More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3904 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3904  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  100 
 
 		 526 aa  1047    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.757586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2388  SSS sodium solute transporter superfamily  43.01 
 
 		 551 aa  419  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3906  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  42.83 
 
 		 533 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0491  SSS sodium solute transporter superfamily  36.31 
 
 		 509 aa  276  7e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0375697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3840  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  36.3 
 
 		 523 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.455986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1859  SSS sodium solute transporter superfamily  34.26 
 
 		 551 aa  260  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.13 
 
 		 565 aa  254  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  35.7 
 
 		 557 aa  247  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  35.13 
 
 		 557 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.03 
 
 		 522 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135189  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2286  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  35.02 
 
 		 519 aa  242  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1285  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  33.33 
 
 		 522 aa  239  9e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0126503 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.38 
 
 		 526 aa  236  9e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0592432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2086  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  33.13 
 
 		 520 aa  236  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0835  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  33.67 
 
 		 522 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.172463  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  35.77 
 
 		 520 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.736166  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00234  putative sodium/hexose cotransport protein  32.53 
 
 		 520 aa  234  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.398389  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  31.91 
 
 		 523 aa  233  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1074  SSS sodium solute transporter superfamily  36.17 
 
 		 520 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.729495  normal  0.0148232 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00679  sodium/glucose cotransport protein  33.41 
 
 		 592 aa  230  6e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0305497  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1090  sodium/glucose cotransport protein  33.8 
 
 		 520 aa  229  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.133382 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5244  SSS sodium solute transporter superfamily  32.53 
 
 		 545 aa  214  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1112  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.13 
 
 		 561 aa  209  8e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2774  SSS sodium solute transporter superfamily  29.55 
 
 		 529 aa  209  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00224729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1152  SSS sodium solute transporter superfamily  32.4 
 
 		 562 aa  206  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0742973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1927  SSS sodium solute transporter superfamily  31.97 
 
 		 568 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0029053  normal  0.303256 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2731  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  32.89 
 
 		 548 aa  199  7.999999999999999e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.8061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4728  SSS sodium solute transporter superfamily  31.8 
 
 		 549 aa  196  7e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.192891  hitchhiker  0.00040203 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4044  putative symporter YidK  31.38 
 
 		 571 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.978949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5111  putative symporter YidK  31.38 
 
 		 571 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.393136 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03563  predicted transporter  31.05 
 
 		 571 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.704345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0024  SSS sodium solute transporter superfamily  31.05 
 
 		 571 aa  195  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3072  SSS sodium solute transporter superfamily  30.27 
 
 		 539 aa  195  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00704051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03506  hypothetical protein  31.05 
 
 		 571 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4187  putative symporter YidK  30.86 
 
 		 571 aa  194  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3635  SSS sodium solute transporter superfamily  31.1 
 
 		 565 aa  190  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.85975  normal  0.450055 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0324  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.3 
 
 		 567 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.549745 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0087  putative symporter YidK  30.8 
 
 		 529 aa  186  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3621  SSS sodium solute transporter superfamily  32.78 
 
 		 596 aa  184  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.434287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  29.89 
 
 		 561 aa  183  8.000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0970  SSS sodium solute transporter superfamily  34.38 
 
 		 765 aa  182  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000363528  normal  0.258421 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1283  putative symporter YidK  31.22 
 
 		 531 aa  179  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0436  SSS sodium solute transporter superfamily  29.48 
 
 		 598 aa  179  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.153082 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2732  SSS sodium solute transporter superfamily  31.73 
 
 		 561 aa  179  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3116  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  30.16 
 
 		 522 aa  174  5e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5697  SSS sodium solute transporter superfamily  31.01 
 
 		 536 aa  173  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2204  SSS sodium solute transporter superfamily  27.27 
 
 		 537 aa  169  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.814033  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0338  putative symporter YidK  31.43 
 
 		 562 aa  168  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000369581  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5643  putative symporter YidK  28.14 
 
 		 532 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0528726  normal  0.86029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6118  SSS sodium solute transporter superfamily  28.87 
 
 		 562 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3709  SSS sodium solute transporter superfamily  26.88 
 
 		 564 aa  160  5e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.174317  normal  0.0274266 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4407  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.49 
 
 		 613 aa  158  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0343463  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0993  SSS sodium solute transporter superfamily  25.88 
 
 		 569 aa  157  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0554078  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2201  putative symporter YidK  32.52 
 
 		 530 aa  153  8.999999999999999e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04060  SSS sodium solute transporter  25.9 
 
 		 565 aa  152  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3270  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.37 
 
 		 474 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.291687  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4019  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.47 
 
 		 474 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000206243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0578  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.17 
 
 		 473 aa  149  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.493945  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14290  SSS sodium solute transporter  26.64 
 
 		 566 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0610  putative symporter YidK  30.52 
 
 		 551 aa  147  4.0000000000000006e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.266517  normal  0.0320256 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3683  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  28 
 
 		 486 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  27.01 
 
 		 472 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0990  SSS sodium solute transporter superfamily  27.22 
 
 		 560 aa  143  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.394544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04816  alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR  29.28 
 
 		 513 aa  141  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4098  Na+/solute symporter  28.21 
 
 		 486 aa  141  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0584341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1671  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  26.87 
 
 		 593 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302135 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0255  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  31.72 
 
 		 542 aa  140  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2048  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  27.51 
 
 		 550 aa  140  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2466  SSS sodium solute transporter superfamily  27.96 
 
 		 509 aa  130  6e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4963400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  27.76 
 
 		 474 aa  130  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0609  sodium/solute symporter  31.2 
 
 		 513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.952879  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  27.74 
 
 		 483 aa  124  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2709  Na+/solute symporter  29.03 
 
 		 483 aa  123  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  26.24 
 
 		 459 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2384  SSS sodium solute transporter superfamily  26.37 
 
 		 530 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02564  hypothetical protein  25.89 
 
 		 581 aa  118  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5121  Na+/solute symporter  27.73 
 
 		 462 aa  116  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3347  putative osmoregulated proline transporter  25.59 
 
 		 486 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09590  Na+/proline symporter  27.69 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0974546  normal  0.236374 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0179  sodium/solute symporter family protein  26.36 
 
 		 505 aa  115  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0176  sodium:solute transporter  26.14 
 
 		 505 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0261  Na+/solute symporter  29.26 
 
 		 468 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.728087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3696  sodium/panthothenate symporter  26.39 
 
 		 483 aa  114  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0171  SSS sodium solute transporter superfamily  27.65 
 
 		 520 aa  114  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0745729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1640  SSS sodium solute transporter superfamily  28.62 
 
 		 566 aa  113  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3641  sodium/panthothenate symporter  26.65 
 
 		 483 aa  113  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000698464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3553  sodium/panthothenate symporter  26.65 
 
 		 483 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000280994  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03116  sodium/panthothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.735141  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0448  sodium/pantothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.293948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4575  sodium/panthothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000690231  normal  0.130163 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03067  hypothetical protein  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.647307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3742  sodium/panthothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150129  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0335  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  29.71 
 
 		 526 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495731  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3450  sodium/panthothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000724112  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1324  Na+/solute symporter  25.82 
 
 		 603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0448  sodium/panthothenate symporter  26.99 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2070  Na+/solute symporter  27.7 
 
 		 489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0195  sodium:solute symporter family protein  26.22 
 
 		 468 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1178  sodium:solute symporter family protein  27.15 
 
 		 585 aa  110  5e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.107894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3355  Na+/solute symporter  28.1 
 
 		 517 aa  110  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.947348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>