106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0489 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 410 aa  842    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  70.53 
 
 		 446 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  68.08 
 
 		 446 aa  554  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  57.36 
 
 		 429 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  55.47 
 
 		 439 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  53.62 
 
 		 431 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  53.37 
 
 		 431 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  53.94 
 
 		 447 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  51.11 
 
 		 424 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  52.39 
 
 		 424 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  50.62 
 
 		 429 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  50.62 
 
 		 429 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  50.75 
 
 		 428 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  51 
 
 		 452 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  44.53 
 
 		 457 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  42.75 
 
 		 483 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  40.95 
 
 		 441 aa  338  7e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  41.69 
 
 		 442 aa  329  4e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  41.99 
 
 		 437 aa  318  9e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  41.52 
 
 		 467 aa  317  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  39.95 
 
 		 439 aa  300  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.29 
 
 		 428 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  39.69 
 
 		 428 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  38.01 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  35.35 
 
 		 462 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.65 
 
 		 464 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.65 
 
 		 464 aa  271  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  37.91 
 
 		 439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  35.58 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  35.19 
 
 		 443 aa  252  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  36.9 
 
 		 452 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  35.92 
 
 		 462 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  34.84 
 
 		 451 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  36.86 
 
 		 445 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  34.66 
 
 		 400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.92 
 
 		 400 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  34.43 
 
 		 416 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.43 
 
 		 416 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  34.43 
 
 		 416 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  31.59 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  31.59 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  31.83 
 
 		 425 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  30.77 
 
 		 423 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  32.31 
 
 		 432 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  32.15 
 
 		 423 aa  213  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  32.15 
 
 		 423 aa  213  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  31.41 
 
 		 428 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  32.38 
 
 		 400 aa  206  8e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  31.74 
 
 		 422 aa  202  9e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  31.75 
 
 		 503 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  28.54 
 
 		 501 aa  162  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.4 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  30.4 
 
 		 454 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  27.74 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.83 
 
 		 459 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  26.46 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  26.72 
 
 		 422 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  26.47 
 
 		 406 aa  110  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.28 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.01 
 
 		 458 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.61 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  25.91 
 
 		 404 aa  105  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  25.08 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  27.18 
 
 		 452 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  25.13 
 
 		 405 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.93 
 
 		 425 aa  94  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  23.93 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  22.54 
 
 		 633 aa  77  0.0000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.25 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  26.78 
 
 		 1200 aa  66.2  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  27.31 
 
 		 1332 aa  64.7  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  22.36 
 
 		 711 aa  62.8  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  20.84 
 
 		 648 aa  60.8  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  19.83 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28 
 
 		 677 aa  58.5  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  21.33 
 
 		 672 aa  57  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  25.1 
 
 		 341 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  22.94 
 
 		 570 aa  56.2  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  21.65 
 
 		 651 aa  54.7  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3393  cell surface protein  23.28 
 
 		 564 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.591831  normal  0.211217 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.16 
 
 		 685 aa  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  22.47 
 
 		 1242 aa  51.2  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  24.72 
 
 		 375 aa  48.9  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1970  protein kinase  27.66 
 
 		 707 aa  49.3  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.664592 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0198  periplasmic copper-binding  25.85 
 
 		 810 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.212278  normal  0.0186793 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2845  cell surface protein  22.16 
 
 		 960 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.726454  normal  0.0327621 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.89 
 
 		 510 aa  48.9  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.21 
 
 		 422 aa  47.4  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  23.42 
 
 		 768 aa  47.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1810  Carbohydrate binding family 6  28.48 
 
 		 3295 aa  47  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3630  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  25.42 
 
 		 500 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.88 
 
 		 364 aa  45.1  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2575  Parallel beta-helix repeat protein  26.98 
 
 		 495 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.116637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0412  Parallel beta-helix repeat protein  24.75 
 
 		 468 aa  45.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1684  cell surface glycoprotein  24.22 
 
 		 871 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.255762  normal  0.152599 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3349  hypothetical protein  31.25 
 
 		 559 aa  45.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3227  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.67 
 
 		 537 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  29.91 
 
 		 172 aa  44.3  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0644  periplasmic copper-binding  31.88 
 
 		 1092 aa  43.9  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.167347  normal  0.0259302 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  23.79 
 
 		 635 aa  43.5  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>