91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3535 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  84.82 
 
 		 428 aa  744    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  98.1 
 
 		 424 aa  849    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  87.99 
 
 		 424 aa  746    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  100 
 
 		 429 aa  884    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  97.2 
 
 		 429 aa  858    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  78.02 
 
 		 431 aa  666    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  73.85 
 
 		 431 aa  635    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  54.03 
 
 		 446 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  50.62 
 
 		 410 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  48.92 
 
 		 439 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  48.44 
 
 		 429 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  51.21 
 
 		 446 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  51.51 
 
 		 447 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  49.77 
 
 		 452 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  41.02 
 
 		 441 aa  318  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  40.71 
 
 		 483 aa  308  9e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  40 
 
 		 428 aa  306  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.75 
 
 		 428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  39.26 
 
 		 467 aa  302  8.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  40.75 
 
 		 457 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  40.82 
 
 		 437 aa  298  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  38.07 
 
 		 442 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  35.25 
 
 		 439 aa  269  5.9999999999999995e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  33.74 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  35.87 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  35.52 
 
 		 439 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.61 
 
 		 452 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  33.7 
 
 		 462 aa  242  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  34.37 
 
 		 443 aa  237  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  32.42 
 
 		 462 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  32.06 
 
 		 451 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.28 
 
 		 464 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.28 
 
 		 464 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  30.62 
 
 		 431 aa  219  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  30.62 
 
 		 431 aa  219  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.68 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  32.36 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  31.65 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  32.36 
 
 		 423 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  30.84 
 
 		 425 aa  216  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  33.16 
 
 		 400 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.16 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.16 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.16 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  31.14 
 
 		 432 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  34.75 
 
 		 445 aa  211  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  32.56 
 
 		 400 aa  208  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  30.71 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  30.99 
 
 		 422 aa  202  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  28.57 
 
 		 503 aa  155  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  28.88 
 
 		 417 aa  147  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  25.67 
 
 		 501 aa  144  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.07 
 
 		 467 aa  142  9e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  26.73 
 
 		 454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.9 
 
 		 459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.29 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.95 
 
 		 458 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  27.49 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.44 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  25.46 
 
 		 404 aa  100  6e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  25.49 
 
 		 422 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  25.71 
 
 		 405 aa  90.9  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  24.81 
 
 		 452 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  27.2 
 
 		 418 aa  89.7  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  23.48 
 
 		 406 aa  89.4  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.04 
 
 		 638 aa  79.3  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  25.92 
 
 		 633 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.8 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  21.41 
 
 		 425 aa  72  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.67 
 
 		 510 aa  67.8  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  27.93 
 
 		 570 aa  58.9  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.37 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  21.01 
 
 		 471 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  22.36 
 
 		 409 aa  53.5  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  23.81 
 
 		 711 aa  53.5  0.000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  21.69 
 
 		 677 aa  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  32.56 
 
 		 707 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  20.89 
 
 		 1200 aa  47  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  22.26 
 
 		 352 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  21.49 
 
 		 500 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1784  Carbohydrate binding family 6  31.91 
 
 		 1732 aa  46.2  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.847863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  36.14 
 
 		 1332 aa  45.8  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  22.54 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  25.22 
 
 		 638 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  23.82 
 
 		 564 aa  45.8  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.74 
 
 		 685 aa  45.1  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  25.57 
 
 		 635 aa  44.7  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  24.67 
 
 		 899 aa  44.3  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1334  periplasmic copper-binding protein  24.64 
 
 		 1025 aa  44.3  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.108389  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0333  cell surface glycoprotein (s-layer protein)  24.67 
 
 		 308 aa  43.5  0.007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000130039  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1800  hypothetical protein  24.18 
 
 		 2272 aa  43.5  0.008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.999068 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>