96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0500 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 429 aa  874    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  68.41 
 
 		 439 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  57.36 
 
 		 410 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  58.56 
 
 		 447 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  56.04 
 
 		 446 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  55.25 
 
 		 446 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  51.63 
 
 		 431 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  48.44 
 
 		 429 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  48.1 
 
 		 424 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  48.44 
 
 		 429 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  49.39 
 
 		 424 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  48.21 
 
 		 431 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  48.33 
 
 		 428 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  49.75 
 
 		 452 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  42.33 
 
 		 457 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  39.24 
 
 		 441 aa  327  3e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  40.82 
 
 		 483 aa  323  4e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  40.48 
 
 		 467 aa  318  9e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.33 
 
 		 428 aa  310  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  41.07 
 
 		 428 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  41.27 
 
 		 437 aa  295  9e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  39.21 
 
 		 442 aa  294  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  38.31 
 
 		 439 aa  288  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  35.73 
 
 		 454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  34.98 
 
 		 462 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  32.38 
 
 		 462 aa  246  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.02 
 
 		 464 aa  244  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.02 
 
 		 464 aa  244  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  35.31 
 
 		 439 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  33.18 
 
 		 431 aa  243  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  33.18 
 
 		 431 aa  243  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  32.55 
 
 		 454 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.1 
 
 		 452 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  34.59 
 
 		 400 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  32.6 
 
 		 423 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  32.6 
 
 		 423 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  34.43 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.43 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.43 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  31.86 
 
 		 423 aa  229  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  33.33 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  32.96 
 
 		 451 aa  227  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  33.33 
 
 		 422 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  33.76 
 
 		 432 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  31.78 
 
 		 443 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  31.34 
 
 		 425 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  33.59 
 
 		 400 aa  222  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.5 
 
 		 400 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  33.59 
 
 		 445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  30.18 
 
 		 503 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.98 
 
 		 467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  27.1 
 
 		 501 aa  133  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  27.98 
 
 		 422 aa  133  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  26.82 
 
 		 417 aa  126  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.39 
 
 		 458 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  28.67 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  30.62 
 
 		 418 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.55 
 
 		 458 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.72 
 
 		 459 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  26.75 
 
 		 459 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.45 
 
 		 404 aa  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  27.66 
 
 		 410 aa  97.4  4e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  24.68 
 
 		 405 aa  92.8  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  25.9 
 
 		 452 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.99 
 
 		 425 aa  90.9  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.65 
 
 		 406 aa  86.7  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.4 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  23.68 
 
 		 633 aa  84  0.000000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.42 
 
 		 510 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  23.15 
 
 		 638 aa  73.2  0.000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  24.41 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  28.19 
 
 		 1200 aa  67.4  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  22.66 
 
 		 711 aa  62.4  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.13 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2845  cell surface protein  23.2 
 
 		 960 aa  57  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.726454  normal  0.0327621 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  21.65 
 
 		 648 aa  57  0.0000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  28.3 
 
 		 635 aa  55.8  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  27.33 
 
 		 707 aa  52.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0239  cell surface protein  28.67 
 
 		 153 aa  50.4  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00514923  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.35 
 
 		 677 aa  49.3  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.36 
 
 		 685 aa  49.3  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2931  cell surface protein  24.78 
 
 		 940 aa  49.3  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0750354  hitchhiker  0.00446431 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1684  cell surface glycoprotein  26.42 
 
 		 871 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.255762  normal  0.152599 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  21.33 
 
 		 570 aa  48.5  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  23.06 
 
 		 471 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  23.96 
 
 		 1025 aa  47.8  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  24.07 
 
 		 672 aa  47.8  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3227  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.8 
 
 		 537 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  22.42 
 
 		 409 aa  47.4  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  22.94 
 
 		 500 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0279  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.46 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  21.91 
 
 		 647 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  25.41 
 
 		 505 aa  43.5  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  22.81 
 
 		 1242 aa  43.5  0.007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  26.64 
 
 		 899 aa  43.5  0.007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  31.25 
 
 		 172 aa  43.1  0.01  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>