112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1481 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  100 
 
 
400 aa  813    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  77.3 
 
 
423 aa  633  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  77.3 
 
 
423 aa  633  1e-180  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  75 
 
 
422 aa  615  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  74.68 
 
 
431 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  74.68 
 
 
431 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  75 
 
 
425 aa  604  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  73.42 
 
 
423 aa  598  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  69.85 
 
 
428 aa  579  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  63.01 
 
 
432 aa  524  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  61.48 
 
 
400 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  60.97 
 
 
416 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  60.97 
 
 
416 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  60.46 
 
 
416 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  60.46 
 
 
400 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  38.39 
 
 
483 aa  296  6e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  37.91 
 
 
441 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  39 
 
 
442 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  39.14 
 
 
437 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  39.01 
 
 
428 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  36.59 
 
 
467 aa  272  9e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.74 
 
 
428 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  39.07 
 
 
439 aa  271  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  38.73 
 
 
457 aa  271  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  35.82 
 
 
443 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  39.43 
 
 
445 aa  243  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  33.65 
 
 
454 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  32.86 
 
 
462 aa  235  9e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  35.29 
 
 
439 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  33.9 
 
 
462 aa  230  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  33.25 
 
 
451 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  33.59 
 
 
429 aa  222  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  30.95 
 
 
464 aa  220  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  30.95 
 
 
464 aa  220  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  34.69 
 
 
454 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  32.99 
 
 
439 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  32.94 
 
 
452 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  32.56 
 
 
429 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  32.56 
 
 
424 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  32.38 
 
 
410 aa  206  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  33.25 
 
 
503 aa  205  9e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  32.2 
 
 
501 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  32.3 
 
 
429 aa  204  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.54 
 
 
424 aa  203  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  31.54 
 
 
446 aa  203  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  32.32 
 
 
431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  32.6 
 
 
454 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  31.03 
 
 
431 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  32.02 
 
 
467 aa  196  9e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  31.3 
 
 
446 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  30.87 
 
 
428 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  32.19 
 
 
447 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  33.42 
 
 
458 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  33.42 
 
 
458 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  30.52 
 
 
452 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  32.48 
 
 
459 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  29.12 
 
 
417 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  32.16 
 
 
459 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  30.98 
 
 
410 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  29.77 
 
 
418 aa  159  6e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  30.26 
 
 
404 aa  157  3e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  30.98 
 
 
452 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  29.46 
 
 
422 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.04 
 
 
405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.07 
 
 
425 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  27.54 
 
 
633 aa  114  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.32 
 
 
425 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.48 
 
 
406 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  26.71 
 
 
1200 aa  95.9  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  25.36 
 
 
638 aa  85.1  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  26.02 
 
 
648 aa  84.3  0.000000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  23.3 
 
 
651 aa  80.1  0.00000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  27.09 
 
 
641 aa  76.3  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  24.83 
 
 
570 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  23.97 
 
 
409 aa  71.2  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.3 
 
 
352 aa  69.7  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  24.19 
 
 
711 aa  68.6  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  29.71 
 
 
505 aa  67  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  23.16 
 
 
471 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.23 
 
 
364 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  25.49 
 
 
647 aa  63.2  0.000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  26.94 
 
 
899 aa  63.2  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  23.83 
 
 
735 aa  62.8  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  24.63 
 
 
638 aa  60.8  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.12 
 
 
422 aa  60.1  0.00000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  26.85 
 
 
768 aa  59.7  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  24.71 
 
 
341 aa  59.7  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  25.61 
 
 
672 aa  58.2  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1022  hypothetical protein  24.83 
 
 
382 aa  58.2  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.44 
 
 
677 aa  55.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1684  cell surface glycoprotein  22.71 
 
 
871 aa  53.1  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.255762  normal  0.152599 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  37.65 
 
 
172 aa  53.1  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  26.69 
 
 
348 aa  52.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.86 
 
 
685 aa  52.8  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2513  hypothetical protein  23.3 
 
 
360 aa  52  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3868  normal  0.373892 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  20.38 
 
 
564 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.69 
 
 
510 aa  51.2  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0644  periplasmic copper-binding  26.34 
 
 
1092 aa  50.4  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.167347  normal  0.0259302 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.55 
 
 
369 aa  50.1  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0333  cell surface glycoprotein (s-layer protein)  22.76 
 
 
308 aa  49.7  0.00009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000130039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>