114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4915 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  86.7 
 
 
423 aa  764    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  84.45 
 
 
431 aa  757    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  100 
 
 
425 aa  861    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  84.45 
 
 
431 aa  757    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  74.34 
 
 
423 aa  630  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  74.34 
 
 
423 aa  630  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  75 
 
 
400 aa  604  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  71.32 
 
 
422 aa  589  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  64.02 
 
 
428 aa  541  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  62.97 
 
 
432 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  59.51 
 
 
400 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  59.3 
 
 
416 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  58.77 
 
 
400 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  59.55 
 
 
416 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  59.55 
 
 
416 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  40.29 
 
 
442 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  35.25 
 
 
441 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  37.93 
 
 
457 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  36.07 
 
 
483 aa  275  8e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  38.4 
 
 
437 aa  272  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.11 
 
 
467 aa  269  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  38.21 
 
 
428 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.08 
 
 
428 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  36.32 
 
 
439 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  34.26 
 
 
454 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  35.64 
 
 
443 aa  245  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  35.9 
 
 
439 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  32.65 
 
 
462 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  33.11 
 
 
462 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  38.13 
 
 
445 aa  236  7e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  33.48 
 
 
451 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.82 
 
 
464 aa  233  6e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.82 
 
 
464 aa  233  6e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  32.95 
 
 
501 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  31.34 
 
 
429 aa  223  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  34.62 
 
 
503 aa  219  6e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  32.36 
 
 
452 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  31.83 
 
 
410 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  31.16 
 
 
424 aa  216  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  30.84 
 
 
429 aa  216  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  30.75 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  30.43 
 
 
429 aa  210  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  30.94 
 
 
439 aa  209  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  30.64 
 
 
428 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  31.22 
 
 
431 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  33.02 
 
 
454 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  30.45 
 
 
446 aa  202  9e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  33.41 
 
 
454 aa  201  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  29.75 
 
 
431 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  30.66 
 
 
446 aa  197  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  35.82 
 
 
459 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30 
 
 
467 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.83 
 
 
447 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  31.34 
 
 
452 aa  184  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  35.01 
 
 
458 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  34.85 
 
 
458 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  33.89 
 
 
459 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  30.23 
 
 
404 aa  176  6e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  27.68 
 
 
417 aa  168  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  29.77 
 
 
418 aa  163  6e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  29.63 
 
 
410 aa  161  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  30.81 
 
 
452 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.32 
 
 
405 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  28.1 
 
 
422 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.46 
 
 
425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  28.81 
 
 
633 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.62 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.3 
 
 
425 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  24.66 
 
 
1200 aa  90.1  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  26.38 
 
 
638 aa  89.7  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  23.54 
 
 
651 aa  80.5  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  23.91 
 
 
471 aa  76.6  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  27.42 
 
 
641 aa  71.6  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  26.77 
 
 
648 aa  71.2  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  24 
 
 
672 aa  70.5  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  21.7 
 
 
352 aa  69.7  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  24.43 
 
 
422 aa  67.4  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.32 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.25 
 
 
677 aa  66.2  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  26.76 
 
 
768 aa  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  24.71 
 
 
409 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  25.14 
 
 
341 aa  64.3  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.63 
 
 
510 aa  63.9  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  22.22 
 
 
711 aa  63.2  0.000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  21.25 
 
 
564 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  25.58 
 
 
707 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  24.72 
 
 
570 aa  61.2  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  23.42 
 
 
735 aa  57.4  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.84 
 
 
685 aa  55.8  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1022  hypothetical protein  27.44 
 
 
382 aa  56.2  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.24 
 
 
369 aa  56.2  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  23.18 
 
 
500 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0296  hypothetical protein  35.42 
 
 
550 aa  55.5  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.790806  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  25.69 
 
 
899 aa  55.8  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  22.22 
 
 
1242 aa  54.7  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  23.13 
 
 
1025 aa  53.9  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  22.36 
 
 
638 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  24 
 
 
1332 aa  53.1  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  24.56 
 
 
595 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  22.76 
 
 
647 aa  51.6  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>