute transporter superfamily  24.17 
 
 		 527 aa  92.8  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  22.02 
 
 		 474 aa  92  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1796  Na+/solute symporter  23.17 
 
 		 483 aa  92.4  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000417622  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3985  SSS sodium solute transporter superfamily  24.58 
 
 		 527 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000567258  normal  0.756619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6961  Na+/solute symporter  26.2 
 
 		 533 aa  91.3  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.931741  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13128  sodium/glucose cotransporter  23.53 
 
 		 575 aa  91.3  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.194229  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0289  Na+/solute symporter  22.96 
 
 		 590 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0322805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3022  SSS sodium solute transporter superfamily  22.87 
 
 		 883 aa  89  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.61129  normal  0.844759 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12043  sodium iodide symporter  25.84 
 
 		 547 aa  88.6  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.48339  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0961  Na+/solute symporter  23.36 
 
 		 587 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  22.94 
 
 		 530 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1238  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.46 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.425742 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1223  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.46 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1203  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.46 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.410205 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2962  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  22.73 
 
 		 574 aa  85.1  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.324391  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1193  sodium-glucose/galactose cotransporter  23.46 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0641857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1518  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  24.25 
 
 		 892 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0303  Na+/solute symporter  22.61 
 
 		 596 aa  84  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1640  SSS sodium solute transporter superfamily  26.41 
 
 		 566 aa  83.6  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1825  SSS sodium solute transporter superfamily  25 
 
 		 533 aa  82.8  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.915648  normal  0.529366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>