106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2908 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  100 
 
 
422 aa  853    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  47.81 
 
 
452 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  38.12 
 
 
418 aa  255  1.0000000000000001e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  36.98 
 
 
405 aa  252  8.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  36.88 
 
 
410 aa  251  1e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  34.99 
 
 
404 aa  250  4e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  35.5 
 
 
454 aa  205  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  32.14 
 
 
406 aa  195  1e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  31.59 
 
 
437 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  29.44 
 
 
501 aa  156  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  30.19 
 
 
439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  29.55 
 
 
431 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  29.55 
 
 
431 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  29.85 
 
 
439 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  30.42 
 
 
442 aa  149  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  29.04 
 
 
422 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  28.9 
 
 
423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.09 
 
 
459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  28.9 
 
 
423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  29.46 
 
 
400 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  29.56 
 
 
416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  29.56 
 
 
416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  29.56 
 
 
400 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  28.05 
 
 
428 aa  146  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  29.31 
 
 
416 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  27.66 
 
 
462 aa  143  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  27.57 
 
 
423 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  28.53 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  31.64 
 
 
458 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.93 
 
 
458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  28.07 
 
 
443 aa  139  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  30.43 
 
 
454 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  28.1 
 
 
425 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  27.71 
 
 
462 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  29.4 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  27.42 
 
 
451 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  26.84 
 
 
464 aa  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  27.75 
 
 
457 aa  133  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  26.84 
 
 
464 aa  133  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  27.98 
 
 
429 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.68 
 
 
467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.23 
 
 
425 aa  131  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  27.63 
 
 
417 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  28.83 
 
 
432 aa  130  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  28.2 
 
 
428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  28.43 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.2 
 
 
428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  25.64 
 
 
439 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.11 
 
 
447 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.3 
 
 
425 aa  123  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  25.87 
 
 
483 aa  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  29.17 
 
 
452 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  26.15 
 
 
441 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  25.76 
 
 
446 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  26.08 
 
 
503 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  28.64 
 
 
445 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  26.02 
 
 
446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  26.72 
 
 
410 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  25.89 
 
 
431 aa  106  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  28.23 
 
 
452 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  25.48 
 
 
467 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  25.3 
 
 
424 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  25.49 
 
 
424 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  26.19 
 
 
428 aa  96.3  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  25.49 
 
 
429 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  25.42 
 
 
429 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  25.51 
 
 
431 aa  93.6  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  26.24 
 
 
633 aa  85.1  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  25.24 
 
 
422 aa  75.5  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  25.26 
 
 
1200 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.67 
 
 
510 aa  64.7  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  30.77 
 
 
648 aa  64.3  0.000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.01 
 
 
638 aa  64.3  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  25.98 
 
 
570 aa  58.9  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  30.41 
 
 
707 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  24.48 
 
 
647 aa  57  0.0000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2354  hypothetical protein  24.91 
 
 
464 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  33.11 
 
 
2272 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.999068 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1802  hypothetical protein  31.97 
 
 
2036 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.993129 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0644  periplasmic copper-binding  27.78 
 
 
1092 aa  54.7  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.167347  normal  0.0259302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1993  cell surface protein  31.97 
 
 
1969 aa  53.5  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.147717  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0434  Serine/threonine protein kinase  27.03 
 
 
674 aa  53.5  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000341904  normal  0.409693 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1781  hypothetical protein  22.86 
 
 
724 aa  53.1  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  29.53 
 
 
172 aa  53.1  0.000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  26.26 
 
 
341 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2618  polymorphic outer membrane protein  23.86 
 
 
863 aa  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0620  hypothetical protein  28.65 
 
 
365 aa  47.8  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.611979  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0067  cell surface protein  25.58 
 
 
302 aa  47.8  0.0004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.99 
 
 
677 aa  47  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  21.9 
 
 
651 aa  47  0.0006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1336  PKD domain containing protein  23.46 
 
 
567 aa  47.4  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  25 
 
 
635 aa  47  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  27.81 
 
 
375 aa  46.2  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2988  stress protein  31.11 
 
 
433 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.186461 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0198  periplasmic copper-binding  25.95 
 
 
810 aa  46.2  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.212278  normal  0.0186793 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  22.73 
 
 
352 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 
1121 aa  45.1  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  24.1 
 
 
711 aa  45.1  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  22.88 
 
 
471 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  29.94 
 
 
899 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>