115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3401 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  100 
 
 		 457 aa  939    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  69.9 
 
 		 483 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  62.44 
 
 		 467 aa  572  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  63.25 
 
 		 441 aa  562  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  50.26 
 
 		 428 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  50 
 
 		 428 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  48.99 
 
 		 442 aa  382  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  45.39 
 
 		 439 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  46.6 
 
 		 437 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  44.44 
 
 		 410 aa  344  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  42.51 
 
 		 446 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  42.42 
 
 		 429 aa  342  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  41.6 
 
 		 446 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  41.65 
 
 		 439 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  40.72 
 
 		 431 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  40.87 
 
 		 428 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  38.77 
 
 		 454 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  40.48 
 
 		 424 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  39.56 
 
 		 431 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  40.58 
 
 		 429 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  40.48 
 
 		 429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  40.64 
 
 		 424 aa  299  8e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  36.58 
 
 		 454 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  35.86 
 
 		 451 aa  295  9e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  41 
 
 		 452 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  37.35 
 
 		 462 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.93 
 
 		 464 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.93 
 
 		 464 aa  288  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  36.17 
 
 		 423 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  34.84 
 
 		 452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  38.2 
 
 		 447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  37.67 
 
 		 432 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  37.84 
 
 		 425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  37.44 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  34.76 
 
 		 462 aa  281  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  37.44 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  37.69 
 
 		 439 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  36.61 
 
 		 431 aa  279  8e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  36.61 
 
 		 431 aa  279  8e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  38.73 
 
 		 400 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  37.72 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  36.75 
 
 		 422 aa  265  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  37.69 
 
 		 416 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  37.69 
 
 		 416 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  37.44 
 
 		 416 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  36.56 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  36.2 
 
 		 428 aa  256  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  38.02 
 
 		 445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  34.6 
 
 		 443 aa  236  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  31.36 
 
 		 503 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.71 
 
 		 467 aa  187  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  29.58 
 
 		 501 aa  183  6e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.17 
 
 		 459 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  28.91 
 
 		 454 aa  153  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  28.1 
 
 		 422 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  27.59 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  29.18 
 
 		 459 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.05 
 
 		 458 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  28.43 
 
 		 458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  29.47 
 
 		 410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  27.36 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.81 
 
 		 404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.82 
 
 		 406 aa  113  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  25.99 
 
 		 405 aa  111  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.43 
 
 		 425 aa  103  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  25.62 
 
 		 452 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  23.9 
 
 		 633 aa  95.1  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  24.24 
 
 		 425 aa  93.6  8e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  21.71 
 
 		 638 aa  93.2  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  23.7 
 
 		 672 aa  77.4  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  21.79 
 
 		 711 aa  76.3  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  23.3 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0809  surface layer protein B  27.6 
 
 		 735 aa  67  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  23.98 
 
 		 648 aa  67  0.0000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  24.39 
 
 		 635 aa  64.3  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1938  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.55 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  23.77 
 
 		 1200 aa  63.2  0.000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2754  cell surface glycoprotein (S-layer protein)  24.86 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00332846  hitchhiker  0.00111806 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  26.12 
 
 		 471 aa  58.9  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  23.32 
 
 		 641 aa  57.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1273  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.17 
 
 		 510 aa  57.4  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.429071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1106  hypothetical protein  30.22 
 
 		 509 aa  57.4  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  30.15 
 
 		 505 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1279  periplasmic copper-binding  23.79 
 
 		 892 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1206  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  25.64 
 
 		 677 aa  55.1  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  24.93 
 
 		 352 aa  54.3  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  21.82 
 
 		 595 aa  53.9  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  28.19 
 
 		 647 aa  53.5  0.000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  22.64 
 
 		 409 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2931  cell surface protein  24.73 
 
 		 940 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0750354  hitchhiker  0.00446431 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  22.71 
 
 		 570 aa  51.6  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1527  surface layer protein B  24.59 
 
 		 297 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  25.47 
 
 		 638 aa  50.8  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0779  periplasmic copper-binding protein  24.7 
 
 		 1332 aa  50.4  0.00006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.195346  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1704  polymorphic outer membrane protein  29.34 
 
 		 1755 aa  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.041755  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  22.66 
 
 		 768 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1209  Fibronectin type III domain protein  22.58 
 
 		 1242 aa  48.5  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  28.97 
 
 		 172 aa  48.5  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0677  periplasmic copper-binding  22.58 
 
 		 820 aa  48.9  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  22.71 
 
 		 810 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>