124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4173 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  86.95 
 
 
423 aa  768    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  75.73 
 
 
423 aa  645    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  100 
 
 
431 aa  875    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  84.45 
 
 
425 aa  757    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  75.73 
 
 
423 aa  645    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  100 
 
 
431 aa  875    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  74.68 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  71.96 
 
 
422 aa  599  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  67 
 
 
428 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  64.74 
 
 
432 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  60.89 
 
 
400 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  61.39 
 
 
400 aa  509  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  61.31 
 
 
416 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  61.31 
 
 
416 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  61.06 
 
 
416 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  41.59 
 
 
442 aa  313  5.999999999999999e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  34.66 
 
 
441 aa  297  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  39.25 
 
 
437 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  36.54 
 
 
457 aa  278  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  38.22 
 
 
428 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  34.91 
 
 
483 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 
428 aa  272  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  37.5 
 
 
439 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.41 
 
 
467 aa  266  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  36.9 
 
 
439 aa  262  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  35.99 
 
 
443 aa  259  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  33.04 
 
 
462 aa  256  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  34.1 
 
 
454 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  33.18 
 
 
429 aa  243  5e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.39 
 
 
464 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.39 
 
 
464 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  38.04 
 
 
445 aa  241  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  32.52 
 
 
462 aa  239  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  33.26 
 
 
451 aa  239  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  33.12 
 
 
452 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  32.45 
 
 
439 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  31.59 
 
 
501 aa  226  8e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  35.2 
 
 
503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  31.37 
 
 
424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  31.59 
 
 
410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  31.68 
 
 
424 aa  219  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  30.62 
 
 
429 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  34.35 
 
 
454 aa  219  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  33.25 
 
 
454 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  30.38 
 
 
429 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  31.46 
 
 
431 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  30.82 
 
 
428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  30.09 
 
 
446 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  30.86 
 
 
431 aa  212  9e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  36.5 
 
 
459 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  30.55 
 
 
446 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  31.44 
 
 
467 aa  201  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.71 
 
 
447 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  35.31 
 
 
458 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  32.28 
 
 
452 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  36.27 
 
 
458 aa  194  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  29.31 
 
 
417 aa  193  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  35.64 
 
 
459 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  29.74 
 
 
404 aa  180  4e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  31.2 
 
 
410 aa  176  5e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  29.92 
 
 
418 aa  170  5e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  30.73 
 
 
452 aa  156  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  29.55 
 
 
422 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  27.85 
 
 
405 aa  152  8e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.51 
 
 
425 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.44 
 
 
406 aa  123  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  28.09 
 
 
633 aa  120  6e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.68 
 
 
425 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  26.79 
 
 
638 aa  95.5  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  25.71 
 
 
1200 aa  94.4  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  23.73 
 
 
651 aa  87.4  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  28 
 
 
341 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  25.64 
 
 
471 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  28.57 
 
 
672 aa  73.9  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  25.07 
 
 
500 aa  73.2  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  29.92 
 
 
648 aa  73.2  0.000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  25.26 
 
 
570 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  25.76 
 
 
422 aa  70.9  0.00000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.6 
 
 
510 aa  70.9  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  24.46 
 
 
711 aa  70.5  0.00000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  26.42 
 
 
641 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  25.31 
 
 
735 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  22.83 
 
 
409 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  21.55 
 
 
352 aa  66.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.94 
 
 
364 aa  65.9  0.000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  25.35 
 
 
707 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  27.05 
 
 
899 aa  63.2  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  25.44 
 
 
595 aa  61.6  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.91 
 
 
677 aa  60.5  0.00000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  24.66 
 
 
647 aa  60.1  0.00000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.52 
 
 
685 aa  60.1  0.00000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  24.1 
 
 
638 aa  58.9  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1022  hypothetical protein  28.17 
 
 
382 aa  57.4  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  20.85 
 
 
564 aa  57  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  33.88 
 
 
172 aa  56.6  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  24.02 
 
 
1332 aa  56.2  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  25.35 
 
 
768 aa  54.3  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.16 
 
 
369 aa  54.3  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  25.7 
 
 
810 aa  53.9  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  24.73 
 
 
1025 aa  53.5  0.000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>