107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0429 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  78.46 
 
 		 452 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 454 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  71.63 
 
 		 454 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  60.18 
 
 		 451 aa  544  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  58.09 
 
 		 462 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  55.68 
 
 		 462 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  58.41 
 
 		 464 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  58.41 
 
 		 464 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  48.84 
 
 		 439 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  48.82 
 
 		 443 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  48.11 
 
 		 445 aa  385  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  41.55 
 
 		 437 aa  330  2e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  41.31 
 
 		 442 aa  329  5.0000000000000004e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  38.73 
 
 		 428 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.81 
 
 		 428 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  38.73 
 
 		 457 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  37.23 
 
 		 483 aa  300  4e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.48 
 
 		 441 aa  293  6e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.12 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  35.95 
 
 		 446 aa  277  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  35.19 
 
 		 439 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  33.71 
 
 		 428 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  34.75 
 
 		 410 aa  269  7e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  36.02 
 
 		 446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  33.49 
 
 		 429 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  33.25 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  33.02 
 
 		 429 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.62 
 
 		 424 aa  257  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  33.63 
 
 		 425 aa  257  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  33.72 
 
 		 431 aa  257  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  33.26 
 
 		 431 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  33.26 
 
 		 431 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  34.23 
 
 		 423 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  33.56 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  31.87 
 
 		 431 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  35.1 
 
 		 447 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  35.39 
 
 		 400 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  34 
 
 		 423 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  34 
 
 		 423 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  35.63 
 
 		 400 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  32.08 
 
 		 429 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.82 
 
 		 416 aa  247  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.82 
 
 		 416 aa  247  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  35.58 
 
 		 416 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  32.34 
 
 		 432 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  33.41 
 
 		 422 aa  239  6.999999999999999e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  33.49 
 
 		 400 aa  236  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  32.44 
 
 		 452 aa  231  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  31.07 
 
 		 428 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  30.3 
 
 		 501 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  29.37 
 
 		 503 aa  201  3e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.7 
 
 		 467 aa  181  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  30.07 
 
 		 454 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  31.99 
 
 		 459 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.56 
 
 		 458 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.32 
 
 		 458 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  30.09 
 
 		 459 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  30.02 
 
 		 422 aa  143  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  29.25 
 
 		 418 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  28.2 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  24.72 
 
 		 417 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.93 
 
 		 410 aa  132  9e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  25.66 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  24.5 
 
 		 404 aa  116  6e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  27.88 
 
 		 638 aa  103  7e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.17 
 
 		 406 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  21.21 
 
 		 425 aa  102  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  25.29 
 
 		 633 aa  97.1  6e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  21.36 
 
 		 425 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  25.92 
 
 		 711 aa  82.4  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  23.01 
 
 		 672 aa  78.6  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  25 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  23.33 
 
 		 1200 aa  66.2  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  21.72 
 
 		 651 aa  63.5  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  22.39 
 
 		 648 aa  63.2  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  23.74 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0333  cell surface glycoprotein (s-layer protein)  25.36 
 
 		 308 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000130039  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  22.22 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  25.4 
 
 		 641 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  32.77 
 
 		 505 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  23.33 
 
 		 1025 aa  54.3  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  29.13 
 
 		 735 aa  53.9  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  23.76 
 
 		 409 aa  53.9  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0239  cell surface protein  27.78 
 
 		 153 aa  53.5  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00514923  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  30.23 
 
 		 2272 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.999068 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  24.09 
 
 		 647 aa  52.4  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  22.26 
 
 		 638 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  23.81 
 
 		 635 aa  51.2  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.14 
 
 		 677 aa  50.8  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  25 
 
 		 375 aa  50.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  23.05 
 
 		 352 aa  50.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0279  parallel beta-helix repeat-containing protein  25 
 
 		 458 aa  50.1  0.00008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1993  cell surface protein  26.05 
 
 		 1969 aa  48.9  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.147717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29690  hypothetical protein  26.55 
 
 		 348 aa  47.8  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1684  cell surface glycoprotein  22.7 
 
 		 871 aa  47.4  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.255762  normal  0.152599 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.64 
 
 		 510 aa  47.4  0.0006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  25 
 
 		 172 aa  47  0.0007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  28.71 
 
 		 564 aa  46.6  0.0009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  28.75 
 
 		 707 aa  46.2  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  27.38 
 
 		 899 aa  45.8  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>