100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2352 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  100 
 
 
454 aa  915    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  71.56 
 
 
452 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  71.63 
 
 
454 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  59.86 
 
 
462 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  58.33 
 
 
451 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  56.36 
 
 
462 aa  484  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  57.81 
 
 
464 aa  473  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  57.81 
 
 
464 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  50.6 
 
 
439 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  49.88 
 
 
445 aa  408  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  49.03 
 
 
443 aa  408  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  43.14 
 
 
437 aa  322  9.000000000000001e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  39.78 
 
 
442 aa  322  9.999999999999999e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  40.65 
 
 
428 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.42 
 
 
428 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  36.71 
 
 
457 aa  300  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  36.24 
 
 
483 aa  293  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  34.24 
 
 
441 aa  291  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  38.92 
 
 
439 aa  286  5.999999999999999e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  38.04 
 
 
446 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  38.04 
 
 
410 aa  280  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.96 
 
 
467 aa  277  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  34.72 
 
 
431 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  35.52 
 
 
428 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  35.71 
 
 
446 aa  266  7e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  36.21 
 
 
424 aa  265  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  35.29 
 
 
429 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  35.4 
 
 
424 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  34.62 
 
 
429 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  35.31 
 
 
429 aa  259  6e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  37.44 
 
 
447 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  35.38 
 
 
431 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  34.29 
 
 
439 aa  254  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  33.8 
 
 
452 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  33.11 
 
 
431 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  33.11 
 
 
431 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  33.72 
 
 
423 aa  226  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  33.72 
 
 
423 aa  226  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  35.05 
 
 
400 aa  224  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  35.89 
 
 
400 aa  223  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  33.56 
 
 
432 aa  221  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.85 
 
 
416 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.85 
 
 
416 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  34.69 
 
 
400 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  35.37 
 
 
416 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  32.95 
 
 
425 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  32.21 
 
 
423 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  32.35 
 
 
422 aa  209  8e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  30.19 
 
 
428 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  29.86 
 
 
503 aa  194  3e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  29.35 
 
 
501 aa  188  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.22 
 
 
467 aa  188  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  30.95 
 
 
454 aa  170  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.53 
 
 
459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  26.65 
 
 
417 aa  143  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.17 
 
 
458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  30.64 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.17 
 
 
458 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  28.27 
 
 
418 aa  141  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.62 
 
 
410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  28.43 
 
 
422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  26.51 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  25.51 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.68 
 
 
406 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  22.61 
 
 
405 aa  107  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  20.76 
 
 
425 aa  99.4  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  28.68 
 
 
638 aa  98.2  3e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  24.36 
 
 
633 aa  83.2  0.000000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  26 
 
 
711 aa  79.3  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22 
 
 
425 aa  76.3  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  24.43 
 
 
672 aa  71.6  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  24.31 
 
 
422 aa  68.6  0.0000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  22.22 
 
 
651 aa  67.4  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  24.26 
 
 
1200 aa  62.8  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  27.54 
 
 
647 aa  58.2  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  22.61 
 
 
648 aa  54.3  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.38 
 
 
510 aa  53.1  0.000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  25.63 
 
 
735 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.36 
 
 
685 aa  53.1  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.27 
 
 
352 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  21.12 
 
 
635 aa  52.4  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  21.94 
 
 
570 aa  51.6  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  23.94 
 
 
375 aa  51.2  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  23.39 
 
 
641 aa  50.4  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  27.21 
 
 
505 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  31.29 
 
 
899 aa  48.9  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  27.7 
 
 
172 aa  48.1  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  28.92 
 
 
707 aa  47.4  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  23.39 
 
 
500 aa  46.6  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0067  cell surface protein  30.95 
 
 
302 aa  47  0.0008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.48 
 
 
677 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  21.81 
 
 
409 aa  45.8  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  21.75 
 
 
364 aa  45.4  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1527  surface layer protein B  31.46 
 
 
297 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0239  cell surface protein  23.74 
 
 
153 aa  45.8  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00514923  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  21.82 
 
 
369 aa  44.7  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  29.66 
 
 
2272 aa  45.1  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.999068 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0279  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.11 
 
 
458 aa  44.3  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1510  periplasmic copper-binding  31.96 
 
 
505 aa  43.9  0.006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.163469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2844  hypothetical protein  27.84 
 
 
1001 aa  43.9  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0777438  normal  0.0344466 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>